Thực hiện Nghị định số 123/2020/NĐ-CP của Chính phủ quy định về hóa đơn, chứng từ liên quan đến hồ sơ hải quan phải nộp đối với hàng hóa xuất nhập khẩu tại chỗ theo quy định; tại khoản 3 Điều 86 Thông tư số 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại khoản 58, Điều 1, Thông tư số 39/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018, Bộ Tài chính đã hướng dẫn nộp hóa đơn khi làm thủ tục xuất nhập khẩu tại chỗ đối với trường hợp doanh nghiệp nội địa kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng (GTGT) theo phương pháp khấu trừ bán hàng cho doanh nghiệp chế xuất, doanh nghiệp trong khu phi thuế quan (kể cả cơ sở gia công hàng hóa xuất khẩu).

Theo đó, khi làm thủ tục xuất khẩu tại chỗ, người khai hải quan thực hiện thủ tục hải quan theo quy định tại khoản 58, Điều 1, Thông tư số 39/2018/TT-BTC và nộp phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ (bản chụp) thay hóa đơn GTGT thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan cho cơ quan hải quan theo quy định tại điểm c, khoản 3, Điều 13, Nghị định số 123/2020/NĐ-CP.

Khi làm thủ tục nhập khẩu tại chỗ, người khai hải quan thực hiện thủ tục hải quan theo quy định tại khoản 58, Điều 1, Thông tư số 39/2018/TT-BTC và nộp hồ sơ hải quan kèm hóa đơn GTGT (bản chụp) thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan cho cơ quan hải quan.