Thực hiện chỉ đạo của Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế đã thực hiện thanh tra hoàn thuế Giá trị gia tăng (GTGT) đối với các trường hợp sau: Trường hợp đã kiểm tra trước hoặc hoàn trước kiểm tra sau; trường hợp đã được thanh tra trước và sau hoàn; trường hợp đã được thanh tra hoặc kiểm tra quyết toán thuế… 

Qua thanh tra hoàn thuế GTGT âm 12 tháng liên tục đối với các trường hợp trên, Tổng cục Thuế đã xác định một số dấu hiệu vi phạm bao gồm: Bán hàng cho các công ty liên kết thấp hơn so với giá bán ra cho công ty độc lập; các công ty được hưởng chiết khấu thương mại, giảm giá hàng hóa mua vào nhưng không điều chỉnh trên hóa đơn mà điều chỉnh qua bù trừ thanh toán dẫn đến giá trị hàng hóa thực không phù hợp với hóa đơn, chứng từ mua vào;

Các công ty nhận được khoản hỗ trợ từ nhà cung cấp nhưng coi như khoản chiết khấu thương mại và giảm trừ doanh thu bán hàng dẫn đến giảm doanh thu tính thuế GTGT; sử dụng hóa đơn của doanh nghiệp (DN) bỏ địa chỉ kinh doanh, kê khai doanh thu không đúng kì phát sinh; các DN kinh doanh bất động sản thực hiện hợp đồng đặt cọc, hợp đồng góp vốn (hợp đồng hợp tác kinh doanh) để xây dựng nhà để bán, sau đó chuyển đổi hình thức sang hợp đồng mua bán để được hoàn thuế GTGT đầu vào…

Từ những vi phạm trên, Tổng cục Thuế đã lập biên bản Thanh tra sau hoàn thuế GTGT để xử lý truy hoàn số thuế GTGT ước khoảng 700 tỷ đồng.

Tổng cục Thuế yêu cầu Cục trưởng Cục Thuế các tỉnh thành phố nghiêm túc thực hiện thanh tra hoàn thuế GTGT theo chỉ đạo của lãnh đạo Bộ Tài chính và Tổng cục Thuế. Cùng với đó, các đơn vị đang thanh tra và sẽ thanh tra chấp hành pháp luật về thuế và thanh tra hoàn thuế GTGT, rà soát các nội dung vi phạm nêu trên (kể cả với các trường hợp đã thanh tra hoàn thuế GTGT) để kịp thời thu hồi tiền hoàn thuế GTGT theo quy định.