Thời gian qua, Tổng cục Thuế đã đẩy mạnh thực hiện nhiều giải pháp đồng bộ để kịp thời ngăn chặn và khắc phục hiệu quả các hành vi trốn thuế trong việc hoàn thuế GTGT của DN. Tuy nhiên, hiện nay, do số lượng các DN có rủi ro về thuế ngày càng lớn, đồng thời, mức độ tinh vi ngày càng tăng nên khiến cho các cán bộ thuế đang gặp nhiều khó khăn trong công tác phòng chống gian lận thuế. Đặc biệt, tại một số tỉnh, thành phố có vị trí địa lý biên giới tiếp giáp với các nước như Quảng Bình, Quảng Trị, An Giang… thì hoạt động trốn thuế đang ngày càng trở nên khó kiểm soát.

Đơn cử như tại Cục Thuế Tỉnh An Giang, năm 2012, có 1.187 hồ sơ của 498 DN hoàn thuế GTGT, với tổng số tiền 1.256,26 tỷ đồng, tăng 28,28% so với năm 2011. Năm 2013, mặc dù công tác quản lý thuế đã được siết chặt nhưng số DN hoàn thuế vẫn cao, 938 hồ sơ của 437 DN, với tổng số tiền 1.024,688 tỷ đồng.

Chính vì vậy, trong năm 2014, để hoàn thành mục tiêu thu ngân sách đặt ra, đồng thời đảm bảo môi trường cạnh tranh lành mạnh trong cộng đồng DN, Tổng cục Thuế sẽ tập trung thanh tra các DN có hoạt động liên kết, chuyển giá, kinh doanh thương mại điện tử, đặc biệt chú trọng các DN có rủi ro cao về thuế (kinh doanh hàng nông sản thực phẩm, cà phê... xuất khẩu qua đường biên giới đất liền).

Song song với đó, Cục Thuế các tỉnh, thành phố sẽ tiếp tục nâng cao ý thức trách nhiệm và trình độ chuyên môn của mỗi cán bộ thuế trong việc thực hiện đúng quy định về phân loại hồ sơ hoàn thuế có rủi ro, hồ sơ hoàn thuế trước, kiểm tra sau, hồ sơ kiểm tra trước hoàn thuế sau, thẩm quyền hoàn thuế, tăng cường quản lý phát hành, sử dụng hóa đơn của các DN, xây dựng kế hoạch thanh tra, kiểm tra, về xử lý khấu trừ hoàn thuế GTGT liên quan đến những hồ sơ hoàn có hóa đơn đầu vào liên quan đến những hóa đơn có dấu hiệu vi phạm.

Ngoài ra, Cục Thuế các tỉnh, thành phố cũng sẽ triển khai các phương án xử lý phù hợp đối với những DN mua hàng hóa, sử dụng hóa đơn đầu vào trực tiếp của DN và DN trung gian ngừng kinh doanh, bỏ trốn khỏi địa điểm kinh doanh có dấu hiệu mua bán hóa đơn bất hợp pháp nhưng chưa có kết luận chính thức của cơ quan thuế hoặc các cơ quan chức năng nhằm đảm bảo cho hoạt động sản xuất kinh doanh của DN đó, cụ thể:

Một là, đối với trường hợp DN chưa được giải quyết hoàn thuế thì tạm dừng hoàn thuế theo hướng dẫn tại điểm 3 Công văn số 13706/BTC-TCT. Chỉ thực hiện tạm dừng đối với số hàng hóa của hóa đơn có dấu hiệu vi phạm đang được cơ quan chức năng thanh tra, điều tra; số hàng hóa không thuộc diện có dấu hiệu vi phạm được thực hiện khấu trừ, hoàn thuế đầy đủ, kịp thời theo quy định.

Hai là, DN đã được hoàn thuế thì cơ quan thuế thông báo bằng văn bản cho DN biết để kê khai điều chỉnh thuế GTGT. Trường hợp DN khẳng định việc mua bán hàng hóa và hóa đơn GTGT đầu vào sử dụng kê khai khấu trừ là đúng quy định pháp luật thì DN phải cam kết chịu trách nhiệm trước pháp luật về hồ sơ kê khai, hoàn thuế GTGT của mình. Trên cơ sở đó cơ quan thuế thực hiện thanh tra tại DN để kết luận và xử lý vi phạm theo quy định. Trong quá trình thanh tra tại DN cơ quan thuế quản lý DN phải phối hợp với cơ quan thuế trực tiếp quản lý DN có dấu hiệu mua bán hóa đơn bất hợp pháp để kiểm tra hồ sơ kê khai thuế của DN này, xác minh, kết luận hành vi vi phạm của DN liên quan đến các hóa đơn mà DN mua đã sử dụng để kê khai khấu trừ, hoàn thuế GTGT.

Ba là, trường hợp qua thanh tra, kiểm tra phát hiện có dấu hiệu vi phạm nghiêm trọng pháp luật thuế, có dấu hiệu tội phạm thì cơ quan thuế thực hiện lập và chuyển hồ sơ cho cơ quan có thẩm quyền để điều tra truy cứu trách nhiệm hình sự.

Bốn là, DN có sử dụng hóa đơn của các DN liên quan đến các DN trung gian khâu trước có dấu hiệu vi phạm về sử dụng hóa đơn bất hợp pháp thì cơ quan thuế thông báo bằng văn bản cho DN biết để DN tự kê khai điều chỉnh thuế GTGT. Trường hợp DN tự kiểm tra, đối chiếu với các khách hàng liên quan khẳng định việc mua bán hàng hóa và hóa đơn GTGT đầu vào sử dụng kê khai khấu trừ là đúng quy định pháp luật thì DN phải cam kết chịu trách nhiệm trước pháp luật về hồ sơ kê khai, hoàn thuế GTGT của mình. Cơ quan thuế thực hiện hoàn thuế cho DN theo đúng quy trình, thủ tục quy định và phải tổ chức thực hiện kiểm tra ngay sau đó theo đúng quy định.

Bên cạnh đó, đối với các trường hợp qua thanh tra, kiểm tra phát hiện có dấu hiệu vi phạm nghiêm trọng pháp luật thuế, có dấu hiệu tội phạm thì cơ quan thuế thực hiện lập và chuyển hồ sơ cho cơ quan có thẩm quyền điều tra truy cứu trách nhiệm hình sự để nghiêm trị những hành vi trốn thuế, gây thất thoát nghiêm trọng cho nguồn thu ngân sách nhà nước.