Theo đó, quy trình được áp dụng giải quyết đăng ký mới mã số thuế, thay đổi thông tin đăng ký thuế, chấm dứt và khôi phục mã số thuế. Lãnh đạo cơ quan thuế các cấp tổ chức, bố trí phân công cán bộ thực hiện công việc đăng ký thuế theo đúng qui định của quy trình này; định kỳ hoặc đột xuất tổ chức kiểm tra việc thực hiện qui trình của các đơn vị và thực hiện các hình thức khen thưởng, kỷ luật theo quy định về chế độ chấp hành kỷ luật lao động, quy chế công tác đối với đơn vị.

Ngoài ra, trong Quy trình cũng quy định một số biện pháp quản lý thông tin đăng ký thuế đối với các doanh nghiệp, tổ chức kinh doanh, cá nhân ngừng kê khai và nộp thuế nhưng không khai báo với cơ quan Thuế. Cụ thể, với trường hợp quá thời hạn nộp tờ khai và nộp thuế, sau 3 lần bộ phận Kê khai và Kiểm tra thuế gửi Thông báo nhắc nhở, NNT phải kê khai và nộp thuế đối với doanh nghiệp, tổ chức kinh doanh, nếu không có phản hồi từ phía NNT hoặc trường hợp cá nhân quá 3 tháng không nộp hồ sơ khai thuế và nộp thuế, bộ phận Kê khai và Kiểm tra thuế chuyển bộ phận kiểm tra để xác minh sự tồn tại của NNT.

Trong quá trình thực hiện quản lý thuế trên địa bàn, nếu phát hiện NNT có các hoạt động sản xuất kinh doanh nhưng chưa thực hiện đăng ký thuế; thay đổi thông tin đăng ký thuế nhưng chưa nộp cho cơ quan Thuế hồ sơ thay đổi thông tin, các bộ phận chức năng thực hiện việc đôn đốc NNT nộp hồ sơ đăng ký thuế mới hoặc khai bổ sung thông tin đăng ký thuế.