Khi thanh toán vốn đầu tư, ngân hàng chỉ thanh toán giá trị trước thuế, số thuế GTGT còn lại đơn vị ông Nhân phải lập tờ khai và hoàn thuế cho các doanh nghiệp, nhà thầu.

Trong giai đoạn đầu của dự án, đơn vị ông có số thuế GTGT đề nghị hoàn cao hơn 300 triệu đồng, nhưng trong đợt thanh toán giai đoạn cuối số thuế GTGT đề nghị hoàn thấp hơn 300 triệu đồng.

Ông Nhân muốn biết, trường hợp này đơn vị ông có được hoàn thuế GTGT không? Ngoài áp dụng mức hoàn thuế từ 300 triệu đồng trở lên theo Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015 của Bộ Tài chính thì đối với đơn vị hành chính sự nghiệp Nhà nước như đơn vị ông có phương án khác không?

Về vấn đề này, Cục Thuế tỉnh Lai Châu có ý kiến như sau:

Căn cứ Khoản 3, Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 1/7/2016 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế và sửa đổi một số điều tại các Thông tư về thuế:

“3. Hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

a) Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư (trừ trường hợp hướng dẫn tại Điểm c, Khoản 3 Điều này và trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) cùng tỉnh, thành phố, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai riêng đối với dự án đầu tư và phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện.

Số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mà chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo…

Dự án đầu tư được hoàn thuế GTGT theo quy định tại Khoản 2, Khoản 3 Điều này là dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư”.

Căn cứ hướng dẫn nêu trên, trường hợp đơn vị nơi ông Nhân đang công tác có số thuế GTGT đề nghị hoàn thấp hơn 300 triệu đồng thì đơn vị không được hoàn thuế GTGT theo quy định.

Phương án cụ thể nhằm giải quyết vấn đề tồn tại của đơn vị nơi ông đang công tác, Cục Thuế tỉnh Lai Châu đang làm công văn xin ý kiến Tổng cục Thuế để sớm có phương án trả lời.