Để thực hiện được việc kiểm tra theo yêu cầu công tác, Chi cục KTSTQ- Cục Hải quan Quảng Ninh đã phải bàn thảo và đưa ra nhiều phương án để tiếp cận doanh nghiệp (DN). Rút kinh nghiệm từ mỗi cuộc kiểm tra, lực lượng Hải quan kiên trì giải thích, thuyết phục để DN hiểu và chấp hành yêu cầu KTSTQ vừa là quyền lợi, vừa là trách nhiệm của DN.

Việc KTSTQ là hoạt động nghiệp vụ hết sức bình thường của cơ quan Hải quan, qua đó, giúp DN khắc phục các tồn tại (nếu có) để tránh các hậu quả lớn sau này. Để tránh việc tranh luận không cần thiết, Chi cục KTSTQ đã chủ động củng cố hồ sơ, chứng cứ làm cơ sở đấu tranh, thuyết phục DN…

Với sự cương quyết, kiên trì đeo bám vụ việc, cộng với sự linh hoạt trong tác nghiệp, lực lượng KTSTQ Hải quan Quảng Ninh đã tiếp cận và kiểm tra thành công nhiều vụ việc phức tạp. Qua kiểm tra, lực lượng Hải quan cũng xác định một số dự án ưu đãi đầu tư nhập khẩu một lượng lớn hàng hóa là công cụ, thiết bị phụ tùng không được miễn thuế nhập khẩu và phải chịu thuế GTGT.

Một trong những trường hợp mà Hải quan Quảng Ninh xử lý gần đây nhất là tại Tập đoàn TKS. Qua kiểm tra hồ sơ hải quan, chứng từ kế toán, báo cáo tài chính, chứng từ tài liệu khác (gồm cả dữ liệu điện tử) có liên quan đến việc nhập khẩu hàng hóa thuộc Dự án đầu tư xây dựng nhiệt điện M.K, Hải quan Quảng Ninh đã phát hiện nhiều mặt hàng không thuộc đối tượng ưu đãi miễn thuế, truy thu gần 2 tỷ đồng thuế nhập khẩu và thuế GTGT.

Dự án đầu tư xây dựng nhiệt điện M.K thuộc Danh mục lĩnh vực ưu đãi đầu tư (ban hành kèm theo Nghị định 108/2006/NĐ-CP ngày 22-9-2006 của Chính phủ).

Toàn bộ máy móc, thiết bị nhập khẩu được Tập đoàn TKS khai báo trên 105 tờ khai hải quan (kể từ năm 2010 đến năm 2014) tại Chi cục Hải quan cảng Cái Lân (Cục Hải quan Quảng Ninh) và Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Hải Phòng KV I; với tổng trị giá là 298,047 triệu USD.

Theo như xác nhận của Bộ Công Thương: Máy móc, thiết bị nhập khẩu tạo tài sản cố định cho dự án đã được là vật tư, nguyên liệu, thiết bị đặc trưng đồng bộ và không tách rời với các máy móc, thiết bị chính. Tập đoàn TKS cũng thực hiện đăng ký Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế tại Cục Hải quan Quảng Ninh.

Tuy nhiên, qua kiểm tra sổ sách kế toán, hồ sơ hải quan, lực lượng Hải quan xác định có 53 mục hàng hóa là công cụ, dụng cụ sử dụng trong các phân xưởng và phòng thí nghiệm, Tập đoàn đã kê khai nộp thuế GTGT mà chưa nộp thuế nhập khẩu.

Bởi vì, qua đối chiếu một số quy định hiện hành, các công cụ, dụng cụ này không thuộc đối tượng miễn thuế nhập khẩu. Căn cứ vào giá khai báo trên tờ khai hải quan, Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi, tổng số tiền thuế nhập khẩu và thuế GTGT còn thiếu là trên 200 triệu đồng.

Tương tự, lực lượng Hải quan tiếp tục kiểm tra lô thiết bị điều hòa nhiệt độ mà Tập đoàn làm thủ tục nhập khẩu tại 8 tờ khai đăng ký tại Chi cục Hải quan cảng Cái Lân, với tổng trị giá hàng là hơn 1,1 triệu USD và được khai báo miễn thuế nhập khẩu.

Tuy nhiên, trên cơ sở kiểm tra hồ sơ hải quan và các tài liệu do DN cung cấp, lực lượng Hải quan xác định, 63 bộ điều hòa các loại được lắp đặt tại khu nhà hành chính (văn phòng) và khu nhà phục vụ chung (nhà ăn) không được miễn thuế nhập khẩu. Tổng số tiền thuế nhập khẩu, thuế Tiêu thụ đặc biệt, thuế GTGT còn thiếu là 1,696 tỷ đồng.

Kết thúc mỗi cuộc kiểm tra, Hải quan Quảng Ninh cũng đánh giá cao các DN trong việc hợp tác, cũng như trao đổi, cung cấp các sổ sách, tài liệu, thông tin có liên quan...

Qua kiểm tra, DN chẳng những nâng cao ý thức chấp hành tốt pháp luật Hải quan, pháp luật về thuế, mà còn khắc phục được những hạn chế trong quá trình làm thủ tục hải quan.