Thông báo kết luận nêu rõ, thuế đối với đơn vị sự nghiệp công lập thực hiện đúng quy định của pháp luật về thuế.

Phó Thủ tướng giao Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với các bộ, cơ quan liên quan trên cơ sở Nghị quyết số 19-NQ/TW ngày 25/10/2017 của Ban Chấp hành Trung ương về tiếp tục đổi mới hệ thống tổ chức và quản lý, nâng cao chất lượng và hiệu quả hoạt động của các đơn vị sự nghiệp công lập, rà soát, hoàn thiện chính sách thuế đối với đơn vị sự nghiệp công lập nhằm khuyến khích các đơn vị này tự chủ tài chính và có tích lũy cho đầu tư, báo cáo Thủ tướng Chính phủ, Chính phủ trình Quốc hội sửa đổi, bổ sung các Luật về thuế trong năm 2018.

Trong đó, cần đánh giá tình hình thực hiện chính sách không chịu thuế giá trị gia tăng đối với dịch vụ y tế, dạy học, dạy nghề thời gian qua. Đánh giá việc thực hiện pháp luật thuế thu nhập doanh nghiệp của các đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực y tế, giáo dục và đào tạo thời gian qua (trong đó, làm rõ tình hình ở đơn vị tự chủ hoàn toàn, đơn vị tự chủ một phần và đơn vị được ngân sách nhà nước đầu tư toàn bộ).

Rà soát lại chế độ kế toán đối với đơn vị sự nghiệp, đảm bảo hạch toán đầy đủ thu, chi.

Bổ sung miễn thuế thu nhập doanh nghiệp đối với thu nhập từ các dịch vụ công cơ bản, thiết yếu trong lĩnh vực y tế, giáo dục và đào tạo của đơn vị sự nghiệp công lập do ngân sách nhà nước đầu tư và miễn thuế thu nhập doanh nghiệp đối với các đơn vị sự nghiệp công lập ở các địa bàn vùng sâu, vùng xa, vùng dân tộc ít người.

Được biết, trước cuộc họp về chính sách thuế đối với các đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực y tế, giáo dục và đào tạo, Bộ Tài chính đã tập hợp các ý kiến của nhiều đơn vị, đồng thời hướng dẫn cụ thể về vấn đề này.

Bộ Tài chính thấy rằng,  học phí và viện phí đã chuyển sang cơ chế giá theo quy định của Luật Giá năm 2012, Luật Khám bệnh, chữa bệnh năm 2009, Luật Giáo dục đại học năm 2012 và Luật Giáo dục nghề nghiệp năm 2014.

Theo Bộ Tài chính, hiện nay, mức giá dịch vụ sự nghiệp công trong lĩnh vực y tế, giáo dục và đào tạo chưa được xây dựng theo cơ chế thị trường, chưa tính đủ chi phí hợp lý theo lộ trình quy định tại Nghị định số 16/2015/NĐ-CP.

Theo đó, trước mắt Bộ Tài chính đề xuất, đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực y tế chưa phải nộp thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) đối với khoản thu từ dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh cho người bệnh có thẻ bảo hiểm y tế và dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh không thuộc phạm vi thanh toán của Quỹ Bảo hiểm y tế trong phạm vi khung giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh theo quy định của cơ quan có thẩm quyền ban hành chưa tính đầy đủ chi phí.

Trường hợp đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực y tế cung cấp dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh theo yêu cầu; hoạt động liên doanh, liên kết; xã hội hóa; hoạt động khác như: Đào tạo, nghiên cứu khoa học của đơn vị theo hợp đồng dịch vụ, dịch vụ pha chế thuốc, dịch truyền, sàng lọc máu và các chế phẩm từ máu, vắc xin, sinh phẩm, hoạt động dịch vụ giặt là, ăn uống, vệ sinh, phương tiện đưa đón bệnh nhân, nhà thuốc, trông xe, thu dịch vụ khác thì phải nộp thuế TNDN theo quy định.

Đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực giáo dục và đào tạo chưa phải nộp thuế TNDN đối với khoản thu học phí trong phạm vi khung giá theo quy định của cơ quan có thẩm quyền ban hành chưa tính đầy đủ chi phí.

Cụ thể: Học phí các bậc học mầm non, tiểu học, trung học cơ sở, trung học phổ thông trong các cơ sở giáo dục và đào tạo công lập; học phí trong các cơ sở giáo dục và đào tạo đại học công lập, giáo dục nghề nghiệp (kể các các trường thực hiện cơ chế tự chủ toàn bộ chi đầu tư và chi thường xuyên) đối với hệ đào tạo đại trà.

Trường hợp đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực giáo dục và đào tạo cung cấp dịch vụ giáo dục và đào tạo tại chức; liên doanh, liên kết; đào tạo chất lượng cao; đào tạo, bồi dưỡng ngắn hạn; xã hội hóa; thu từ các hoạt động khác như: Nghiên cứu khoa học của đơn vị theo hợp đồng dịch vụ, dịch vụ ký túc xá, nhà sách, sân thể thao, ăn uống, trông xe, bán sản phẩm thực hành, hoạt động sản xuất, gia công cho bên ngoài, thu dịch vụ khác thì phải nộp thuế TNDN theo quy định.

Đơn vị sự nghiệp công lập có hoạt động kinh doanh hàng hóa, dịch vụ có thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp mà các đơn vị này hạch toán được doanh thu nhưng không xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động kinh doanh thì kê khai nộp thuế TNDN tính theo tỷ lệ % trên toàn bộ doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ theo quy định tại khoản 5 Điều 11 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP./.