Tổng cục Thuế nhận được công văn của một số cơ quan thuế, doanh nghiệp vướng mắc trong giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với trường hợp người nộp thuế (NNT) có số thuế GTGT chưa khấu trừ hết 12 tháng liên tục trong giai đoạn chuyển tiếp của Luật số 106/2016/QH13 và khai bổ sung hoàn thuế GTGT trên hồ sơ khai thuế.

Trả lời về vấn đề này, Tổng cục Thuế cho biết, căn cứ Khoản 1 Điều 34 Luật Quản lý thuế quy định về khai bổ sung hồ sơ khai thuế; Căn cứ Khoản 2 Điều 5 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ; Căn cứ khoản 7 Điều 1 Luật số 31/2013/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT quy định; Khoản 1 Điều 10 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật Thuế GTGT; Khoản 1 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế GTGT.

Ngày 25/7/2016, Bộ Tài chính ban hành Công văn số 10315/BTC-TCT về việc thực hiện Luật số 106/2016/QH13.

Tiếp đến, ngày 30/9/2016, Bộ Tài chính ban hành Công văn số 13804/BTC-TCT về việc quản lý hoàn thuế GTGT các tháng cuối năm 2016.

Căn cứ các quy định và hướng dẫn nêu trên, trường hợp cơ sở kinh doanh có số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết phát sinh trước kỳ tính thuế tháng 7/2016 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trước kỳ tính thuế quý III/2016 (đối với trường hợp kê khai theo quý) đủ điều kiện hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại Khoản 1 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính thì được hoàn thuế theo quy định của pháp luật.

Cục Thuế các tỉnh, thành phố thực hiện kiểm tra trước, hoàn thuế sau đối với tất cả hồ sơ đề nghị hoàn thuế thuộc đối tượng rủi ro cao trong hoàn thuế theo quy định của pháp luật.

Trường hợp tại hồ sơ khai thuế kỳ tính thuế tháng 6/2016 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc kỳ tính thuế quý 2/2016 (đối với trường hợp kê khai theo quý), cơ sở kinh doanh không đề nghị hoàn số thuế GTGT đầu vào lũy kế chưa khấu trừ hết, đồng thời đã kê khai khấu trừ vào số thuế GTGT phải nộp của kỳ tính thuế tháng 7/2016 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc kỳ tính thuế quý III/2016 (đối với trường hợp kê khai theo quý) thì không được hoàn thuế. Cơ sở kinh doanh được bù trừ vào số thuế GTGT phải nộp của các kỳ tiếp theo.

Trường hợp NNT khai bổ sung chưa đúng hướng dẫn của Công văn 4943/TCT-KK ngày 23/11/2015 nhưng không làm sai số thuế còn được khấu trừ, không làm sai số thuế đề nghị hoàn (NNT không khai vào chỉ tiêu điều chỉnh tăng, giảm số thuế GTGT đầu vào các kỳ trước mà khai vào chỉ tiêu số còn khấu trừ kỳ trước chuyển qua hoặc điều chỉnh vào số thuế GTGT phát sinh trong kỳ) thì NNT được hoàn thuế nếu đáp ứng đầy đủ các quy định về khấu trừ, hoàn thuế của pháp luật về thuế GTGT và pháp luật về quản lý thuế; NNT bị xử phạt về hành vi kê khai chưa đúng quy định.