Cụ thể, theo quy định tại điểm b.2 Khoản 2 Điều 105 Thông tư 38/2015/TT-BTC, trường hợp nhập khẩu miễn thuế theo tổ hợp, dây chuyền phải nhập khẩu làm nhiều chuyến để lắp ráp thành tổ hợp thành dây chuyền hoàn chỉnh, không thể thực hiện trừ lùi theo số lượng hàng hóa tại thời điểm nhập khẩu thì thực hiện việc trừ lùi sau khi kết thúc việc nhập khẩu hàng hóa của tổ hợp, dây chuyền như sau:

Tổ chức, cá nhân thực hiện nhập khẩu các lô hàng để lắp ráp từng tổ hợp, dây chuyền máy móc thiết bị tại 1 Chi cục Hải quan và dự kiến thời gian hoàn thành nhập khẩu tổ hợp, dây chuyền.

Tại thời điểm nhập khẩu, tổ chức, cá nhân phải kê khai chi tiết số lượng, tên hàng cụ thể hàng hóa thực nhập và ghi rõ hàng hóa của tổ hợp, dây chuyền máy móc nào thuộc Danh mục hàng hóa miễn thuế đã đăng ký.

Trong thời hạn 15 ngày kể từ khi kết thúc việc nhập khẩu lô hàng cuối cùng của mỗi tổ hợp, dây chuyền, tổ chức, cá nhân có trách nhiệm tổng hợp các tờ khai đã nhập khẩu để cơ quan hải quan kiểm tra và trừ lùi số lượng của từng tổ hợp, dây chuyền máy móc thiết bị trên Phiếu theo dõi trừ lùi.

Cục trưởng Cục Hải quan sẽxem xét quyết định từng trường hợp cụ thể không thể thực hiện trừ lùi theo số lượng hàng hóa tại thời điểm nhập khẩu và tổ chức thực hiện kiểm tra sau thông quan để xác định hàng hóa do tổ chức, cá nhân kê khai miễn thuế nhập khẩu thực tế có hay không được sử dụng đúng mục đích phục vụdự ántheo quy định hiện hành và thực hiện xử lý theo quy định nếu tổ chức, cá nhân có hành vi vi phạm.

Theo đó, trong trường hợp DN gặp vướng mắc cần liên hệ với Cục Hải quan địa phương nơi thực hiện dự án để được hướng dẫn cụ thể.