Quy chế phối hợp có 3 nội dung, bao gồm: cung cấp thông tin, tài liệu về đăng ký thuế, tình hình tổ chức cũng như hoạt động sản xuất kinh doanh, kê khai và nộp thuế…; phối hợp trong việc cử công chức tham gia xác minh trong trường hợp cần phải xác minh vấn đề liên quan; phối hợp trong việc tổ chức thanh tra, kiểm tra việc chấp hành pháp luật về thuế, thanh tra kiểm tra về hoàn thuế tại trụ sở người nộp thuế.

Quy chế cũng quy định rõ trách nhiệm của cơ quan thuế các cấp trong việc phối hợp xử lý hồ sơ có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế. Theo đó, các đơn vị thuộc Tổng cục Thuế (Văn phòng) khi tiếp nhận văn bản phải tiến hành phân loại hồ sơ theo quy định, sau đó phải báo cáo lãnh đạo Tổng cục Thuế, xin ý kiến chỉ đạo, hoặc khi đã có ý kiến chỉ đạo phải chuyển các đơn vị có liên quan xử lý, giải quyết ngay trong ngày, hoặc chậm nhất ngày hôm sau khi nhận được văn bản.

Trong quá trình thanh tra, kiểm tra phát hiện người nộp thuế có vi pháp pháp luật về thuế thì báo cáo lãnh đạo Tổng cục Thuế, đồng thời soạn thảo công văn trình lãnh đạo Tổng cục Thuế ký, yêu cầu cơ quan thuế địa phương cung cấp thông tin có liên quan đến người nộp thuế.

Trong trường hợp phức tạp, Tổng cục Thuế yêu cầu cơ quan thuế địa phương phối hợp thanh tra, kiểm tra tại đơn vị thành viên, đơn vị phụ thuộc, hoặc đơn vị khác có liên quan.

Đối với các cục thuế, khi nhận được văn bản yêu cầu, hoặc nhận được đề nghị hỗ trợ yêu cầu cần phải báo cáo ngay cho lãnh đạo cục thuế để xem xét giải quyết ngay trong ngày, hoặc chậm nhất ngày hôm sau (nếu nhận được văn bản vào cuối ngày).

Trong quá trình thực hiện, nếu xét thấy cần phải đề nghị cơ quan thuế khác tỉnh tiến hành thanh tra, kiểm tra người nộp thuế có liên quan thì cục thuế có văn bản đề nghị Tổng cục Thuế hỗ trợ trong việc chỉ đạo cơ quan thuế địa phương các tỉnh thực hiện thanh tra, kiểm tra.

Đối với chi cục thuế, khi nhận được văn bản yêu cầu, hoặc đề nghị hỗ trợ của cơ quan thuế các cấp cũng phải xử lý ngay trong ngày làm việc. Trường hợp văn bản yêu cầu xác minh người nộp thuế thì tiến hành xác minh, báo cáo lãnh đạo chi cục và cơ quan thuế cấp trên.

Trong quá trình thanh tra, kiểm tra, xem xét xử lý vi phạm hành chính về thuế, nếu xét thấy người nộp thuế vi phạm pháp luật về thuế có dấu hiệu tội phạm, thì cơ quan thuế phải chuyển ngay thông tin và hồ sơ cho cơ quan tố tụng hình sự theo quy định của pháp luật, đồng thời hàng tháng, cơ quan thuế các cấp báo cáo với chính quyền địa phương đang quản lý người nộp thuế và báo cáo về Tổng cục Thuế.