Thông tư này có hiệu lực từ 20/11/2015 vàthay thế Thông tư số 105/2010/TT-BTC hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế tài nguyên và Nghị định số 50/2010/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn một số điều của Luật Thuế tài nguyên.

Điểm mới đầu tiên của Thông tư này làđưahoạt động tìm kiếm thăm dò, khai thác dầu thô, condensat và khí thiên nhiên, khí đồng hành, khí than ra khỏi phạm vi áp dụng; Bộ Tài chính sẽ có những hướng dẫn riêng về việc áp dụng thuế tài nguyên với các mặt hàng này.

Đối tượng chịu thuế tài nguyên được rút gọn từ 10 nhóm đối tượng xuống còn 7 nhóm, gồm: Khoáng sản kim loại; Khoáng sản không kim loại; Sản phẩm của rừng tự nhiên; Hải sản tự nhiên; Nước thiên nhiên; Yến sào thiên nhiên; Các tài nguyên thiên nhiên khác do Bộ Tài chính chủ trì phối hợp với các Bộ, ngành liên quan báo cáo Chính phủ để trình Uỷ ban Thường vụ Quốc hội xem xét, quyết định.

Bên cạnh đó, Bộ Tài chính cũng hướng dẫn cụ thể hơn về nhóm đối tượng nước thiên nhiên. Trong đó nêu rõ: Nước thiên nhiêm bao gồm nước mặt và nước dưới đất; trừ nước thiên nhiên dùng cho nông nghiệp, lâm nghiệp, ngư nghiệp, diêm nghiệp và nước biển để làm mát máy.

Về sản lượng tài nguyên dùng làm căn cứ tính thuế tài nguyên, Thông tư bổ sung cách tính đối với một số trường hợp đặc biệt.

Đó là trường hợp tài nguyên khai thác thu được sản phẩm tài nguyên có nhiều cấp độ, chất lượng, giá trị thương mại khác nhau thì sản lượng tài nguyên tính thuế được xác định theo sản lượng từng loại tài nguyên có cùng cấp độ, chất lượng, giá trị thương mại như nhau hoặc quy ra sản lượng của loại tài nguyên có sản lượng bán ra lớn nhất để làm căn cứ xác định sản lượng tính thuế cho toàn bộ sản lượng tài nguyên khai thác trong kỳ.

Đối với tài nguyên khai thác không bán ra mà phải qua sản xuất, chế biến mới bán ra (tiêu thụ trong nước hoặc xuất khẩu) thì sản lượng tài nguyên tính thuế là sản lượng tài nguyên khai thác được xác định bằng cách quy đổi từ sản lượng sản phẩm sản xuất trong kỳ để bán ra theo định mức sử dụng tài nguyên tính trên một đơn vị sản phẩm.

Thông tư cũng quy định Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh có trách nhiệm chỉ đạo Sở Tài chính phối hợp với Sở Tài nguyên và Môi trường, Cục Thuế xây dựng Bảng giá tính thuế tài nguyên áp dụng tại địa phương; Thường xuyên rà soát, điều chỉnh phù hợp với biến động của thị trường; Chỉ đạo các cơ quan Thuế, Tài chính, Tài nguyên và Môi trường, Kho bạc nhà nước và các cơ quan có liên quan phối hợp thực hiện quản lý thuế tài nguyên theo hướng dẫn mới.