Theo đó, kiểm toán nội bộ trong các cơ quan nhà nước, đơn vị sự nghiệp công lập và các doanh nghiệp phải đảm bảo 03 nguyên tắc cơ bản, cụ thể:

Một là, tính độc lập: Người làm công tác kiểm toán nội bộ không được đồng thời đảm nhận các công việc thuộc đối tượng của kiểm toán nội bộ. Đơn vị phải đảm bảo rằng kiểm toán nội bộ không chịu bất cứ sự can thiệp nào trong khi thực hiện nhiệm vụ báo cáo và đánh giá.

Hai là, tính khách quan: Người làm công tác kiểm toán nội bộ phải đảm bảo khách quan, chính xác, trung thực, công bằng trong quá trình thực hiện nhiệm vụ của kiểm toán nội bộ.

Ba là, tuân thủ pháp luật và chịu trách nhiệm trước pháp luật về hoạt động kiểm toán nội bộ.

Thông qua các hoạt động kiểm tra, đánh giá và tư vấn, kiểm toán nội bộ đưa ra các đảm bảo mang tính độc lập, khách quan và các khuyến nghị về các nội dung: Hệ thống kiểm soát nội bộ của đơn vị đã được thiết lập và vận hành một cách phù hợp nhằm phòng ngừa, phát hiện, xử lý các rủi ro của đơn vị; Các quy trình quản trị và quy trình quản lý rủi ro của đơn vị đảm bảo tính hiệu quả và có hiệu suất cao; Các mục tiêu hoạt động và các mục tiêu chiến lược, kế hoạch và nhiệm vụ công tác mà đơn vị đạt được.