Theo đánh giá của Bộ Tài chính, Luật Thuế TNDN hiện hành có quy định 7 khoản thu nhập miễn thuế. Tuy nhiên, chưa có quy định miễn thuế đối với một số hoạt động như: thu nhập từ chuyển nhượng chứng chỉ giảm phát thải (CERs); thu nhập từ hoạt động tín dụng đầu tư phát triển, tín dụng xuất khẩu của Nhà nước của Ngân hàng Phát triển Việt Nam; thu nhập từ hoạt động tín dụng cho người nghèo và các đối tượng chính sách khác của Ngân hàng Chính sách xã hội; thu nhập từ hoạt động tín dụng đầu tư theo chức năng, nhiệm vụ của Quỹ Đầu tư phát triển địa phương.

Bên cạnh đó, ngoài những kết quả đạt được, do sự biến động nhanh của nền kinh tế nên một số quy định trong Luật Thuế TNDN đã bộc lộ một số tồn tại, hạn chế. Chẳng hạn, chính sách ưu đãi thuế TNDN tuy đã được sắp xếp lại theo hướng thu hẹp về lĩnh vực, ngành nghề song mới hướng vào việc khuyến khích đầu tư lập DN mới nên chưa tạo động lực khuyến khích các DN đang hoạt động bỏ thêm vốn đầu tư. Thực tế này khiến chưa thể phát huy hết hiệu quả phân bổ nguồn lực trong đầu tư để đáp ứng yêu cầu về phát triển kinh tế theo vùng và lãnh thổ, nhất là thu hút đầu tư vào các địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn. Đây chính là một trong những lí do khiến Bộ Tài chính đề xuất bổ sung thu nhập được miễn thuế cho một số lĩnh vực.

Về Thu nhập từ chuyển nhượng chứng chỉ giảm phát thải

Nghiên cứu kinh nghiệm quốc tế của Bộ Tài chính cho thấy một số quốc gia như Thái Lan, Malaysia, Nam Phi, Trung Quốc…cũng có quy định miễn thuế TNDN đối với thu nhập từ chuyển nhượng CERs. Chẳng hạn, Thái Lan cho miễn thuế 3 năm liên tục, kể từ năm đầu tiên Dự án nhận được công văn phê chuẩn của Tổ chức Quản lý Khí Nhà kính Thái Lan. Nam Phi cho miễn thuế đối với thu nhập từ chuyển nhượng lần đầu, những lần chuyển nhượng CERs tiếp theo bị đánh thuế…

Ở nước ta để khuyến khích phát triển các dự án đầu tư theo cơ chế phát triển sạch, kể từ năm 2007, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 130/2007/QĐ-TTg ngày 02/8/2007 quy định một số cơ chế, chính sách tài chính đối với dự án đầu tư theo cơ chế phát triển sạch, trong đó quy định DN thực hiện dự án đầu tư theo cơ chế phát triển sạch được hưởng ưu đãi thuế TNDN ở mức cao. Bên cạnh đó, để khuyến khích DN có thêm nguồn vốn đầu tư công nghệ sản xuất sạch, sử dụng công nghệ cao, thân thiện với môi trường, hạn chế tình trạng ô nhiễm môi trường, Chính phủ đã bổ sung quy định miễn thuế đối với thu nhập từ chuyển nhượng CERs tại khoản 2 Điều 1 Nghị định 122/2011/NĐ-CP.

Do vậy, để đáp ứng yêu cầu thực tiễn, phù hợp xu thế tiến bộ của thế giới và khuyến khích DN bỏ vốn đầu tư sử dụng công nghệ cao, công nghệ sản xuất sạch, công nghệ mới thân thiện với môi trường (dự án CDM), Bộ Tài chính trình Chính phủ trình Quốc hội cho bổ sung một khoản mới (khoản 8) vào Điều 4 Luật Thuế TNDN, theo đó bổ sung quy định thu nhập từ chuyển nhượng CERs của DN được cấp chứng chỉ CERs là thu nhập miễn thuế và việc miễn thuế này chỉ áp dụng đối với lần chuyển nhượng đầu tiên.

