Giai đoạn 1986 - 2010, công cuộc đổi mới và cải cách kinh tế diễn ra sâu rộng trên nhiều ngành, cùng với đó là quá trình mở cửa nền kinh tế và tăng cường hội nhập. Những đòi hỏi từ thực tiễn đã giúp hoạt động nghiên cứu khoa học của Viện ngày càng phát triển, nâng cao chất lượng, giải đáp những vấn đề lý luận cơ bản về tài chính trong cơ chế kinh tế thị trường.

Nhiều công trình nghiên cứu khoa học có giá trị từ cấp Nhà nước, cấp Bộ đến cấp cơ sở do cán bộ của Viện trực tiếp chủ trì hoặc là thành viên đã được xã hội đánh giá cao, góp phần quan trọng và hiệu quả vào sự nghiệp đổi mới nền tài chính quốc gia. 

Giai đoạn từ 2011 đến nay, với tư cách là đơn vị nghiên cứu lý luận của ngành Tài chính, Viện đã tập trung nghiên cứu những vấn đề mới, tạo nền tảng lý luận và thực tiễn cho công tác quản lý tài chính như tái cấu trúc nền tài chính quốc gia, tái cấu trúc đầu tư công, tái cấu trúc doanh nghiệp nhà nước... 

Là đơn vị đầu mối tổng hợp báo cáo tổng kết lý luận - thực tiễn quá trình 30 năm đổi mới, Viện đã phối hợp với các đơn vị trong Bộ thực hiện hai báo cáo “Phát triển nền kinh tế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa” và “Đẩy mạnh công nghiệp hóa - hiện đại hóa đất nước” để trình Bộ gửi Hội đồng Lý luận Trung ương, trình Ban Chấp hành Trung ương Đảng, góp phần tạo cơ sở xây dựng nội dung các văn kiện phục vụ Đại hội Đảng toàn quốc lần thứ XII.

Trong việc xây dựng định hướng phát triển kinh tế - xã hội giai đoạn 5 năm 2016 - 2020, Viện đã phối hợp với các đơn vị nghiên cứu, đánh giá các kết quả đạt được và những vấn đề đặt ra trong việc thực hiện nhiệm vụ phát triển kinh tế - xã hội nói chung, trong lĩnh vực tài chính - ngân sách nhà nước nói riêng giai đoạn 2011 - 2015, đồng thời đề xuất phương hướng, nhiệm vụ phát triển kinh tế - xã hội 5 năm 2016 - 2020, trong đó có nhiệm vụ tài chính - ngân sách...

Cũng từ năm 1991, Viện đã chủ trì, phối hợp với các đơn vị trong Bộ và trong ngành Tài chính xây dựng thành công Chính sách tài chính quốc gia giai đoạn 1991 - 1995 và cũng là đơn vị khởi đầu xây dựng chính sách tài chính giai đoạn 1996 - 2000,  tiếp đến là Định hướng phát triển tài chính đến 2010, nhiều nội dung quan trọng đã được thể hiện trong Văn kiện Nghị quyết của Đảng, chiến lược, kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội của đất nước trong từng thời kỳ.

Năm 2012, Viện đã chủ trì, phối hợp với các đơn vị trong Bộ xây dựng thành công Chiến lược Tài chính Việt Nam 2011 - 2020, giúp Bộ Tài chính kịp thời cập nhật được tinh thần của nhiệm vụ tái cấu trúc, chuyển đổi mô hình tăng trưởng kinh tế từ chiều rộng sang chiều sâu, lấy chất lượng, hiệu lực, hiệu quả làm chính làm trọng...

Viện cũng đã tham gia ý kiến trong quá trình xây dựng các chiến lược theo lĩnh vực do các đơn vị trong Bộ chủ trì soạn thảo nhằm đảm bảo tính thống nhất và đồng bộ với Chiến lược tổng thể. Viện đã xây dựng và trình Bộ trưởng Bộ Tài chính phê duyệt Chương trình hành động của ngành Tài chính triển khai thực hiện Chiến lược Tài chính đến năm 2020; cụ thể hóa các mục tiêu, nhiệm vụ và lộ trình thực hiện Chiến lược thông qua việc xây dựng các kế hoạch hành động trung hạn...   

Nhiều năm qua, Viện đã làm tốt công tác quản lý khoa học. Bám sát phương hướng, nhiệm vụ của ngành, Viện đã đề xuất với Hội đồng khoa học ngành Tài chính xây dựng hệ thống các đề tài nghiên cứu, tập trung giải quyết các nhiệm vụ khoa học của Ngành. Đồng thời, Viện còn là đơn vị đầu mối triển khai nhiều công trình nghiên cứu khoa học cấp Bộ.

