Mục đích của Đề án là nhằm đảm bảo thực hiện hiệu quả việc kiểm soát các khoản chi ngân sách nhà nước qua hệ thống Kho bạc Nhà nước và các nhiệm vụ mới được giao.

Để triển khai thí điểm Đề án này, Kho bạc Nhà nước đã có sự chuẩn bị kỹ lưỡng cho các cán bộ công chức là lãnh đạo phụ trách, thực hiện nhiệm vụ kiểm soát chi tại Kho bạc Nhà nước cấp tỉnh, cấp huyện.

Bên cạnh đó, Kho bạc Nhà nước đã tổ chức Khóa đào tạo cho các cán bộ công chức thuộc Kho bạc Nhà nước Phú Thọ và Thừa Thiên Thuế, 2 đơn vị thực hiện thí điểm Đề án Thống nhất đầu mối kiểm soát các khoản chi ngân sách nhà nước.

Việc thực hiện thống nhất đầu mối kiểm soát chi, công tác kiểm soát chi ngân sách cũng được tổ chức lại theo hướng tập trung, thống nhất trong toàn hệ thống để khắc phục các tồn tại, hạn chế của mô hình tổ chức công tác kiểm soát chi hiện nay.

Cùng với đó, Kho bạc Nhà nước tiếp tục đẩy mạnh cải cách hành chính, ứng dụng công nghệ thông tin (trong đó có việc mở tài khoản, giao nhận hồ sơ, thanh toán qua mạng), tiến tới rút ngắn thời gian kiểm soát chi ngân sách nhà nước khi triển khai xong dịch vụ công trực tuyến. Qua đó, tạo điều kiện thuận lợi hơn nữa cho các đơn vị sử dụng ngân sách, các chủ đầu tư, ban quản lý dự án trong giao dịch thanh toán với các đơn vị  Kho bạc Nhà nước.