Tuy nhiên, ngành Thuế vẫn còn một số hạn chế trong công tác quản lý thuế so với yêu cầu, khả năng, năng lực; tổ chức bộ máy ngành Thuế chưa thích hợp với cơ chế mới; quy trình, thủ tục hành chính thuế còn nhiều phức tạp. Để khắc phục những hạn chế, phát huy các thành tích đã đạt được, Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế cần quyết liệt đổi mới mạnh mẽ hơn nữa nhằm tạo thuận lợi cho người dân và doanh nghiệp, góp phần cải thiện môi trường kinh doanh, nâng cao sức cạnh tranh góp phần phát triển nhanh, bền vững.

Theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế triển khai đồng bộ các biện pháp quản lý thuế, phấn đấu hoàn thành vượt dự toán thu năm 2014 gắn với hỗ trợ, tháo gỡ kịp thời khó khăn, vướng mắc cho doanh nghiệp, người dân theo đúng chủ trương, chính sách của Nhà nước.

Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế tăng cường công khai, minh bạch trong quản lý thuế và xây dựng chính sách thuế. Tập trung đẩy mạnh cải cách thủ tục hành chính thuế, nâng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý thuế, kiên quyết phòng, chống tiêu cực, tham nhũng trong quản lý thuế tạo bước chuyển biến rõ nét trong sáu tháng cuối năm và các năm tiếp theo.

Thủ tướng Chính phủ yêu cầu tập trung cải cách thủ tục hành chính thuế với các chỉ tiêu cụ thể để đến cuối năm 2014 giảm thời gian thực hiện thủ tục khai thuế, nộp thuế xuống còn không quá 300 giờ/năm và đến năm 2015 bằng với mức trung bình của nhóm nước ASEAN-6 (171 giờ/năm); giảm số lần nộp thuế xuống tối thiểu bằng với mức trung bình của các nước trong khu vực.

Các giải pháp được đưa ra như đối với các thủ tục hành chính cần cắt giảm ngay liên quan đến việc phải sửa đổi, bổ sung luật hoặc nghị định, Bộ Tài chính báo cáo Chính phủ để có nghị quyết cho phép thí điểm thực hiện trước mắt, sau đó phối hợp với cơ quan liên quan trình cấp có thẩm quyền sửa đổi, bổ sung theo trình tự, thủ tục quy định.

Đối với những thủ tục hành chính thuế quy định tại văn bản do Bộ Tài chính, Tổng cục thuế ban hành cần rà soát để cắt bỏ, đơn giản ngay những thủ tục gây phiền hà, phức tạp, không cần thiết đối với người nộp thuế; rà soát, hoàn thiện và công khai các quy trình quản lý thuế, tập trung vào thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập doanh nghiệp, thu thuế đối với hộ khoán, tạo một bước cải cách mạnh mẽ trong quản lý thuế khoán theo hướng đơn giản, công khai, minh bạch và chống thất thu thuế.

Thủ tướng Chính phủ yêu cầu tiếp tục hiện đại hóa quản lý thuế, đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin; triển khai rộng rãi kê khai, nộp thuế điện tử, phấn đấu đến cuối năm 2014 có 95% số doanh nghiệp tham gia vào kê khai thuế điện tử; đồng thời đẩy mạnh phát triển hệ thống đại lý thuế. Tăng cường kiểm tra, thanh tra thuế theo phương thức hậu kiểm. Đẩy mạnh chống thất thu thuế, chuyển giá quyết liệt, hiệu quả hơn nữa.

Về thủ tục thu, nộp các khoản bảo hiểm bắt buộc, Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với Bộ Lao động-Thương binh và Xã hội, Bộ Y tế chỉ đạo, hướng dẫn Bảo Hiểm xã hội Việt Nam nghiên cứu, sửa đổi ngay quy trình, thủ tục để đến cuối năm nay phấn đấu giảm 1/3 số lần và giảm 50% số giờ thực hiện thủ tục hành chính đối với lĩnh vực này.