Về miễn thuế đối với phần thu nhập thực hiện nhiệm vụ Nhà nước giao của Ngân hàng phát triển Việt Nam, Ngân hàng Chính sách xã hội và Quỹ đầu tư phát triển địa phương

Hiện nay có một số tổ chức hoạt động không vì mục tiêu lợi nhuận đang được miễn thuế và các khoản phải nộp NSNN đối với thu nhập từ hoạt động theo chức năng, nhiệm vụ Nhà nước giao theo quy định của Thủ tướng Chính phủ, đó là: thu nhập hoạt động tín dụng đầu tư phát triển, tín dụng xuất khẩu của Nhà nước của Ngân hàng phát triển Việt Nam (khoản 3 Điều 3 Quyết định số 44/2007/QĐ-TTg ngày 30/3/2007 của TTgCP), thu nhập từ hoạt động tín dụng cho người nghèo và các đối tượng chính sách khác của Ngân hàng Chính sách xã hội (Điều 2 QĐ 180/2002/QĐ-TTg ngày 19/12/2002). Riêng đối với Quỹ đầu tư phát triển địa phương: Điều 3, Điều 4 Nghị định số 138/2007/NĐ-CP đang quy định hoạt động tín dụng theo chức năng, nhiệm vụ của Quỹ đầu tư phát triển địa phương có tính chất tương tự như Ngân hàng Phát triển Việt Nam nêu trên.

Để đảm bảo chính sách minh bạch, rõ ràng và cơ sở pháp lý trong thực hiện, Bộ Tài chính trình Chính phủ trình Quốc hội bổ sung một khoản mới (khoản 9) vào Điều 4 Luật Thuế TNDN, theo đó quy định thu nhập từ hoạt động tín dụng đầu tư phát triển, tín dụng xuất khẩu của Nhà nước của Ngân hàng Phát triển Việt Nam; thu nhập từ hoạt động tín dụng cho người nghèo và các đối tượng chính sách khác của Ngân hàng Chính sách xã hội; thu nhập từ dịch vụ tín dụng theo chức năng, nhiệm vụ của Quỹ đầu tư phát triển địa phương là thu nhập được miễn thuế.

Về bổ sung quy định miễn thuế đối với phần lợi nhuận không chia của cơ sở giáo dục đại học tư thục

Hiện nay, ở nước ta đã có một số tổ chức Hội (Hội khuyến nông, Hội khuyến học, Hội bảo trợ người tàn tật…) và các tổ chức phi chính phủ nước ngoài được phép hoạt động tại Việt Nam (Hội đồng Anh, Cộng đồng Pháp ngữ, Trung tâm giáo dục của Hội đồng Bộ trưởng các nước ASEAN...). Đây là các tổ chức có tham gia tích cực vào một số lĩnh vực của đời sống xã hội, cung cấp một số dịch vụ công mang tính tự nguyện, từ thiện (đào tạo, tư vấn đời sống, pháp luật, văn hoá, nghiên cứu khoa học ...).

Thu nhập từ hoạt động của các tổ chức này được sử dụng cho mục đích, tôn chỉ của tổ chức mà không phân chia cho chủ sở hữu. Theo Luật thuế TNDN hiện hành, các tổ chức hoạt động không vì mục tiêu lợi nhuận (tổ chức có thu nhập không chia) nếu phát sinh thu nhập vẫn thuộc đối tượng nộp thuế và thực hiện nghĩa vụ thuế theo quy định chung. Vì vậy, có ý kiến đề nghị cần có quy định đặc thù đối với các tổ chức phi lợi nhuận để khuyến khích, tạo thuận lợi cho sự phát triển loại hình các tổ chức này trong khi xã hội càng phát triển thì càng có nhu cầu hình thành nhiều loại hình tổ chức này để chia sẻ dịch vụ công với Nhà nước.

