Tại Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 ngày 06/4/2016 của Quốc hội quy định:

“Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 đã được sửa đổi, bổ sung một số Điều theo Luật số 31/2013/QH13:

...

3. Khoản 1 và Khoản 2 Điều 13 được sửa đổi, bổ sung như sau:

…

Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ và có số thuế còn lại từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng

…

Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế giá trị gia tăng mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp:

a) Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn Điều lệ như đã đăng ký; kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có Điều kiện khi chưa đủ các Điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật đầu tư hoặc không bảo đảm duy trì đủ Điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động.

…”

Tại khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC hướng dẫn:

“3. Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư

…

b) Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm c Khoản 3 Điều này và trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì cơ sở kinh doanh lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư đồng thời phải kết chuyển thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế giá trị gia tăng của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế giá trị gia tăng được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.

Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư.

Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.

…

Dự án đầu tư được hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định tại khoản 2, khoản 3 Điều này là dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư....”

Căn cứ các quy định, hướng dẫn nêu trên, theo trình bày của Cục Thuế thành phố Hà Nội và Công ty cổ phần Vinatex Quốc tế: Công ty ký hợp đồng thuê lại nhà xưởng, vật kiến trúc trên đất tại Khu công nghiệp Hòa Khánh với Công ty TNHH MTV Dệt 8/3 để thực hiện dự án đầu tư “Nhà máy dệt vải mộc” tại. Theo các tài liệu gửi kèm: Ngày 11/9/2018, Công ty TNHH MTV Dệt 8/3 ký hợp đồng thuê lại đất với Công ty Phát triển và khai thác hạ tầng KCN Đà Nẵng.

Ngày 19/10/2018, Công ty TNHH MTV Dệt 8/3 được Sở Tài nguyên và Môi trường thành phố Đà Nẵng cấp GCN Quyền sử dụng đất, Quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất. Theo đó, Tổng cục Thuế thống nhất với ý kiến xử lý của Cục Thuế thành phố Hà Nội tại Công văn số 67242/CT-KTT2 ngày 04/10/2018 xử lý việc hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư của Công ty Cổ phần Vinatex Quốc tế theo quy định tại Luật số 106/2016/QH13.