Từ năm1990 đến nay, Cục Thuế đã hai lần chia tách. Năm 1992, tách Cục Thuế tỉnh Hậu Giang thành Cục Thuế tỉnh Cần Thơ và Cục Thuế tỉnh Sóc Trăng; năm 2004 tách Cục Thuế tỉnh Cần Thơ thành Cục Thuế TP. Cần Thơ và Cục Thuế tỉnh Hậu Giang. Các quận, huyện cũng được chia tách, sắp xếp lại. Hiện nay, Cục Thuế Thành phố có 5 chi cục thuế quận và 4 chi cục thuế huyện.

Ngay từ khi thành lập Cục Thuế Cần Thơ, công tác đào tạo cán bộ được xác định là khâu đột phá đầu tiên. Sau khi chia tỉnh Hậu Giang năm 1992, Cục Thuế Cần Thơ chỉ có 18 cán bộ có trình độ đại học và 56 cán bộ có trình độ trung cấp, chiếm tỷ lệ 13,21%. Giai đoạn 1992 - 1996, đơn vị tập trung đào tạo chuyên môn nghiệp vụ cho số cán bộ chưa có bằng cấp, giai đoạn 1997 - 2002, tập trung đào tạo lý luận chính trị, quản lý nhà nước và đào tạo nâng cao. Đến thời điểm chia tách tỉnh Cần Thơ cuối năm 2003, trình độ chuyên môn nghiệp vụ của cán bộ công chức thuế đã có 1 cao học, 156 đại học và 391 trung cấp, chiếm hơn 90% số lượng cán bộ. Đến nay, trình độ chuyên môn nghiệp vụ của cán bộ, công chức Cục Thuế TP. Cần Thơ đã được nâng lên rõ rệt với 7 cán bộ có trình độ cao học, 396 đại học, 114 trung cấp, chiếm tỷ lệ 98%. Về lý luận chính trị có 30 cử nhân và cao cấp, 77 trung cấp; 2 cán bộ đã học quản lý Nhà nước ngạch chuyên viên cao cấp, 79 quản lý nhà nước ngạch chuyên viên chính và 240 quản lý nhà nước ngạch chuyên viên. Công tác đào tạo không chỉ đáp ứng yêu cầu tiêu chuẩn cán bộ mà giúp nâng cao năng lực quản lý của cán bộ đáp ứng kịp yêu cầu quản lý trong tình hình mới, góp phần quan trọng trong việc hoàn thành nhiệm vụ chính trị được giao.

Nhờ có chất lượng đội ngũ cao, phong trào thi đua sáng kiến, cải cách thủ tục hành chính được duy trì thường xuyên, luôn tạo điều kiện thuận lợi nhất cho doanh nghiệp thực hiện nghĩa vụ thuế. Giai đoạn 1992 - 2003 có 123 sáng kiến được công nhận; giai đoạn 2004 - 2014 có 1.126 sáng kiến được công nhận, trong đó có 119 sáng kiến đạt loại giỏi, 500 sáng kiến đạt loại khá góp phần nâng cao hiệu quả công tác trên các lĩnh vực.

Cục Thuế thường xuyên phối hợp với Đài Phát thanh truyền hình Thành phố và Sở Tư pháp thực hiện chương trình trực tiếp trên truyền hình để giới thiệu về thủ tục hành chính thuế và giải đáp các vướng mắc của doanh nghiệp, công dân về kê khai, nộp thuế. Năm 2010 bắt đầu triển khai thí điểm khai thuế qua mạng, lúc đó các doanh nghiệp còn băn khoăn về hiệu quả nên số lượng thực hiện còn rất thấp, Cục Thuế đã kiên trì tuyên truyền, chọn lựa doanh nghiệp có điều kiện tốt nhất để vận động thực hiện, cử cán bộ hướng dẫn, trực tiếp hỗ trợ doanh nghiệp xử lý các vướng mắc trong quá trình thực hiện. Các trường hợp không gửi được tờ khai qua mạng do loại tờ khai chưa được thiết kế trên hệ thống hoặc do lỗi chưa xác định được thì doanh nghiệp gửi qua thư điện tử của cán bộ nhận tờ khai tại bộ phận một cửa, cơ quan thuế nhập dữ liệu vào hệ thống quản lý để doanh nghiệp không phải mang hồ sơ giấy đến nộp tại cơ quan thuế. Từ thực tiễn doanh nghiệp trên địa bàn đã thực hiện khai thuế qua mạng thành công, hiệu quả, Cục Thuế mở rộng dần đối tượng thực hiện, phối hợp với các đơn vị cung cấp chứng thư số phục vụ tận tình doanh nghiệp nên đến cuối năm 2014 đã có 100% doanh nghiệp thường xuyên thực hiện khai thuế qua mạng góp phần quan trọng vào công tác cải cách thủ tục hành chính thuế.

