Theo ông Cao Văn Tỵ, Trưởng phòng Pháp chế - Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh, nguyên nhân khiếu kiện trong hầu hết các vụ án là do người khởi kiện cho rằng, cơ quan thuế giải quyết, áp dụng các điều, khoản chưa phù hợp quy định của pháp luật thuế, làm thiệt hại đến lợi ích hợp pháp của họ. Do đó, khi tham mưu ban hành quyết định xử phạt, kể cả trong giải quyết khiếu nại, cơ quan thuế cần chú ý các căn cứ pháp lý để ra quyết định, thu nhập hồ sơ tài liệu.

Nội dung chứng cứ phải rõ ràng, chặt chẽ, đúng quy định, nhất là các biểu mẫu khi áp dụng chi tiết, cụ thể theo từng trường hợp; phân tích rõ những thắc mắc, yêu cầu của người nộp thuế (NNT), trên cơ sở tham chiếu các quy định pháp luật từng thời điểm để tham mưu ban hành quyết định xử phạt.

Đồng thời, cơ quan thuế cần thực hiện tốt cơ chế giám sát các đoàn thanh tra để đảm bảo quá trình diễn ra đúng pháp luật về thẩm quyền, trình tự, thủ tục, hình thức và nội dung quyết định xử lý, hạn chế khiếu nại, khởi kiện; đánh giá đúng vai trò của giai đoạn đối thoại tại tòa án để khắc phục kịp thời các sai sót (nếu có).

Những năm qua, hệ thống chính sách thuế ngày càng được hoàn thiện, nhưng vẫn thường xuyên sửa đổi, bổ sung làm cho việc nghiên cứu áp dụng vào thực tiễn gặp nhiều khó khăn. Trong một số trường hợp, từ cách hiểu, cách tiếp cận cùng một quy định giữa cơ quan thuế với NNT và tòa án các cấp, giữa cơ quan thuế với cơ quan có liên quan vẫn còn có sự khác biệt.

Bên cạnh đó, quá trình tham mưu ban hành quyết định xử phạt, ngoài căn cứ các quy phạm pháp luật thì cơ quan thuế vẫn phải tuân thủ các văn bản hướng dẫn dưới luật của ngành, nếu văn bản quy phạm pháp luật quy định chưa rõ ràng. Tuy nhiên, việc xét xử tại tòa án chỉ căn cứ vào các văn bản quy phạm pháp luật, nên trong các trường hợp này, cơ quan thuế thường thua kiện do căn cứ pháp lý để xử lý về thuế chưa hợp quy. 

Hướng dẫn cụ thể để nâng cao chất lượng tố tụng

Riêng đối với việc thực hiện cơ chế người đại diện và người bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp trong các vụ án hành chính, luật quy định, người bị kiện tự mình hoặc chỉ được ủy quyền cho cấp phó của mình đại diện thực hiện công tác tố tụng.

Đây là quy định còn nhiều bất cập. Đơn cử tại Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh, số lượng quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế được ban hành hàng năm lên tới 1,3 triệu lượt. Theo đó, số lượng các vụ án hành chính cũng phát sinh tăng, làm cho thủ trưởng đơn vị hoặc cấp phó được ủy quyền không đủ thời gian để tham gia vào quá trình giải quyết toàn bộ vụ án, thực hiện đầy đủ các quyền và nghĩa vụ của người bị kiện theo quy định của Luật Tố tụng hành chính.

Vì vậy, theo nhìn nhận của ông Cao Văn Tỵ, việc cử công chức làm người bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của thủ trưởng cơ quan thuế tại tòa án sẽ bị hạn chế. Bởi lẽ, người bảo vệ không có đầy đủ các quyền của đương sự, không được đưa ra phương án hòa giải, không có quyền trả lời câu hỏi của hội đồng xét xử, hay trình bày về vụ việc với tư cách của người bị kiện… Trong khi đó, phán quyết của hội đồng xét xử phải căn cứ vào kết quả phần hỏi, xem xét chứng cứ và tranh luận tại phiên tòa. 

Trong một số trường hợp, bản án/quyết định của tòa án tuyên không rõ - gây khó khăn cho việc thi hành án và theo dõi thi hành án hành chính. Mặt khác, trình tự, thủ tục thi hành bản án hành chính hiện chưa được hướng dẫn cụ thể cũng gây mất thời gian.

Có quan điểm cho rằng, căn cứ theo bản án tuyên hủy (một phần hay toàn bộ) thì quyết định hành chính bị kiện đương nhiên không còn hiệu lực, cơ quan thuế chỉ cần thực hiện các nghiệp vụ cần thiết và phù hợp để khôi phục lại quyền lợi cho NNT, mà không cần phải ban hành quyết định hủy toàn bộ hoặc hủy một phần quyết định hành chính. Tuy nhiên, theo thông báo của cơ quan thi hành án thì cơ quan thuế phải ban hành quyết định hủy bỏ toàn bộ hoặc một phần quyết định hành chính theo phán quyết của tòa án.

Trong khi đó, tại Công văn số 2540/TCT-PC ngày 9/6/2017, Tổng cục Thuế chỉ hướng dẫn xử lý lại đối với các quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế bị tòa án hủy bỏ tòan bộ hoặc một phần. Theo đó, cơ quan thuế không ban hành quyết định hủy toàn bộ, hủy bỏ một phần, hoặc sửa đổi, bổ sung quyết định hành chính mà chỉ ban hành quyết định truy thu, tính tiền chậm nộp theo quy định.

Do đó, để thực hiện thống nhất vấn đề này, Tổng cục Thuế cần tham mưu cho Bộ Tài chính ban hành thông tư hướng dẫn cụ thể các trường hợp phải điều chỉnh quyết định hành chính theo yêu cầu của bản án có hiệu lực pháp luật.