Cụ thể, Thông tư này hướng dẫn về việc quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế thuộc cơ quan thuế quản lý theo quy định của Luật Ngân sách Nhà nước, Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành; bao gồm: việc tiếp nhận, giải quyết, kiểm tra, thanh tra hoàn thuế giá trị gia tăng; quản lý kinh phí dự toán hoàn thuế giá trị gia tăng; trách nhiệm của các cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan trong việc quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng; Hoàn thuế cho hàng hóa của người nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài mang theo khi xuất cảnh; Hoàn trả số tiền thuế giá trị gia tăng nộp nhầm, nộp thừa.

Người nộp thuế thuộc trường hợp được hoàn thuế theo quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng tự xác định số tiền thuế giá trị gia tăng đủ điều kiện khấu trừ, hoàn thuế, khai đề nghị hoàn thuế, lập và gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

Về quy trình giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng, Thông tư quy định người nộp thuế được gửi hồ sơ hoàn thuế điện tử hoặc nộp trực tiếp tại cơ quan thuế hoặc gửi qua đường bưu chính.

Sau đó cơ quan thuế sẽ thực hiện phân loại hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng cụ thể như sau: Hoàn thuế theo quy định của điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên, trừ trường hợp hoàn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần của các hãng vận tải nước ngoài; Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu; Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 2 năm, kể từ thời điểm bị cơ quan quản lý thuế xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận về thuế; Người nộp thuế sản xuất, kinh doanh hàng hóa xuất khẩu đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 2 năm, kể từ thời điểm bị cơ quan quản lý nhà nước xử lý đối với hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới, gian lận thương mại; Doanh nghiệp sáp nhập, hợp nhất, chia tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi hình thức sở hữu, chấm dứt hoạt động; giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp nhà nước…

Trường hợp kết quả phân loại hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau, cơ quan thuế gửi Thông báo về việc chuyển hồ sơ hoàn thuế sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau cho người nộp thuế trong thời hạn 6 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận đủ hồ sơ đề nghị hoàn thuế. Trường hợp người nộp thuế thực hiện hoàn thuế điện tử, thông báo được gửi cho người nộp thuế qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.

Về cách xác định số thuế giá trị gia tăng được hoàn của người nộp thuế, đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau, cơ quan thuế căn cứ hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế và thông tin về người nộp thuế do cơ quan thuế quản lý tại cơ sở dữ liệu hoàn thuế giá trị gia tăng để kiểm tra đối tượng và trường hợp được hoàn thuế.

Đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra, thanh tra tại trụ sở của người nộp thuế. Căn cứ kết quả kiểm tra thuế, thanh tra thuế, cơ quan thuế xác định số thuế được hoàn của người nộp thuế. Số tiền thuế giá trị gia tăng được hoàn phải đảm bảo đã được khai thuế theo đúng quy định của Luật quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành; đảm bảo điều kiện khấu trừ, hoàn thuế quy định.

Trong quá trình giải quyết hoàn thuế mà cơ quan thuế qua công tác kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người nộp thuế có dấu hiệu vi phạm pháp luật và đã chuyển hồ sơ cho cơ quan công an điều tra hoặc người nộp thuế bị cơ quan nhà nước có thẩm quyền thu giữ sổ sách kế toán, hóa đơn chứng từ liên quan đến số thuế đề nghị hoàn thì cơ quan thuế phải thông báo cho người nộp thuế về việc hồ sơ chưa đủ điều kiện hoàn thuế. Cơ quan thuế thực hiện giải quyết hoàn thuế khi có kết quả hoặc ý kiến của cơ quan công an hoặc của cơ quan có thẩm quyền hoặc khi có đủ hồ sơ theo quy định.

Ngay sau khi Bộ Tài chính ban hành Thông tư 99, Tổng cục thuế đã ban hành văn bản hướng dẫn Cục Thuế các địa phương giám sát hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng.

Theo đó, từ nay đến ngày 13/8, Cục Thuế phải gửi hồ sơ hoàn thuế về Tổng cục Thuế để thực hiện giám sát đối với những loại hồ sơ sau: Hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau; Hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước kiểm tra sau phải thực hiện kiểm tra sau hoàn trong thời hạn một năm; Hồ sơ hoàn thuế thuộc trường hợp lũy kế sau ít nhất mười hai tháng tính từ tháng đầu tiên hoặc ít nhất sau bốn quý tính từ quý đầu tiên phát sinh số thuế giá trị gia tăng chưa được khấu trừ mà vẫn còn số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết.

Đối với các hồ sơ đã gửi về Tổng cục Thuế giám sát tính đến ngày 12/7/2016 có kết quả là: “Hồ sơ gửi không đủ điều kiện ban hành quyết định hoàn thuế”, Cục Thuế hoàn thiện hồ sơ theo quy định và gửi về Tổng Cục Thuế để tiếp tục giám sát theo công văn số 3357/BTC-TCY ngày 14/3/2016 của Bộ Tài Chính về việc quản lý chi hoàn thuế giá trị gia tăng theo đúng quy định của pháp luật.

Thông tư số 99/2016/TT-BTC có hiệu lực thi hành kể từ ngày 13/8/2016.