Tổng cục Thuế cũng đã chỉ đạo đơn vị chức năng tập trung nghiên cứu những tình huống rủi ro trong quá trình thực hiện bán, cấp phát hóa đơn để đề xuất sửa đổi quy trình kiểm tra hóa đơn; Xây dựng và thử nghiệm tiêu chí lựa chọn đối tượng thanh tra giá chuyển nhượng; Xây dựng cơ sở dữ liệu của các doanh nghiệp có giao dịch liên kết; Xây dựng phần mềm kiểm tra hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp; Sửa đổi, bổ sung quy chế phối hợp, trao đổi thông tin giữa cơ quan thuế và cơ quan công an, quy chế xử lý giao dịch đáng ngờ trong nội bộ ngành....

Triển khai đề án thực hiện công tác giám sát quản lý thanh tra, kiểm tra thuế; thanh, kiểm tra thuế điện tử, xây dựng phần mềm hỗ trợ công tác thanh, kiểm tra thuế và ghi nhận nhật ký thanh, kiểm tra thuế điện tử.

Phối hợp với Tổng cục Du lịch triển khai chương trình chống thất thu thuế đối với kinh doanh du lịch theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ và Bộ Tài chính.

Tăng cường phối hợp với các cơ quan chức năng trao đổi thông tin, hỗ trợ các hiệp hội, tổ chức, cộng đồng doanh nghiệp; thực hiện tốt công tác tuyên truyền, phổ biến pháp luật, vận động quần chúng nhân dân tham gia chống buôn lậu, trốn thuế, gian lận thương mại.