Theo Tổng cục Thuế, một trong những điểm mới chính là việc Bộ Tài chính bổ sung đối tượng không chịu thuế Tài nguyên như: Nước thiên nhiên dùng cho nông nghiệp, lâm nghiệp, ngư nghiệp, diêm nghiệp và nước biển để làm mát máy; yến sào do tổ chức, cá nhân thu được từ hoạt động đầu tư xây dựng nhà để dẫn dụ chim yến tự nhiên về nuôi và khai thác.

Đồng thời, quy định cụ thể cách xác định sản lượng tính thuế tài nguyên đối với tài nguyên không xác định được số lượng, trọng lượng hoặc khối lượng thực tế của tài nguyên khai thác do chứa nhiều chất, tạp chất khác nhau và được bán ra sau khi sàng tuyển, phân loại như sau:

Tỷ lệ từng chất có trong tài nguyên được xác định theo mẫu tài nguyên khai thác đã được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền kiểm định và phê duyệt.

Trường hợp, tỷ lệ của từng chất có trong tài nguyên khai thác thực tế khác với tỷ lệ từng chất có trong mẫu tài nguyên (quặng) thì sản lượng tính thuế được xác định căn cứ kết quả kiểm định về tỷ lệ từng chất có trong tài nguyên khai thác thực tế của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền.

Tài nguyên khai thác không bán ra mà phải qua sản xuất, chế biến mới bán ra (tiêu thụ trong nước hoặc xuất khẩu) thì sản lượng tài nguyên tính thuế là sản lượng tài nguyên khai thác được xác định bằng cách quy đổi từ sản lượng sản phẩm sản xuất trong kỳ để bán ra theo định mức sử dụng tài nguyên tính trên một đơn vị sản phẩm.

Định mức sử dụng tài nguyên tính trên một đơn vị sản phẩm do người nộp thuế kê khai căn cứ dự án được cấp có thẩm quyền phê duyệt, tiêu chuân công nghệ thiết kế để sản xuât sản phẩm đang ứng dụng. Trong đó, trường hợp sản phẩm bán ra là sản phẩm tài nguyên thì căn cứ định mức sử dụng tài nguyên tính trên một đơn vị sản phẩm tài nguyên sản xuất bán ra.

Trường hợp sản phẩm bán ra là sản phẩm công nghiệp thì căn định mức sử dụng tài nguyên tính trên một đơn vị sản phẩm công nghiệp sản xuất bán ra.

Việc xác định sản phẩm bán ra sau quá trình chế biến là sản phẩm công nghiệp hay không phải sản phẩm công nghiệp do Bộ quản lý Nhà nước chuyên ngành thực hiện theo thẩm quyền.

Ngoài ra, Bộ Tài chính có quy định mới về cơ chế phối hợp giữa cơ quan Thuế, cơ quan Tài nguyên và Môi trường trong việc đối chiếu sản lượng tài nguyên đã khai thác và sản lượng tài nguyên đã khai nộp thuế trong năm của từng mỏ tại địa phương để tăng cường quản lý sản lượng tài nguyên khai thác tính thuế, tránh thất thu thuế.

Theo đó, cơ quan Thuế đối chiếu sản lượng sản phẩm tài nguyên thực tế xuất khẩu trên tờ khai hải quan để quy đổi ra sản lượng sản phẩm tài nguyên sản xuất và thực hiện đối chiếu với sản lượng tài nguyên trên tờ khai quyết toán thuế tài nguyên của doanh nghiệp, nếu phát sinh chênh lệch sản lượng tài nguyên tính thuế mà doanh nghiệp đã kê khai, thì xử lý theo quy định của Luật Quản lý thuế.

Sản lượng tài nguyên khai thác tăng thêm qua kiểm tra, thanh tra phải chịu thuế Tài nguyên theo mức thuế suất và giá tính thuế Tài nguyên quy định tại thời điểm phát sinh sản lượng tài nguyên khai thác; trường hợp không xác định được sản lượng tài nguyên khai thác tăng thêm phát sinh thuộc kỳ kê khai thuế cụ thể nào thì áp dụng mức thuế suất và giá tính thuế Tài nguyên do pháp luật quy định tại thời điểm kết thúc năm khai thác tài nguyên.

Trường hợp bán ra sản phẩm công nghiệp thì giá tính thuế Tài nguyên là giá bán sản phẩm công nghiệp trừ đi chi phí chế biến phát sinh của công đoạn chế biến từ sản phẩm tài nguyên thành sản phẩm công nghiệp, nhưng không thấp hơn giá tính thuể do UBND cấp tỉnh quy định.

Chi phí chế biến phát sinh của công đoạn chế biến từ sản phẩm tài nguyên thành sản phẩm công nghiệp được trừ khi xác định giá tính thuế căn cứ công nghệ chế biến của doanh nghiệp theo Dự án đã được phê duyệt nhưng không bao gồm chi phí khai thác, sàng, tuyển, làm giàu hàm lượng.

Giá tính thuế tài nguyên quy định tại Bảng giá do UBND cấp tỉnh ban hành phải phù hợp Khung giá tính thuế tài nguyên do Bộ Tài chính, đảm bảo không có sự khác biệt lớn giữa các địa phương về quy định giá tính thuế tài nguyên đối với một loại tài nguyên.

Theo Tổng cục Thuế, trước đây đã có quy định đối với trường hợp chế biến tài nguyên thành sản phẩm khác thì áp dụng giá tính thuế do UBND tỉnh quy định, nên thực tế đã phát sinh việc áp dụng không thống nhất giữa các địa phương, do các địa phương không có cơ sở xác định giá tính thuế nên cần phải sửa đổi theo hướng thống nhất, có lợi cho DN.