Thông tư cũng quy định thông tin, số liệu phản ánh trên sổ kế toán (SKT) xuất nhập khẩuphải chính xác, trung thực, đúng với chứng từ kế toán. SKT được ghi theo trình tự thời gian phát sinh các nghiệp vụ.Việc cập nhật, ghi vào SKT, vào cơ sở dữ liệu KT thuế XNK phải căn cứ vào chứng từ KT, phải được kiểm tra tính chính xác của các nghiệp vụ phát sinh.

Thông tư này áp dụng cho các đơn vị hải quan gồm Tổng cục Hải quan; Cục hải quan và các đơn vị tương đương, Chi cục hải quan và các đơn vị tương đương trong việc thực hiện công tác kế toán nghiệp vụ thuế và thu khác đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Theo hướng dẫn, kế toán thuế xuất khẩu, nhập khẩu là việc tổ chức hệ thống thông tin quản lý nội bộ của hệ thống Hải quan về thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường, thuế phòng vệ thương mại (thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp, thuế tự vệ, thuế chống phân biệt đối xử), thu lệ phí, thu phạt, thu bán hàng tịch thu và các khoản thu khác theo quy định của Nhà nước đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; Phí thu hộ các hiệp hội, phí một cửa quốc gia.

Bên cạnh đó, kế toán thuế xuất khẩu, nhập khẩu có nhiệm vụ ghi chép, phản ánh tình hình thu nộp ngân sách nhà nước về thuế và các khoản thu khác của người nộp thuế hoặc đối tượng vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan.

Đặc biệt, kế toán thuế xuất khẩu, nhập khẩu được ghi chép, phản ánh theo phương pháp ghi kép, đảm bảo tổng hợp kết quả hoạt động nghiệp vụ quản lý thuế và thu khác đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu do cơ quan hải quan các cấp đã thực hiện theo quy định của pháp luật kế toán, luật ngân sách và pháp luật khác có liên quan.

Thông tư này có hiệu lực từ ngày 1/1/2016, Tổng cục Hải quan triển khai xây dựng hệ thống ứng dụng công nghệ thông tin để thực hiện Thông tư này, thời gian áp dụng thực hiện trong các đơn vị hải quan kể từ ngày 1/1/2017./.