Về cơ cấu tổ chức của Quỹ: Dự thảo quy định theo hướng không tăng thêm bộ máy, biên chế; cụ thể: Trường hợp Quỹ hoạt động theo mô hình độc lập thì cơ cấu gồm: Hội đồng quản lý tối đa 05 thành viên; Ban kiểm soát tối đa 03 thành viên; và Cơ quan điều hành nghiệp vụ. Trường hợp Quỹ hoạt động theo mô hình ủy thác thì không thành lập Cơ quan điều hành nghiệp vụ Quỹ, mà sử dụng bộ máy điều hành nghiệp vụ của đơn vị nhận ủy thác.

Đối với nguồn vốn hoạt động: Dự thảo quy định theo hướng giao cho địa phương chủ động quyết định dựa trên cơ sở kế hoạch sử dụng đất và khả năng ngân sách hàng năm cho phù hợp tình hình thực tế ở địa phương. Quy định này khắc phục hạn chế của Quyết định số 40/2010/QĐ-TTg ngày 12/5/2010; quy định cứng mức trích bổ sung hàng năm (từ 30-50% nguồn thu tiền sử dụng đất, tiền thuê đất, đấu giá quyền sử dụng đất).

Dự thảo cũng quy định rõ, nhiệm vụ của Quỹ phát triển đất phù hợp với quy định tại Điều 6 Nghị định số 43/2014/NĐ-CP ngày 15/5/2014 của Chính phủ. Nguồn vốn của Quỹ được sử dụng thực hiện nhiệm vụ ứng vốn cho Tổ chức được ứng vốn để: Tổ chức thực hiện việc bồi thường, hỗ trợ và tái định cư khi Nhà nước thu hồi đất theo phương án đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt; Tạo quỹ đất và phát triển quỹ đất theo quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt.

Bỏ nhiệm vụ ứng vốn cho ngân sách nhà nước quy định tại Quyết định số 40/2010/QĐ-TTg (vì Luật Đất đai năm 2013 không quy định Quỹ có các nhiệm vụ này): chi hỗ trợ thực hiện các đề án đào tạo nghề cho đối tượng bị thu hồi đất; chi hỗ trợ khoản chênh lệch cho hộ gia đình, cá nhân vào khu tái định cư; chi hỗ trợ xây dựng khu tái định cư, hỗ trợ xây dựng các công trình hạ tầng tại địa phương có đất bị thu hồi.

Bên cạnh đó, để đảm bảo quản lý nguồn vốn của quỹ được sử dụng thống nhất theo quy định của pháp luật ngân sách nhà nước, không phân tán, phù hợp với nguyên tắc hoạt động của Quỹ không vì mục tiêu lợi nhuận; Quy chế quy định: Đối với kinh phí ngân sách nhà nước cấp, Quỹ mở tài khoản tại kho bạc nhà nước để quản lý, sử dụng theo quy định. Đối với các khoản thu về cung ứng dịch vụ, liên doanh, liên kết, Quỹ mở tài khoản tại kho bạc nhà nước hoặc tổ chức tín dụng để quản lý, sử dụng theo quy định.

Quy chế quy định cụ thể điều kiện ứng vốn (Hồ sơ ứng vốn được Quỹ thẩm định trên cơ sở kế hoạch ứng vốn hàng năm đã được Ủy ban nhân dân cấp tỉnh phê duyệt; nguồn vốn hiện có của Quỹ đủ để thực hiện ứng vốn); trình tự, thủ tục thực hiện ứng vốn để quản lý chặt chẽ, sử dụng nguồn vốn có hiệu quả

Về mức phí ứng vốn: Dự thảo Quy chế quy định Quỹ ứng vốn cho Tổ chức được ứng vốn để thực hiện các nhiệm vụ, mức phí ứng vốn bằng không (khác với quy định tại Quyết định số 40/2010/QĐ-TTg: vốn ứng để thực hiện các nhiệm vụ có tính chất kinh doanh thì mức phí ứng vốn bằng mức phí ứng vốn NSNN) nhằm đảm bảo nguyên tắc hoạt động của Quỹ là bảo toàn vốn, không vì mục đích lợi nhuận và phù hợp với quy định việc hoàn trả vốn ứng cho Quỹ thực hiện theo quy định của pháp luật ngân sách nhà nước.

Về hoàn trả vốn ứng: Dự thảo Quy chế quy định việc hoàn trả vốn ứng cho Quỹ được thực hiện theo quy định của pháp luật ngân sách nhà nước với nguyên tắc ngân sách cấp nào ứng vốn thì thực hiện hoàn trả vốn ứng cho ngân sách cấp đó (phù hợp với quy định của pháp luật về thu tiền sử dụng đất, tiền thuê đất).

Liên quan đến cơ chế ủy thác: Dự thảo Quy chế quy định trường hợp Quỹ hoạt động theo mô hình ủy thác thì việc ủy thác được thực hiện: Hội đồng quản lý ký Hợp đồng ủy thác với đơn vị nhận ủy thác (Quỹ Đầu tư phát triển hoặc Quỹ tài chính khác của địa phương); Quỹ trả phí dịch vụ ủy thác; quy định nội dung cơ bản mang tính nguyên tắc trong nội dung Hợp đồng ủy thác.

Dự thảo quy định Quỹ thực hiện theo cơ chế tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập.