Giá, phí là vấn đề hết sức quan trọng để đơn vị sự nghiệp công lập có thể tiến tới hạch toán đầy đủ, từ đó chuyển sang cơ chế tự chủ ở mức cao hơn, nâng cao số lượng, chất lượng dịch vụ công một cách bền vững; đồng thời, đây cũng là điểm quan trọng thúc đẩy cạnh tranh bình đẳng, tạo điều kiện thu hút thêm các nhà đầu tư từ các thành phần kinh tế khác.

Mục đích của việc đổi mới cơ chế đối với đơn vị sự nghiệp công lập là phải hướng tới việc cung cấp dịch vụ sự nghiệp công tốt hơn cho các tầng lớp nhân dân và đảm bảo cho các đối tượng chính sách và người nghèo được tiếp cận và hưởng thụ các dịch vụ công cơ bản, thiết yếu với chất lượng cao hơn, công bằng hơn.

Để tạo động lực mới cho đơn vị sự nghiệp công phát huy hơn nữa vai trò đối với kinh tế - xã hội thì phải đổi mới cơ chế tài chính sự nghiệp công, xây dựng giá, phí dịch vụ sự nghiệp công theo nguyên tắc thị trường, đảm bảo sự cạnh tranh bình đẳng giữa các đơn vị sự nghiệp nói chung, đồng thời chấp nhận giải thể các đơn vị sự nghiệp công lập hoạt động không hiệu quả.

Chính vì vây, Nghị định số 16/2015/NĐ-CP đã quy định các điều về giá, phí và lộ trình tính giá dịch vụ sự nghiệp công, danh mục dịch vụ sự nghiệp công; đồng thời phân định dịch vụ sự nghiệp công sử dụng kinh phí NSNN và dịch vụ sự nghiệp công không sử dụng kinh phí NSNN như sau:

Một là: Đối với loại dịch vụ sự nghiệp công không sử dụng kinh phí NSNN: Đơn vị sự nghiệp được tự xác định giá dịch vụ theo nguyên tắc thị trường.

Hai là: Đối với loại dịch vụ sự nghiệp công sử dụng kinh phí NSNN: Nhà nước ban hành danh mục dịch vụ sự nghiệp công và Nhà nước định giá; đồng thời quy định lộ trình tính giá dịch vụ sự nghiệp công để phù hợp với khả năng của NSNN và thu nhập của người dân . Trong đó, lộ trình tính giá dịch vụ sự nghiệp công được quy định cụ thể qua các năm:

Đến năm 2016: Tính đủ chi phí tiền lương, chi phí trực tiếp (chưa tính chi phí quản lý và chi phí khấu hao tài sản cố định);

Đến năm 2018: Tính đủ chi phí tiền lương, chi phí trực tiếp và chi phí quản lý (chưa tính chi phí khấu hao tài sản cố định);

Đến năm 2020: Tính đủ chi phí tiền lương, chi phí trực tiếp, chi phí quản lý và chi phí khấu hao tài sản cố định.

Tuy nhiên để tạo điều kiện cho các đơn vị có điều kiện vươn lên nhanh hơn, Nghị định quy định: căn cứ vào tình hình thực tế, các đơn vị sự nghiệp công được thực hiện trước lộ trình giá dịch vụ sự nghiệp công

Ngoài ra, Nghị định cũng quy định rõ: Danh mục dịch vụ sự nghiệp công sử dụng ngân sách nhà nước do cơ quan nhà nước có thẩm quyền ban hành: Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan Trung ương xác định danh mục dịch vụ sự nghiệp công sử dụng ngân sách nhà nước của ngành, lĩnh vực quản lý trình Thủ tướng Chính phủ quy định, sau khi có ý kiến của Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch và Đầu tư. Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định danh mục dịch vụ sự nghiệp công sử dụng ngân sách nhà nước theo phân cấp thuộc phạm vi quản lý của địa phương.

Còn đối với một số loại hình dịch vụ sự nghiệp công thuộc danh mục phí được thu phí theo các quy định của pháp luật về phí, lệ phí.