Thanh tra Tổng cục thuế cho biết, năm 2019 toàn ngành thực hiện 96.243 cuộc thanh kiểm tra, đạt 109,72% kế hoạch, kiểm tra được 517.554 hồ sơ.

Tổng số tiền kiến nghị xử lý sau thanh tra là hơn 64.524 tỷ đồng, bằng 103,7% so với 2018. Trong đó, thuế thu qua thanh kiểm tra 18.875 tỷ đồng, giảm khấu trừ 2.700 tỷ đồng, giảm lỗ 42,948 tỷ đồng. Tổng số tiền thuế nộp vào ngân sách là 13.812 tỷ đồng.

Riêng với các doanh nghiệp có hoạt động liên kết, toàn ngành thực hiện thanh kiểm tra 816 doanh nghiệp. Truy thu, truy hoàn và phạt 1.719 tỷ đồng, giảm lỗ 7.026 tỷ đồng, giảm khấu trừ 33,44 tỷ đồng. Điều chỉnh tăng thu nhập chịu thuế 7.508 tỷ đồng.

Cơ quan thanh tra cũng xác định lại giá trị thị trường đối với giao dịch liên kết đã truy thu 663,64 tỷ đồng, giảm lỗ 2.612 tỷ đồng, điều chỉnh tăng thu nhập chịu thuế 6.393 tỷ đồng.

Điển hình trong đó phải kể đến việc Coca-Cola Việt Nam bị phạt, truy thu thuế hơn 821 tỷ đồng. Nguyên nhân do doanh nghiệp này vi phạm về khai sai dẫn đến thiếu số thuế phải nộp theo quy định. Trong đó, số thuế giá trị gia tăng bị truy thu là hơn 60 tỷ đồng, thuế thu nhập doanh nghiệp hơn 359 tỷ đồng, thuế nộp thay nhà thầu nước ngoài gần 52 tỷ đồng.

Cơ quan thuế cũng tính tiền chậm nộp hơn 288,6 tỷ đồng và lưu ý số tiền chậm nộp này mới tính đến hết ngày 16/12/2019.

Ngoài ra, Coca-Cola Việt Nam còn bị phạt vi phạm hành chính hơn 61,6 tỷ đồng.

Trường hợp nữa là Heineken Việt Nam. Theo báo cáo, Công ty Heineken Asia Pacific Pte. Ltd (trụ sở tại Singapore) ký Hợp đồng chuyển nhượng 100% cổ phần tại Công ty TNHH nhà máy bia Heineken Việt Nam – Hà Nội cho Công ty TNHH Nhà máy Bia Heineken Việt Nam với trị giá hơn 4.800 tỷ đồng.

Công ty TNHH Nhà máy Bia Heineken Việt Nam đã nộp (thay) tờ khai thuế thu nhập doanh nghiệp với số thuế gần 823 tỷ đồng. Tuy nhiên, Công ty Heineken Asia Pacific Pte. Ltd sau đó có văn bản gửi Cục thuế TP. Hà Nội đề xuất được miễn, giảm số thuế trên theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần giữa Chính phủ Việt Nam - Singapore. Do đó từ khi chuyển nhượng cho đến khi bị cơ quan thuế thanh tra, toàn bộ số tiền thuế của thương vụ này vẫn chưa được doanh nghiệp nộp vào ngân sách theo quy định.

Qua kiểm tra, Vụ thanh tra Tổng cục thuế kết luận Công ty Heineken phải nộp thuế tại Việt Nam.

Trong danh sách này cũng có Ngân hàng TNHH MTV Standard Chartered. Sau thanh tra, cơ quan thuế đã truy thu và phạt ngân hàng này số tiền 19,05 tỷ đồng.

Ngoài ra, nhiều vụ việc tiêu biểu khác do các Cục thuế địa phương thực hiện, đồng thời thực hiện truy thu vào ngân sách.

Cụ thể, Tổng công ty Phát điện 1 bị truy thu và phạt 46 tỷ đồng; Công ty TNHH Thiên Ngọc Minh Uy bị truy thu và phạt 43,41 tỷ đồng; Công ty cổ phần dịch vụ vận tải Tâm Phát bị truy thu và phạt 20,8 tỷ đồng, Công ty cổ phẩn Phú Hoàng Oanh 26,62 tỷ đồng; Công ty TNHH KONE Việt Nam 22,97 tỷ đồng.

Lãnh đạo Vụ Thanh tra Tổng cục thuế cho biết do số thuế thu được qua thanh tra, kiểm tra các doanh nghiệp có giao dịch liên kết, chuyển giá rất cao, chiếm tỷ trọng lớn trong toàn ngành nên thời gian tới hoạt động này tiếp tục được đẩy mạnh.

"Quan trọng nhất là bắt buộc phải xây dựng cơ sở dữ liệu về tỷ suất lợi nhuận để đưa ra cơ sở so sánh. Không thể chấp nhận doanh nghiệp kinh doanh 10 năm mà không có lợi nhuận. Phải xây dựng được hệ thống cơ sở chứ không thể áp dụng tùy tiện", lãnh đạo Vụ Thanh tra nói.