Về đối tượng doanh nghiệp (DN) cần xác minh thông tin, theo Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh, chỉ cần xác minh thông tin các đối tượng DN nợ thuế quá hạn trong 90 ngày và nợ quá hạn 90 ngày. Bởi đối với các khoản nợ thuế trong hạn, thuế được bảo lãnh thì không cần phải xác minh thêm vì không có tính khả thi (số lượng lớn) và chưa đến hạn thanh toán. Đối với các nhóm tiền thuế nợ chờ xử lý, chờ xóa, xét miễn, giảm, gia hạn... không cần phải xác minh thêm vì các nhóm nợ này là mục tiêu sau cùng của việc phân tích nợ (hồ sơ DN đã có hoặc đã có quyết định giải thể, hoặc đã xác định được DN bỏ trốn, mất tích... không có khả năng thu hồi).

Đối với việc thu thập thông tin của DN, theo Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh, để tránh lãng phí nhân lực cho việc thu thập thông tin DN đối với trường hợp nhiều chi cục, nhiều cục cùng xác minh một đối tượng DN (do DN cùng lúc nợ thuế tại nhiều chi cục khác nhau, nhiều cục khác nhau) thì cần quy định rõ cấp nào. Chi cục nào thu thập thông tin của DN và quy định rõ cơ chế chia sẻ thông tin.

Bên cạnh đó, trong việc xác minh tài khoản của người nộp thuế tại ngân hàng, thực tế hiện cả nước có nhiều ngân hàng thương mại và tổ chức tín dụng hoạt động. Cơ quan Hải quan sẽ không biết DN mở tài khoản ở ngân hàng nào để xác minh số tài khoản. Do vậy, việc xác minh tài khoản cần phải thành lập tổ chức đầu mối hỗ trợ phối hợp với hiệp hội ngân hàng...

Cùng góp ý về nội dung này, theo Cục Hải quan Hà Nội, thông tin về người nộp thuế có nợ thuế được thu thập từ nhiều nguồn khác nhau và là căn cứ để công chức Hải quan được phân công quản lý nợ thuế đề xuất lãnh đạo chi cục phân loại nợ thuế. Cho nên, trong quy trình quản lý nợ cần xác định cụ thể phải có bao nhiêu thông tin, kết quả xác minh từ bao nhiêu nguồn hoặc thông tin từ cơ quan chức năng nào được sử dụng làm căn cứ để phân loại nợ thuế.

Bổ sung phương pháp khai thác thông tin 

Cục Hải quan Hà Nội băn khoăn, để phân loại nợ của người nộp thuế không còn hoạt động sản xuất kinh doanh tại địa điểm đăng ký kinh doanh, thì kết quả xác minh của chính quyền sở tại (công an cấp xã) có đủ hay không, hay phải xác nhận của cơ quan Thuế? Thông tin về tình trạng ngừng hoạt động của người nộp thuế trên website của Tổng cục Thuế có đủ điều kiện để phân loại nợ hay không? Việc xác định rõ căn cứ, điều kiện để phân loại nợ thuế không chỉ giúp cho quá trình thực thi của cơ quan Hải quan được thuận lợi mà còn tạo ra tính thống nhất trong việc thực hiện.

Vì vậy, theo Hải quan Hà Nội, cần bổ sung phương pháp khai thác thông tin  trên website của cơ quan chức năng. Với cách thức, công chức hải quan in màn hình kết quả tra cứu trên trang web, ký tên, đóng dấu công chức và lưu vào hồ sơ theo dõi nợ thuế.

Với quy định làm việc tại trụ sở của người nộp thuế, cả Cục Hải quan Hà Nội và Quảng Trị đều cho rằng, quy trình cần hướng dẫn rõ phương án xử lý trong trường hợp cơ quan Hải quan đến trụ sở người nộp thuế/ tổ chức bảo lãnh nhưng bị từ chối làm việc (người đại diện có thẩm quyền không tham gia làm việc hoặc lấy lý do vắng mặt) hoặc không ký vào biên bản làm việc...

Thực hiện bù trừ nợ thuế

Về đề nghị cơ quan Thuế thực hiện bù trừ số tiền thuế giá trị gia tăng được cơ quan Thuế giải quyết hoàn thuế của những DN nợ thuế bỏ trốn..., theo Cục Hải quan Hà Nội, tại quy trình quản lý nợ cần quy định rõ như sau: Trường hợp người nộp thuế còn khoản tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa (đã có quyết định hoàn thuế) nhưng không đến làm thủ tục hoàn thuế kiêm bù trừ thì chi cục gửi thông báo yêu cầu đối tượng nợ thuế thực hiện nộp thuế đối với khoản nợ, hoặc thực hiện bù trừ tiền thuế nộp thừa cho khoản tiền nợ thuế.

Trường hợp đối tượng nộp thuế có công văn đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước (NSNN) trong đó ghi rõ việc bù trừ cho khoản phải nộp thì chi cục lập lệnh hoàn trả tiền bù trừ thu NSNN gửi Kho bạc Nhà nước nơi trực tiếp hoàn trả để thực hiện bù trừ.

Trường hợp hết thời hạn quy định theo thông báo mà đối tượng nộp thuế chưa thực hiện nộp thuế (hoặc chưa lập giấy đề nghị hoàn trả kiêm bù trừ) thì chi cục vẫn thực hiện lập lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu NSNN gửi Kho bạc Nhà nước nơi trực tiếp hoàn trả để thực hiện bù trừ, đồng thời gửi thông báo cho người nộp thuế biết.