Đến nay, Viện đã xây dựng và phát triển mối quan hệ hợp tác với hàng trăm cộng tác viên là những nhà khoa học, nhà nghiên cứu tại nhiều viện nghiên cứu kinh tế - tài chính hàng đầu trong cả nước; các giáo sư, tiến sĩ làm công tác giảng dạy và nghiên cứu tại nhiều trường đại học; các cán bộ quản lý có uy tín tại các bộ, cơ quan quản lý nhà nước, doanh nghiệp, ngân hàng... từ trung ương đến địa phương.              

Ngoài ra, Viện còn mở rộng, phát triển mối quan hệ hợp tác trong lĩnh vực nghiên cứu khoa học với nhiều tổ chức quốc tế, các viện nghiên cứu tài chính của nhiều nước trên thế giới thông qua các hình thức như trao đổi thông tin, phối hợp nghiên cứu, tham gia các dự án, tổ chức các cuộc hội thảo quốc tế...

Từ năm 2001, khi là một đơn vị trực thuộc Học viện Tài chính, Viện đã phát huy mạnh vai trò gắn kết giữa nghiên cứu và đào tạo, tham gia giảng dạy và biên soạn giáo trình. Viện đã nghiên cứu và tổ chức biên soạn, xuất bản cuốn sách “Tư tưởng Hồ Chí Minh về công tác tài chính” (năm 2005) làm tài liệu quan trọng phục vụ cho công tác nghiên cứu, giảng dạy và học tập nhằm quán triệt và nhận thức sâu sắc nguồn gốc, nội dung, giá trị, vai trò, quan điểm của Chủ tịch Hồ Chí Minh với công tác tài chính cho toàn thể đảng viên, công chức, viên chức trong ngành Tài chính.

Viện cũng đặc biệt chú trọng tới công tác thông tin, tuyên truyền, chuyển giao và xã hội hóa các kết quả nghiên cứu nhằm phổ biến, giới thiệu các kiến thức về kinh tế - tài chính - ngân sách… thông qua việc xuất bản rất nhiều ấn phẩm như kỷ yếu hội thảo, sách chuyên khảo, từ điển thuật ngữ về tài chính, tín dụng, thương mại, kiểm toán, chứng khoán, xây dựng Trang thông tin điện tử của Viện nhằm phát huy tốt vai trò cầu nối thông tin về mọi mặt hoạt động của Viện với các đơn vị trong và ngoài ngành Tài chính, thông tin được cập nhật hằng ngày...

TS. Nguyễn Viết Lợi, Viện trưởng Viện Chiến lược và chính sách tài chính nhấn mạnh: Trong thời gian tới, Viện sẽ tiếp tục triển khai nghiên cứu xây dựng chương trình hành động, kế hoạch thực hiện Nghị quyết Đại hội Đảng lần thứ XII trong lĩnh vực tài chính - ngân sách; Tăng cường các hoạt động nghiên cứu lý luận cơ bản, nghiên cứu đi trước thực tiễn để đảm bảo có được nhiều sản phẩm nghiên cứu khoa học chất lượng tốt, cung cấp nền tảng lý luận và luận cứ khoa học phục vụ hiệu quả cho công tác quản lý nhà nước trong lĩnh vực tài chính - ngân sách nhà nước; nâng cao chất lượng phân tích, dự báo, đáp ứng kịp thời các yêu cầu của Lãnh đạo Bộ và góp phần phục vụ công tác xây dựng và hoạch định chính sách tài chính…

Phát biểu tại buổi lễ, thay mặt Ban Cán sự Đảng, Lãnh đạo Bộ Tài chính, Thứ trưởng Đỗ Hoàng Anh Tuấn nhiệt liệt biểu dương, ghi nhận và đánh giá cao những thành tích đã đạt được của các thế hệ lãnh đạo, cán bộ, công chức, viên chức Viện Chiến lược và Chính sách tài chính trong suốt 55 năm xây dựng, trưởng thành và phát triển. 

Trong bối cảnh mới, Thứ trưởng Đỗ Hoàng Anh Tuấn đề nghị Viện Chiến lược và Chính sách tài chính làm tốt công tác nghiên cứu chiến lược và đưa ra các giải pháp nhằm giải quyết được các thách thức đang được đặt hiện nay với tầm nhìn đến 2035 mà Chính phủ đã thông qua; Tăng cường công tác nghiên cứu khoa học, quản lý khoa học để tập hợp trí tuệ của các nhà khoa học trong và ngoài ngành về quản lý kinh tế, tổng kết kinh nghiệm bài học quốc tế để thực hiện đổi mới công tác nghiên cứu, chống dàn trải, tăng nguồn lực cho dự án trọng điểm...