Thông tư trên quy định chi tiết về một số đặc thù của hoạt động này như: bơm xăng dầu từ phương tiện vận chuyển vào kho và ngược lại; kiểm tra nhà nước về chất lượng lô hàng; xác định khối lượng, chủng loại, kiểm tra thực tế xăng dầu nhập khẩu, xuất khẩu, tạm nhập, tái xuất và nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất xăng dầu hoặc gia công xuất khẩu xăng dầu.

Trong trường hợp có nghi vấn kết quả giám định, Chi cục trưởng Chi cục Hải quan yêu cầu thương nhân tiến hành lại việc giám định đối với lô hàng và thống nhất với thương nhân lựa chọn thương nhân giám định tiến hành giám định, kiểm tra lại lô hàng.

Ngoài ra, đối với trường hợp xăng dầu đã tạm nhập nhưng không tái xuất hoặc tái xuất không hết được chuyển tiêu thụ nội địa, thương nhân có văn bản đề nghị được chuyển tiêu thụ nội địa gửi Cục Hải quan nơi làm thủ tục tạm nhập.

Sau khi được Lãnh đạo Cục Hải quan xem xét, phê duyệt, thương nhân đăng ký tờ khai mới để làm thủ tục đối với lượng xăng dầu được chuyển tiêu thụ nội địa theo loại hình nhập kinh doanh; chính sách thuế, chính sách quản lý mặt hàng xăng dầu nhập khẩu áp dụng tại thời điểm đăng ký tờ khai chuyển tiêu thụ nội địa. Trường hợp lô hàng đã kiểm tra chất lượng khi làm thủ tục tạm nhập thì không phải thực hiện kiểm tra chất lượng khi chuyển tiêu thụ nội địa.

Bên cạnh đó, Thông tư cũng quy định cụ thể trách nhiệm của thương nhân, thuyền trưởng, chủ tàu, đại lý chủ tàu, doanh nghiệp quản lý khai thác tàu như sau:

Thứ nhất, đảm bảo giữ nguyên trạng hàng hóa, niêm phong hải quan và hồ sơ hải quan trong quá trình vận chuyển đến cửa khẩu xuất, đến các doanh nghiệp quy định tại khoản 4, Điều 2 Thông tư này.

Thứ hai, trường hợp xăng dầu tái xuất qua cửa khẩu khác cửa khẩu nơi làm thủ tục tái xuất, thương nhân chịu trách nhiệm vận chuyển đúng tuyến đường, đúng điểm dừng, thời gian, cửa khẩu đã đăng ký với cơ quan Hải quan và đảm bảo nguyên trạng hàng hóa, niêm phong hải quan. Thời gian vận chuyển xăng dầu sau khi được bơm lên phương tiện vận tải vận chuyển xăng dầu tái xuất đến cửa khẩu tái xuất không quá 05 (năm) ngày.

Trường hợp vì lý do khách quan không thể vận chuyển hàng hóa đúng tuyến đường, thời gian thì thương nhân phải có văn bản thông báo cho Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai và Chi cục Hải quan cửa khẩu xuất biết để theo dõi, giám sát.

Thứ ba, đối với tàu biển quốc tịch Việt Nam chạy tuyến quốc tế xuất cảnh: Mỗi lần thương nhân cung ứng xăng dầu (tái xuất) chỉ được cung ứng đúng lượng xăng dầu theo Đơn đặt hàng (order) của thuyền trưởng; chủ tàu; đại lý chủ tàu; doanh nghiệp quản lý khai thác tàu hoặc hợp đồng đã ký giữa thương nhân cung ứng và chủ tàu; đại lý chủ tàu; doanh nghiệp quản lý khai thác tàu (nếu có).

Thứ tư, nộp các loại thuế theo quy định đối với lượng xăng dầu chạy tuyến nội địa theo Đơn đặt hàng của thuyền trưởng; chủ tàu; đại lý chủ tàu; doanh nghiệp quản lý khai thác tàu đã đăng ký với cơ quan hải quan.

Thứ năm, trường hợp xăng dầu cung ứng (đã làm thủ tục tái xuất) cho tàu biển nhưng vì lý do khách quan tàu biển không xuất cảnh chạy tuyến quốc tế hoặc có xuất cảnh nhưng chạy thêm chặng nội địa thì thuyền trưởng; chủ tàu; đại lý chủ tàu; doanh nghiệp quản lý khai thác tàu có trách nhiệm thông báo cho Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục tái xuất xăng dầu, Chi cục Hải quan cửa khẩu xuất (đối với trường hợp tàu biển xuất cảnh tại cửa khẩu khác với cửa khẩu nơi làm thủ tục tái xuất) biết để được giải quyết các thủ tục tiếp theo và hoàn toàn chịu trách nhiệm trước pháp luật về việc thông báo và nội dung thông báo này.

Thương nhân có trách nhiệm nộp các loại thuế các loại theo quy định đối với lượng xăng dầu đã làm thủ tục tái xuất nhưng sử dụng chạy chặng nội địa.

Thứ sáu, mỗi quý, vào ngày 15 tháng đầu tiên của quý tiếp theo, thương nhân có trách nhiệm tổng hợp báo cáo Tổng cục Hải quan về xăng dầu xuất khẩu.