Theo đó, nhiệm vụ chi của ngân sách trung ương cho bảo vệ môi trường là chi xây dựng, điều chỉnh chiến lược, kế hoạch, quy trình kỹ thuật, hướng dẫn kỹ thuật, định mức kinh tế kỹ thuật, quy chuẩn kỹ thuật môi trường, chương trình, đề án về bảo vệ môi trường thuộc nhiệm vụ của trung ương; Xây dựng, thẩm định và công bố quy hoạch bảo vệ môi trường cấp vùng, toàn quốc, hoạt động thẩm định báo cáo đánh giá môi trường chiến lược, thẩm định các nhiệm vụ khác theo quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường được chi từ nguồn sự nghiệp môi trường, thuộc trách nhiệm của trung ương.

Ngân sách trung ương cũng chi hoạt động của hệ thống quan trắc và phân tích môi trường quốc gia do các cơ quan, đơn vị trung ương quản lý theo Quy hoạch tổng thể mạng lưới quan trắc tài nguyên và môi trường quốc gia giai đoạn 2016-2025, tầm nhìn đến năm 2030 đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt (bao gồm vận hành, bảo dưỡng, bảo trì, sửa chữa, hiệu chuẩn, kiểm định, thay thế thiết bị phụ trợ, công cụ, dụng cụ); xây dựng và thực hiện các chương trình quan trắc hiện trạng môi trường, các tác động đối với môi trường trong lĩnh vực quản lý.

Đồng thời, chi hỗ trợ công tác kiểm soát ô nhiễm môi trường quốc gia, liên tỉnh, lưu vực sông liên tỉnh (bao gồm kiểm soát các nguồn gây ô nhiễm môi trường, tác động xấu đến môi trường); đánh giá các khu vực bị ô nhiễm môi trường liên tỉnh, thuộc nhiệm vụ của trung ương theo quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường; phòng ngừa, ứng phó khắc phục sự cố môi trường phạm vi vùng, toàn quốc; hỗ trợ công tác quản lý chất thải, đánh giá các nguồn thải gây ô nhiễm môi trường quy mô liên tỉnh, đánh giá sức chịu tải của môi trường, thuộc nhiệm vụ của trung ương theo quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường.

Việc hỗ trợ xử lý ô nhiễm môi trường theo dự án được cấp có thẩm quyền phê duyệt (bao gồm các nội dung: điều tra khảo sát, phân tích đánh giá tình hình ô nhiễm môi trường, lập kế hoạch, đề án, dự án khắc phục ô nhiễm và cải thiện môi trường, mua bản quyền công nghệ xử lý chất thải nếu có, kiểm tra, nghiệm thu dự án) cũng nằm trong nội dung chi của ngân sách trung ương.

Trong đó, có dự án xử lý triệt để các cơ sở gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng thuộc khu vực công ích do trung ương quản lý (đối với dự án có tính chất chi sự nghiệp bố trí từ nguồn kinh phí sự nghiệp môi trường), thuộc danh mục dự án theo các Quyết định của Thủ tướng Chính phủ và các Quyết định sửa đổi, bổ sung khác của Thủ tướng Chính phủ; Dự án về bảo vệ môi trường khác theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ.

Một nhiệm vụ khác thuộc nội dung chi của ngân sách trung ương là hỗ trợ công tác bảo tồn đa dạng sinh học theo Thông tư liên tịch số 160/2014/TTLT-BTC-BTNMT ngày 29/10/2014 của Bộ Tài chính và Bộ Tài nguyên và Môi trường về việc hướng dẫn quản lý, sử dụng và quyết toán kinh phí chi thường xuyên từ ngân sách nhà nước thực hiện các nhiệm vụ, dự án theo Chiến lược quốc gia về đa dạng sinh học đến năm 2020, tầm nhìn đến năm 2030; Xây dựng và duy trì hoạt động hệ thống thông tin, cơ sở dữ liệu về môi trường; Thống kê môi trường quốc gia, xây dựng cơ sở dữ liệu thống kê môi trường quốc gia, báo cáo môi trường quốc gia, đánh giá, xếp hạng kết quả bảo vệ môi trường địa phương.

Ngân sách trung ương cũng chi tuyên truyền, phổ biến giáo dục pháp luật về bảo vệ môi trường nhằm nâng cao nhận thức và ý thức bảo vệ môi trường; tập huấn chuyên môn nghiệp vụ về bảo vệ môi trường đến cấp tỉnh; chi giải thưởng, khen thưởng cấp quốc gia về bảo vệ môi trường cho các tổ chức, cá nhân được cấp có thẩm quyền quyết định...

Bên cạnh đó, chi hỗ trợ công tác thanh tra, kiểm tra việc thực hiện pháp luật về bảo vệ môi trường (bao gồm bảo tồn thiên nhiên và đa dạng sinh học) thuộc trách nhiệm của Trung ương và theo quyết định của cấp có thẩm quyền; Hoạt động kiểm tra các công trình bảo vệ môi trường phục vụ giai đoạn vận hành dự án; hoạt động kiểm tra việc hoàn thành đề án bảo vệ môi trường chi tiết, xác nhận đề án bảo vệ môi trường; kiểm tra, xác nhận hoàn thành khắc phục ô nhiễm và cải thiện môi trường, hoạt động kiểm tra việc thực hiện giấy chứng nhận, giấy phép về môi trường theo quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường, thuộc trách nhiệm của trung ương.

Cũng theo Thông tư số 02/2017/TT-BTC, ngân sách trung ương còn chi cho hoạt động của Ban chỉ đạo, Ban điều hành, Văn phòng thường trực về bảo vệ môi trường được cấp có thẩm quyền quyết định, vốn đối ứng các dự án hợp tác quốc tế có tính chất chi sự nghiệp về bảo vệ môi trường (nếu có),hoạt động điều phối thực hiện các điều ước quốc tế mà Việt Nam tham gia; Hỗ trợ vốn điều lệ cho Quỹ bảo vệ môi trường Việt Nam theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ (nếu có); Hỗ trợ cho các địa phương theo dự án được cấp có thẩm quyền quyết định; Các hoạt động bảo vệ môi trường khác thuộc trách nhiệm của trung ương.