Tại các văn bản hướng dẫn thi hành Luật thuế GTGT (có hiệu lực kể từ ngày 1/1/2014) thì mặt hàng gạo, gạo đã qua công đoạn đánh bóng thuộc diện không chịu thuế GTGT ở khâu trồng trọt bán ra cũng như thuộc diện không kê khai tính thuế GTGT ở khâu thương mại. DN kinh doanh thương mại mua hàng hoá XK thì số thuế GTGT đầu vào được hoàn cho hàng hoá XK phải trừ số thuế GTGT đầu vào của hàng hoá còn tồn kho cuối tháng/quý.

Tuy nhiên, theo đề xuất của Tổng cục Thuế, ngoài thủ tục hồ sơ khai thuế GTGT và hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT đối với hàng hoá XK theo quy định, DN phải cung cấp thêm các tài liệu như: Quyết định của UBND tỉnh biên giới có liên quan về việc DN được tham gia XK gạo dưới hình thức mua bán, trao đổi qua biên giới Việt-Trung, hạn mức XK gạo được giao, thời hạn được phép XK gạo; Văn bản của hiệp hội Lương thực Việt Nam thông báo giá hướng dẫn gạo XK tương ứng từng thời điểm cơ quan Hải quan xác nhận "hàng hoá đã XK" trên các tờ khai hàng hoá XK có liên quan.

Trên cơ sở đó, cơ quan Thuế thực hiện giải quyết khấu trừ, hoàn thuế GTGT đối với mặt hàng gạo XK. Với trường hợp cơ quan Thuế phát hiện hồ sơ khai thuế, đề nghị hoàn thuế GTGT liên quan đến mặt hàng gạo XK không đảm bảo quy định hiện hành và các điều kiện nêu trên thì cơ quan Thuế loại trừ không xét khấu trừ, hoàn số thuế GTGT (nếu đã kê khai khấu trừ hoặc đã hoàn thì thu hồi số thuế đã kê khai khấu trừ, đã hoàn) có liên quan và xử phạt vi phạm pháp luật về thuế theo quy định.