Hiện tại ở Việt Nam, vì rất nhiều nguyên nhân như tàu chạy tuyến nội địa nhiều, hàng lại ít, thêm đội tàu pha sông biển có thể chở hàng với giá cước thấp, thị trường đã nghiêng về phía có lợi cho chủ hàng, và điều khoản thanh toán luôn là chủ hàng trả 50% sau khi tàu xếp hàng xong và trả tiếp 50% sau khi dỡ hàng khoảng 7 - 30 ngày.

Quy định theo hợp đồng là vậy nhưng thực tế nhiều doanh nghiệp chủ hàng hay đại lý chủ hàng thường "có cớ" để cố tình trả chậm hơn thời gian nói trên, gây rất nhiều khó khăn cho doanh nghiệp vận tải biển khi phải bỏ tiền túi để vận chuyển rồi phải chờ nhiều ngày sau khi dỡ hàng mới mong được thanh toán.

Số 50% tiền cước còn lại lẽ ra là chi phí cho con tàu trong chuyến hải hành thì lại bị chủ hàng giữ lại với lý do để giải quyết các sự việc phát sinh, như đền hàng hóa bị hư hỏng, mất mát, trong khi việc này thường là do bảo hiểm (bảo hiểm tàu và bảo hiểm hàng hóa) lo.

Cũng có khi chủ hàng tạo ra tranh chấp để kéo dài chuyện trả nợ nhằm chiếm dụng vốn. Cũng có chủ hàng kéo dài việc trả nợ 50% nhiều chuyến với "miếng mồi ngon" là có nhiều hàng để chở liên tục. Và khi số nợ lên đến nhiều tỷ đồng thì họ phá sản công ty hay thay đổi tên công ty làm cho chủ tàu bị thiếu nợ với số tiền lớn và lâm vào kiện tụng kéo dài.

Có nhiều chủ tàu hiểu được cách kinh doanh của chủ hàng như vậy nên không ký hợp đồng trực tiếp mà làm việc qua đại lý vận tải, tất nhiên sẽ tốn chi phí. Đại lý vận tải sẽ tự bỏ tiền chi phí cho tàu rồi thu tiền cước của chủ hàng sau. Điều này sẽ giảm tải gánh nặng tài chính cho phía chủ tàu.

Tuy nhiên về lâu dài, đại lý sẽ không có nhiều tài chính để cân đối nợ cho hai bên. Vậy là họ chấp nhận nợ lại các đối tác khác như cung ứng dầu, trang thiết bị cho tàu... - một vòng lẩn quẩn các món nợ cứ kéo ngày càng dài ra. Và đã có doanh nghiệp chủ hàng hay đại lý "tự động biến mất" để chạy trốn các khoản nợ.

Nhiều chủ tàu chỉ có một con tàu cho tuyến hàng nào đó, nhưng lại ký hợp đồng cùng lúc với nhiều chủ hàng hay đại lý rồi chọn hợp đồng nào có lợi nhất để làm và bỏ qua hoặc xin hủy các hợp đồng còn lại bằng nhiều lý do. Lý do có thể chính đáng, có thể không, nhưng chủ hàng buộc phải chấp nhận vì không còn cách nào khác.

Một ngành hàng hải mạnh không thể tạo ra những con nợ một thời gian rồi biến mất, hay những doanh nghiệp kinh doanh không dựa vào chữ tín. Cách ấy chỉ tạo ra những con buôn nhất thời và doanh nghiệp không thể phát triển, đất nước cũng không thể tạo ra những công ty vận tải biển lớn.

Và thực tế đã chứng minh, có nhiều doanh nghiệp vận tải nội địa làm ăn rất bài bản, đàng hoàng nhưng vẫn không thể trụ lâu dài trong ngành. Ngành Hàng hải Việt Nam không thể phát triển được dù được đầu tư nhiều và có sự hỗ trợ của Nhà nước trong một thời gian dài, tuy rằng cách đầu tư còn nhiều điểm đáng bàn. Chỉ riêng cách kinh doanh như kể trên cũng góp phần làm suy yếu ngành hàng hải Việt Nam một cách đáng kể.