Theo đó, phương pháp so sánh giá giao dịch độc lập được áp dụng trong các trường hợp: Người nộp thuế mua, bán sản phẩm giao dịch phổ biến trên thị trường, có giá được niêm yết công khai trên các sàn giao dịch hàng hóa, dịch vụ trong nước và quốc tế hoặc các giao dịch xác định mức phí bản quyền, mức lãi suất cho vay và đi vay trong điều kiện tương đồng.

Người nộp thuế thực hiện đồng thời cả giao dịch liên kết và giao dịch độc lập với các sản phẩm không có khác biệt trọng yếu về đặc tính sản phẩm và điều kiện hợp đồng hoặc một trong các bên liên kết tham gia giao dịch có thực hiện các giao dịch tương tự với bên độc lập.

Phương pháp này được áp dụng trên nguyên tắc: Không có khác biệt về đặc tính sản phẩm và điều kiện hợp đồng khi so sánh giữa giao dịch độc lập và giao dịch liên kết gây ảnh hưởng trọng yếu đến giá sản phẩm; trường hợp có các khác biệt ảnh hưởng trọng yếu đến giá sản phẩm có thể xác định các khác biệt, tính toán và điều chỉnh các khác biệt trọng yếu này.

Giá sản phẩm trong giao dịch liên kết được điều chỉnh theo giá sản phẩm trong giao dịch độc lập tương đồng hoặc giá trị phù hợp nhất trong các giá trị của khoảng giá trị giao dịch độc lập của các đối tượng so sánh độc lập tương đồng được lựa chọn…

Bên cạnh đó, người nộp thuế thực hiện kê khai thông tin về quan hệ liên kết và giao dịch liên kết theo mẫu quy định; lập và lưu giữ bộ Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết và xuất trình theo yêu cầu cung cấp thông tin của cơ quan thuế, gồm hồ sơ quốc gia (các thông tin chi tiết của người nộp thuế, các giao dịch liên kết phát sinh trong kỳ tính thuế…) và hồ sơ toàn cầu (kế hoạch kinh doanh, phát triển của tập đoàn gồm cơ cấu tổ chức và mô hình kinh doanh, chuỗi giá trị và các hoạt động kinh doanh của tập đoàn, tài sản vô hình và các hoạt động tài chính liên kết trong nội bộ tập đoàn…).