Cụ thể, đơn vị sử dụng ngân sách có trách nhiệm loại bỏ khỏi quyết toán các khoản thu chi NSNN không đúng quy định theo kiến nghị của cơ quan thanh tra, kiểm toán.

Thủ trưởng đơn vị sử dụng NSNN chịu trách nhiệm trước pháp luật về việc quản lý, sử dụng, quyết toán NSNN, đảm bảo thu, chi NSNN đúng quy định pháp luật, sử dụng ngân sách theo dự toán được giao, đúng chính sách, chế độ, tiêu chuẩn, định mức chi ngân sách; chứng từ chi NSNN hợp pháp, hợp lệ; số liệu quyết toán thu, chi ngân sách đảm bảo chính xác, trung thực, đầy đủ, đúng quy định của pháp luật.

Các đơn vị dự toán cấp trên có trách nhiệm kiểm tra số liệu quyết toán của đơn vị sử dụng ngân sách cấp dưới trực tiếp, gồm: kiểm tra việc thực hiện quy định của pháp luật về phí, lệ phí và các chế độ thu khác của Nhà nước thuộc chức năng, nhiệm vụ được giao; kiểm tra số liệu chi ngân sách theo dự toán được giao chi tiết đến lĩnh vực, nhiệm vụ chi; đối chiếu với xác nhận của KBNN nơi giao dịch. Đồng thời, kiểm tra số liệu tổng hợp quyết toán ngân sách của đơn vị dự toán cấp dưới trực tiếp đảm bảo khớp đúng với dự toán được giao, chi tiết theo lĩnh vực chi, nhiệm vụ và nội dung chi.

Về trách nhiệm của cơ quan tài chính các cấp tại địa phương, các đơn vị phải thực hiện tổng hợp quyết toán ngân sách địa phương từ đơn vị dự toán cấp I và báo cáo quyết toán ngân sách cấp dưới đã được Hội đồng nhân dân phê chuẩn.

Đối với Bộ Tài chính, Bộ sẽ kiểm tra số liệu quyết toán của đơn vị dự toán cấp I đồng thời là đơn vị sử dụng ngân sách. Tổng hợp số liệu quyết toán từ các bộ, cơ quan trung ương, địa phương, lập báo cáo quyết toán NSNN trình cấp có thẩm quyền. Trong quá trình tổng hợp báo cáo quyết toán, thực hiện rà soát số liệu quyết toán của các bộ, cơ quan trung ương, địa phương, đảm bảo khớp đúng với dự toán được giao, chi tiết theo lĩnh vực chi. Trường hợp phát hiện ra sai sót, Bộ Tài chính yêu cầu các Bộ, cơ quan trung ương điều chỉnh lại số liệu quyết toán; đối với ngân sách địa phương, Bộ Tài chính yêu cầu UBND cấp tỉnh trình Hội đồng nhân dân điều chỉnh lại số liệu quyết toán.

Đặc biệt, với việc kiểm toán quyết toán NSNN, Kiểm toán Nhà nước có trách nhiệm thực hiện kiểm toán quyết toán NSNN tại các bộ, cơ quan trung ương trước khi tổng hợp báo cáo quyết toán gửi Bộ Tài chính; kiểm toán báo cáo quyết toán ngân sách địa phương (cấp tỉnh) trước khi trình Hội đồng Nhân dân phê chuẩn quyết toán ngân sách địa phương; kiểm toán báo cáo quyết toán NSNN trước khi trình Quốc hội xem xét, phê chuẩn.

Đồng thời, Kiểm toán Nhà nước có trách nhiệm đánh giá tính đúng đắn, trung thực, phù hợp của số liệu quyết toán; kiến nghị loại bỏ những nội dung thu chi chưa đúng trong chấp hành ngân sách, tổng hợp số liệu quyết toán của các đơn vị sử dụng ngân sách, các cấp dự toán, các cấp ngân sách.