Công tác tuyên truyền, hỗ trợ cho doanh nghiệp được thực hiện với nhiều hình thức để thông tin về chính sách thuế đến với người nộp thuế một cách tốt nhất, đầy đủ nhất, hạn chế thấp nhất vi phạm về thuế, nhất là các hành vi vi phạm không cố ý do chưa hiểu đúng chính sách thuế. Cục Thuế phối hợp với Đài phát thanh truyền hình Thành phố mở chuyên mục về thuế phát định kỳ mỗi tháng 2 lần trên sóng truyền hình. Sử dụng internet làm phương tiện tuyên truyền được Cục Thuế triển khai từ năm 2009 nhưng còn nhiều doanh nghiệp chưa sử dụng dịch vụ internet, chưa sử dụng thư điện tử nên còn rất ít doanh nghiệp tham gia đăng ký giao dịch qua thư điện tử với Cục Thuế. Từ năm 2010 chỉ có 10% doanh nghiệp đăng ký sử dụng thư điện tử thì đến năm 2014 đã có gần 1.600 đơn vị từ doanh nghiệp đến đơn vị hành chính sự nghiệp đã đăng ký giao dịch qua thư điện tử với Cục Thuế. Khi có chính sách thuế mới hoặc sửa đổi, bổ sung, các văn bản hướng dẫn của Bộ Tài chính và Tổng cục Thuế đều được Cục Thuế gửi qua thư điện tử cho doanh nghiệp nghiên cứu trước khi triển khai. Các vướng mắc thông thường được hỗ trợ xử lý qua thư điện tử hoặc các mẫu biểu kê khai thuế người nộp thuế cần dùng cũng được cung cấp qua thư điện tử tạo thuận lợi hơn cho doanh nghiệp trong việc tiếp cận văn bản thủ tục về thuế. Để hạn chế thấp nhất vi phạm hành chính về kê khai thuế đối với doanh nghiệp mới thành lập do chưa hiểu hết các chính sách thuế và Luật Quản lý thuế, Cục Thuế đã biên soạn tóm tắt những thủ tục kê khai thuế, thời gian nộp tờ khai, nộp thuế, về thông báo phát hành hóa đơn, báo cáo hóa đơn… gửi Phòng Đăng ký kinh doanh để cấp cho doanh nghiệp mới thành lập. Định kỳ hàng quý đều có tổ chức hội nghị đối thoại doanh nghiệp để xử lý kịp thời các vướng mắc cho doanh nghiệp. Sau hội nghị, các vướng mắc được tập hợp thành văn bản gửi đến doanh nghiệp để thực hiện.

Tuy có chuyển dịch cơ cấu kinh tế nhưng sản xuất nông nghiệp vẫn còn chiếm tỷ trọng lớn và Cần Thơ không có nhiều doanh nghiệp sản xuất quy mô lớn, doanh thu cao, nộp thuế nhiều, đa số doanh nghiệp nhỏ và vừa và hộ kinh doanh cá thể nên công tác thu thuế đảm bảo cân đối ngân sách góp phần đầu tư phát triển Cần Thơ luôn là nhiệm vụ chính trị hàng đầu. Những năm được mùa, thu nhập của nông dân khá hơn, sức tiêu thụ hàng hóa cũng tăng theo thì công tác thu ngân sách có thuận lợi. Nhưng những năm mất mùa do thiên tai hoặc do tình hình suy thoái kinh tế thế giới tác động đến Việt Nam thì công tác hoàn thành dự toán thu là vô cùng khó khăn. Có thời điểm Đảng ủy Cục Thuế phải ra nghị quyết lãnh đạo công tác thu, huy động sức mạnh của tất cả đảng viên vào công tác thu thuế, tập trung toàn bộ lực lượng ưu tiên cho công tác thu ngân sách; phân công nhiệm vụ cụ thể cho đảng viên và công chức đánh giá từng nguồn thu, từng doanh nghiệp để có biện pháp quản lý sát đối tượng, tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra nên đã vượt qua khó khăn, hoàn thành dự toán thu được giao.

Nếu như năm 1990 thuế Cần Thơ chỉ thu được 115 tỷ đồng thì giai đoạn 1992 – 2003, Cục đã thu được 7.310 tỷ đồng, bình quân mỗi năm đạt 121,8% kế hoạch được giao. Đến giai đoạn 2004 – 2013 (10 năm sau khi thành lập TP. Cần Thơ trực thuộc Trung ương), số thu đã tăng lên 37.855 tỷ đồng, bình quân mỗi năm đạt 114,3%. Riêng năm 2014 số thu đạt hơn 7.973 tỷ đồng (tính cả khoản thu xổ số kiến thiết) bằng 5,44 lần số thu năm 2004 lúc mới chia tỉnh Cần Thơ và bằng 40,04 lần số thu năm 1992 lúc mới chia tỉnh Hậu Giang.

Với những kết quả đã đạt được trong thời gian qua, Cục Thuế TP. Cần Thơ đã được Chủ tịch Nước tặng Huân chương Lao động hạng Nhất, Nhì, Ba, Chính phủ tặng 01 Cờ Thi đua xuất sắc, Bộ Tài chính tặng 1 Cờ thi đua xuất sắc, Ủy ban nhân dân tặng 12 Cờ thi đua xuất sắc, Tổng cục Thuế tặng 4 Cờ thi đua các lĩnh vực công tác. Có 2 cá nhân được tặng Huân chương Lao động hạng Nhì; 8 tập thể và 11 cá nhân được tặng Huân chương Lao động hạng Ba; 20 tập thể và 25 cá nhân được Chính phủ tặng Bằng khen và rất nhiều tập thể, cá nhân được Bộ Tài chính tặng Bằng khen, danh hiệu chiến sĩ thi đua ngành Tài chính.