Tổng cục Thuế cho biết, ngay từ đầu năm, cơ quan này đã chỉ đạo các đơn vị trong hệ thống chủ động rà soát, xây dựng và triển khai kế hoạch kiểm tra tập trung vào các nội dung chính như như: Việc chấp hành quy định của pháp luật trong lĩnh vực hoàn thuế giá trị gia tăng; Chấp hành quy định của pháp luật trong công tác thanh tra, kiểm tra thuế; Chấp hành quy định của pháp luật trong việc quản lý nợ thuế và kiểm tra việc thực hiện kỷ luật, kỷ cương và cải cách thủ tục hành chính. 

Trong 9 tháng năm 2016, cơ quan Thuế trong cả nước đã tiến hành 1.306 cuộc kiểm tra nội bộ. Trong đó, Tổng cục Thuế thực hiện 09 cuộc, các Cục Thuế thực hiện 325 cuộc, các Chi cục Thuế thực hiện 972 cuộc. Trong số các cuộc kiểm tra này có 1.170 cuộc theo kế hoạch và 129 cuộc đột xuất, đạt 69,6% so với kế hoạch được giao.

Theo Tổng cục Thuế, tiến độ kiểm tra được triển khai kịp thời, sát với kế hoạch chương trình công tác đã được xây dựng từ đầu năm. Trong quá trình kiểm tra nội bộ, ngành Thuế đã phát hiện số tiền thuế sai phạm là 8.047.864 nghìn đồng, cụ thể: 

- Sai phạm phát hiện qua kiểm tra việc chấp hành quy trình, thủ tục quy định trong thanh tra, kiểm tra chấp hành pháp luật về thuế tại doanh nghiệp và phúc tra tại doanh nghiệp đối với những hồ sơ thanh tra, kiểm tra phát hiện có mâu thuẫn, không chính xác số tiền: 5.415.433 nghìn đồng.

- Sai phạm phát hiện qua kiểm tra việc quản lý nợ, thu nợ số tiền là 101.644 nghìn đồng.

- Sai phạm phát hiện qua kiểm tra việc quản lý thu thuế đối với hộ kinh doanh (công tác lập bộ; quản lý thu nộp; xác định số thuế phải nộp theo phương pháp khoán; giải quyết miễn, giảm; ngừng, nghỉ kinh doanh) số tiền là 1.108.206 nghìn đồng. 

- Sai phạm do cán bộ thuế nộp chậm tiền thuế vào NSNN, chiếm dụng tiền thuế số tiền là 221.526 nghìn đồng; 

- Sai phạm phát hiện qua kiểm tra việc tính thu lệ phí trước bạ, thu khác (nhà đất, ô tô, xe máy...) và thuế thu nhập cá nhân số tiền là 1.058.450 nghìn đồng.

- Sai phạm phát hiện qua kiểm tra công tác cấp hoá đơn lẻ số tiền là 57.985 nghìn đồng…

Để công tác kiểm tra nội bộ đạt hiệu quả, ngày 15/5/2015, Tổng cục Thuế đã cùng lúc ban hành Quyết định số 880/QĐ-TCT về việc ban hành Quy chế kiểm tra nội bộ ngành Thuế và Quyết định số 881/QĐ-TCT về việc ban hành Quy trình kiểm tra nội bộ ngành Thuế, thay thế các quyết định được ban hành trước đó một năm. 

Theo quy chế mới, đối tượng kiểm tra nội bộ gồm cơ quan Thuế, các đơn vị thuộc cơ quan Thuế các cấp; công chức, viên chức, lao động hợp đồng (nếu có) thuộc cơ quan Thuế các cấp. Công tác kiểm tra nội bộ chỉ được tiến hành theo kế hoạch, hoặc đột xuất khi có khiếu nại, tố cáo hoặc phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật của cơ quan Thuế, các Vụ, đơn vị, công chức, viên chức ngành Thuế.

Trong khi đó, việc ban hành quy trình nhằm chuẩn hoá các nội dung và các bước công việc trong hoạt động kiểm tra nội bộ ngành Thuế, đảm bảo hoạt động kiểm tra nội bộ ngành Thuế được thực hiện theo đúng các quy định của pháp luật, thống nhất, đáp ứng yêu cầu cải cách và hiện đại hoá ngành Thuế.

Đồng thời, góp phần nâng cao hiệu lực, hiệu quả hoạt động kiểm tra nội bộ ngành Thuế, đưa công tác quản lý thuế và quản lý nội bộ ngành Thuế dần đi vào nề nếp, tăng cường kỷ cương kỷ luật, cải cách thủ tục hành chính, xây dựng ngành thuế ngày càng trong sạch, vững mạnh.

Qua công tác kiểm tra nội bộ theo Quyết định số 880/QĐ-TCT và Quyết định số 881/QĐ-TCT, các sai phạm được phát hiện đều được kiến nghị, xử lý, thu hồi về tài chính, các cán bộ có hành vi vi phạm đều bị xử lý nghiêm và kịp thời, qua đó rút kinh nghiệm và xây dựng các biện pháp khắc phục để chấn chỉnh công tác quản lý thuế trong nội bộ hệ thống để thực hiện tốt hơn chức năng quản lý nhà nước trong lĩnh vực thuế.