Chương trình gồm hai nội dung lớn: Tiếp tục đổi mới, đồng bộ thể chế tài chính đối với hoạt động khoa học và công nghệ (KH&CN) quốc gia; và triển khai các đề án tăng cường tiềm lực KH&CN, nhiệm vụ KH&CN tài chính chủ yếu đến năm 2020.

Nhiệm vụ chủ yếu của Chương trình gồm tổ chức tuyên truyền, giáo dục nâng cao nhận thức của các cấp ủy đảng, chính quyền, đoàn thể,... trong ngành; chủ động xây dựng, hoàn thiện, bổ sung và phối hợp với các Bộ, ngành nhằm đồng bộ hóa thể chế tài chính đối với KH&CN.

Sửa đổi Luật Ngân sách nhà nước và xây dựng các văn bản hướng dẫn thi hành để cụ thể hóa nhiệm vụ “Đổi mới mạnh mẽ cơ chế quản lý, phương thức đầu tư và cơ chế tài chính”, bao gồm việc phân bổ và điều tiết ngân sách nhà nước phù hợp với đặc thù của lĩnh vực KH&CN, nhu cầu phát triển của quốc gia, ngành, địa phương và căn cứ vào kết quả, hiệu quả sử dụng kinh phí KH&CN của Bộ, ngành, địa phương.

Triển khai thực hiện tốt các quy định sửa đổi, bổ sung Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp và các văn bản hướng dẫn thi hành nhằm huy động mạnh mẽ nguồn vốn xã hội và các nguồn vốn nước ngoài đầu tư cho phát triển KH&CN; thực hiện nghiêm túc quy định trích một phần thu nhập tính thuế hàng năm trước khi tính thuế Thu nhập doanh nghiệp để lập Quỹ phát triển KH&CN của doanh nghiệp và các quy định về quản lý, sử dụng Quỹ.

Đồng thời tạo lập cơ chế tài chính của quỹ phát triển KH&CN; đẩy mạnh thực hiện cơ chế đặt hàng nhiệm vụ KH&CN và khoán kinh phí theo kết quả đầu ra; hoàn thiện chính sách, giải pháp tài chính phát triển thị trường KH&CN; cơ chế tài chính khuyến khích tư nhân thành lập hoặc liên kết với Nhà nước thành lập các quỹ đầu tư mạo hiểm hỗ trợ phát triển công nghệ mới, công nghệ cao, hợp tác nhà nước - tư nhân thực hiện nhiệm vụ KH&CN; cơ chế, chính sách tài chính cho đãi ngộ, khen thưởng, trọng dụng nhân tài trong lĩnh vực KH&CN...