Qua rà soát Bộ Tài chính thấy rằng: Thứ nhất, hiện nay các pháp luật liên quan chưa có quy định về tổ chức hoạt động phi lợi nhuận hay tổ chức có thu nhập không chia nên việc sửa đổi, bổ sung Luật thuế TNDN cũng là khó khả thi và cũng sẽ phát sinh vướng mắc đối với trường hợp DN sản xuất kinh doanh giữ lợi nhuận tái đầu tư mở rộng sản xuất, mà không chia cho các chủ sở hữu. Thứ hai, Luật Giáo dục Đại học năm 2012 (khoản 3 Điều 66) đã có quy định các cơ sở giáo dục đại học phải dành ít nhất 25% để đầu tư phát triển cơ sở giáo dục đại học, cho các hoạt động giáo dục, xây dựng cơ sở vật chất, mua sắm trang thiết bị, đào tạo, bồi dưỡng giảng viên, viên chức, cán bộ quản lý giáo dục, phục vụ cho hoạt động học tập và sinh hoạt của người học hoặc cho các mục đích từ thiện, thực hiện trách nhiệm xã hội và đã quy định rõ phần thu nhập này được miễn thuế TNDN.

Có thể nói, quy định của Luật Giáo dục nêu trên đã giải quyết được vướng mắc về chính sách thuế đối với tổ chức có lợi nhuận không chia trong lĩnh vực giáo dục đại học. Do đó, để đảm bảo minh bạch chính sách và bước đầu quy định về chính sách thuế đối với tổ chức có lợi nhuận không chia là cơ sở giáo dục đại học tư thục, Bộ Tài chính trình Chính phủ đưa nội dung sửa đổi, bổ sung về thuế đối với các tổ chức này vào Dự thảo Luật.

Theo đó, bổ sung thêm một khoản mới (khoản 10) vào Điều 4 Luật thuế TNDN quy định miễn thuế đối với “Phần thu nhập của cơ sở giáo dục đại học tư thục để lại để đầu tư phát triển cơ sở giáo dục đại học, cho các hoạt động giáo dục, xây dựng cơ sở vật chất, mua sắm trang thiết bị, đào tạo, bồi dưỡng giảng viên, viên chức, cán bộ quản lý giáo dục, phục vụ cho hoạt động học tập và sinh hoạt của người học hoặc cho các mục đích từ thiện, thực hiện trách nhiệm xã hội của cơ sở đó theo quy định tại Điều 66 Luật Giáo dục đại học năm 2012”.

Có thể khẳng định, những đề xuất này của Bộ Tài chính sẽ mang lại nhiều lợi ích quan trọng và thiết thực cho các đối tượng liên quan. Đồng thời vẫn đảm bảo được mục tiêu, yêu cầu đề ra khi sửa đổi, bổ sung Luật Thuế TNDN, đó là kiên trì mục tiêu dài hạn đã đặt ra khi ban hành Luật thuế TNDN năm 2008 đồng thời có tính đến hiệu quả thu hút đầu tư như: Tiếp tục tạo môi trường đầu tư và kinh doanh thuận lợi, bảo đảm công bằng, bình đẳng trong cạnh tranh; Thực hiện giảm mức thuế suất chung để doanh nghiệp có thêm nguồn lực tài chính, tăng tích luỹ, tích tụ đổi mới thiết bị, đẩy mạnh đầu tư phát triển, nâng cao năng lực cạnh tranh; Tiếp tục cải cách ưu đãi thuế nhằm tạo sự chuyển biến trong phân bổ nguồn lực, khuyến khích và thu hút đầu tư có chọn lọc để phát triển các vùng có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn và một số ít ngành, lĩnh vực quan trọng theo chính sách phát triển của Nhà nước trong giai đoạn tới.