Theo Quyết định số 1432/QĐ-BTC, việc thành lập Ban Chỉ đạo 389 Bộ Tài chính gồm các thành viên: Trưởng Ban là Thứ trưởng Bộ Tài chính phụ trách lĩnh vực hải quan; Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan làm Phó Trưởng Ban thường trực và Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế làm Phó Trưởng Ban Chỉ đạo.

Ban Chỉ đạo 389 Bộ Tài chính gồm các ủy viên: Chánh Văn phòng (Bộ Tài chính); Chánh Thanh tra Bộ Tài chính; Vụ trưởng Vụ pháp chế (Bộ Tài chính); Cục trưởng Cục Thanh tra kiểm tra (Tổng cục Thuế); Cục trưởng Cục điều tra chống buôn lậu (Tổng cục Hải quan).

Ban Chỉ đạo 389 Bộ Tài chính có nhiệm vụ chỉ đạo, kiểm tra, đôn đốc công tác chống buôn lậu, gian lận thương mại và hàng giả theo định kỳ, đột xuất và theo chuyên đề; đề xuất sửa đổi, bổ sung chế độ, chính sách, quy định của pháp luật có liên quan đến công tác chống buôn lậu, gian lận thương mại và hàng giả; đề xuất sửa đổi, bổ sung chế độ, chính sách, quy định của pháp luật có liên quan đến công tác chống buôn lậu, gian lận thương mại và hàng giả.

Đề xuất khen thưởng đối với tập thể, cá nhân thuộc Bộ Tài chính có thành tích xuất sắc trong công tác chống buôn lậu, gian lận và hàng giả; chỉ đạo xử lý đối với tập thể, cá nhân có dấu hiệu bao che, tiếp tay cho buôn lậu, gian lận thương mại và hàng giả; thực hiện các nhiệm vụ khác do Bộ trưởng Bộ Tài chính, Ban Chỉ đạo 389 quốc gia giao.

Đồng thời, phân công trách nhiệm, nhiệm vụ cho các đơn vị, bộ phận trong Ban chỉ đạo 389 Bộ Tài chính.

Cụ thể, đơn vị thường trực Ban Chỉ đạo 389 Bộ Tài chính là Tổng cục Hải quan; Bộ phận tham mưu giúp việc cho các Phó Trưởng ban trong việc triển khai công tác của Ban Chỉ đạo 389 Bộ Tài chính và Ban Chỉ đạo 389 quốc gia (Thanh tra, Tổng cục Thuế, Cục Điều tra chống buôn lậu, Tổng cục Hải quan); các đơn vị có lãnh đạo là thành viên Ban Chỉ đạo 389 Bộ Tài chính, có trách nhiệm phân công cán bộ giúp việc cho lãnh đạo đơn vị mình.