Tổng cục Thuế dẫn chứng, Khoản 1 Điều 111 Bộ Luật lao động năm 2012 quy định, người lao động có đủ 12 tháng làm việc cho một người sử dụng lao động thì được nghỉ hằng năm, hưởng nguyên lương theo hợp đồng lao động như sau:

12 ngày làm việc đối với người làm công việc trong điều kiện bình thường;

14 ngày làm việc đối với người làm công việc nặng nhọc, độc hại, nguy hiểm hoặc người làm việc ở những nơi có điều kiện sinh sống khắc nghiệt theo danh mục do Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội chủ trì phối hợp với Bộ Y tế ban hành hoặc lao động chưa thành niên hoặc lao động là người khuyết tật;

16 ngày làm việc đối với người làm công việc đặc biệt nặng nhọc, độc hại, nguy hiểm hoặc người làm việc ở những nơi có điều kiện sinh sống đặc biệt khắc nghiệt theo danh mục do Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội chủ trì phối hợp với Bộ Y tế ban hành.”

Khoản 1 Điều 114 Bộ Luật lao động năm 2012 quy định về việc thanh toán tiền lương những ngày chưa nghỉ phép nêu rõ, người lao động do thôi việc, bị mất việc làm hoặc vì các lý do khác mà chưa nghỉ hằng năm hoặc chưa nghỉ hết số ngày nghỉ hằng năm thì được thanh toán bằng tiền những ngày chưa nghỉ.

Điểm a Khoản 2 Điều 2 Thông tư số 111/2013/TT-BTC ngày 15/8/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn các khoản thu nhập chịu thuế quy định, thu nhập từ tiền lương, tiền công là thu nhập người lao động nhận được từ người sử dụng lao động, bao gồm: Tiền lương, tiền công và các khoản có tính chất tiền lương, tiền công dưới các hình thức bằng tiền hoặc không bằng tiền...

Theo điểm i Khoản 1 Điều 3 Thông tư số 111/2013/TT-BTC ngày 15/8/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn các khoản thu nhập được miễn thuế, thu nhập từ phần tiền lương, tiền công làm việc ban đêm, làm thêm giờ được trả cao hơn so với tiền lương, tiền công làm việc ban ngày, làm việc trong giờ theo quy định của Bộ luật Lao động.

Trong đó, phần tiền lương, tiền công trả cao hơn do phải làm việc ban đêm, làm thêm giờ được miễn thuế căn cứ vào tiền lương, tiền công thực trả do phải làm đêm, thêm giờ trừ  đi mức tiền lương, tiền công tính theo ngày làm việc bình thường.

Tổ chức, cá nhân trả thu nhập phải lập bảng kê phản ánh rõ thời gian làm đêm, làm thêm giờ, khoản tiền lương trả thêm do làm đêm, làm thêm giờ đã trả cho người lao động. Bảng kê này được lưu tại đơn vị trả thu nhập và xuất trình khi có yêu cầu của cơ quan thuế.

Tổng cục Thuế cho biết, tại Công văn số 64/QHLĐTL-TL ngày 21/02/2020, Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội có ý kiến về ngày chưa nghỉ phép hàng năm như sau: trường hợp người sử dụng lao động đã quy định lịch nghỉ hàng năm theo quy định tại Khoản 2 Điều 111 Bộ Luật Lao động, nhưng vì một lý do nào đó người sử dụng lao động yêu cầu người lao động đi làm vào những ngày nghỉ hàng năm thì thời gian này là thời gian làm thêm giờ.

Theo đó, Tổng cục Thuế hướng dẫn, trường hợp Ngân hàng nông nghiệp và Phát triển nông thôn Việt Nam yêu cầu người lao động làm việc vào ngày nghỉ phép hàng năm và thanh toán tiền lương cho những ngày này theo hình thức làm thêm giờ thì phần thu nhập trả cao hơn so với tiền lương ngày làm việc bình thường theo quy định của Bộ luật Lao động là thu nhập miễn thuế thu nhập cá nhân theo hướng dẫn tại điểm i Khoản 1 Điều 3 Thông tư số 111/2013/TT-BTC ngày 15/8/2013 của Bộ Tài chính nêu trên.