Theo phản ánh của ông Huỳnh Quãng, căn cứ Văn bản số 15120/BTC-CST ngày 25/10/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn chính sách thuế, phí, lệ phí và các khoản thu ngân sách Nhà nước khác áp dụng đối với khu kinh tế cửa khẩu, khi Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu có hiệu lực (ngày 1/9/2016), Khu kinh tế - thương mại đặc biệt Lao Bảo, tỉnh Quảng Trị không thuộc khu vực phi thuế quan và truy thu thuế GTGT đối với doanh thu của doanh nghiệp kể từ thời điểm Luật này có hiệu lực.

Tuy nhiên, thời điểm có Văn bản hướng dẫn số 15120/BTC-CST của Bộ Tài chính là ngày 25/10/2016 và ngày 28/11/2016 Sở Tài chính Quảng Trị hướng dẫn doanh nghiệp truy thu thuế GTGT của khách hàng từ ngày 1/9/2016 đến hết tháng 11/2016. Ông Quãng hỏi, có quy định nào cho phép doanh nghiệp truy thu thuế khách hàng không?

Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu ban hành có nội dung mâu thuẫn với Quyết định số 72/2013/QĐ-TTg nhưng lại không có hướng dẫn cụ thể cho doanh nghiệp thực hiện thu thuế tại khu kinh tế - thương mại và sau đó muốn truy thu thuế từ giai đoạn Luật có hiệu lực (ngày 1/9/2016) đến lúc có văn bản trả lời chính thức cho doanh nghiệp về việc xác định đóng thuế, như vậy có hợp lý không?

Về vấn đề này, Bộ Tài chính trả lời như sau:

Theo Khoản 2, Điều 3 Quyết định số 72/2013/QĐ-TTg ngày 26/11/2013 của Thủ tướng Chính phủ quy định cơ chế, chính sách tài chính đối với khu kinh tế cửa khẩu, “Khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu là khu vực địa lý có ranh giới xác định, được ngăn cách với lãnh thổ bên ngoài bằng hàng rào cứng (trừ Khu kinh tế - thương mại đặc biệt Lao Bảo, tỉnh Quảng Trị và Khu kinh tế cửa khẩu quốc tế Cầu Treo, tỉnh Hà Tĩnh), có cổng và cửa ra vào bảo đảm điều kiện cho sự kiểm soát của cơ quan Hải quan và các cơ quan chức năng có liên quan, có cơ quan Hải quan giám sát, kiểm tra hàng hóa và phương tiện ra vào khu.

Khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu bao gồm: khu kinh tế thương mại đặc biệt, khu thương mại công nghiệp, khu thương mại tự do và các khu có tên gọi khác được thành lập theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ, có quan hệ mua bán trao đổi hàng hóa, dịch vụ giữa khu này với bên ngoài là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu”.

Tại Khoản 1, Điều 4 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu có hiệu lực thi hành từ ngày 1/9/2016 quy định: “Khu phi thuế quan là khu vực kinh tế nằm trong lãnh thổ Việt Nam, được thành lập theo quy định của pháp luật, có ranh giới địa lý xác định, ngăn cách với khu vực bên ngoài bằng hàng rào cứng, bảo đảm điều kiện cho hoạt động kiểm tra, giám sát, kiểm soát hải quan của cơ quan hải quan và các cơ quan có liên quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu và phương tiện, hành khách xuất cảnh, nhập cảnh; quan hệ mua bán, trao đổi hàng hóa giữa khu phi thuế quan với bên ngoài là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu”.

Theo quy định tại Khoản 2, Điều 56 Luật Ban hành văn bản quy phạm pháp luật số 80/2015/QH13, “trong trường hợp các văn bản quy phạm pháp luật có quy định khác nhau về cùng một vấn đề thì áp dụng văn bản có hiệu lực pháp lý cao hơn”.

Căn cứ quy định nêu trên, Khu kinh tế - thương mại đặc biệt Lao Bảo không bảo đảm quy định về khu phi thuế quan theo quy định của Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu (không được ngăn cách với khu vực bên ngoài bằng hàng rào cứng) nên không áp dụng chính sách thuế đối với khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu theo Quyết định số 72/2013/QĐ-TTg kể từ ngày 1/9/2016, phải thực hiện chính sách thuế như đối với khu kinh tế cửa khẩu.

Ngày 25/10/2016, Bộ Tài chính đã có Công văn số 15120/BTC-CST về chính sách thuế, phí, lệ phí và các khoản thu ngân sách Nhà nước khác áp dụng đối với khu kinh tế cửa khẩu và tại Khoản 2.10 Công văn đã hướng dẫn: “Cơ quan thuế tổ chức thực hiện pháp luật về thuế tại khu thuộc khu kinh tế cửa khẩu không đảm bảo quy định về khu phi thuế quan theo quy định hiện hành đối với tổ chức, cá nhân trong nội địa. Đối với hàng hóa đưa từ nội địa vào hai khu này mà áp dụng thuế suất thuế GTGT là 0% (nếu có) trước ngày 1/9/2016 hiện còn tồn kho chưa bán ra, khi bán ra thực hiện nộp thuế theo quy định hiện hành đối với hàng hóa kinh doanh, tiêu thụ trong nước”.

Căn cứ quy định của Điều 4 Luật Thuế GTGT, “Người nộp thuế GTGT là tổ chức, cá nhân sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT (sau đây gọi là cơ sở kinh doanh) và tổ chức, cá nhân nhập khẩu hàng hóa chịu thuế GTGT (sau đây gọi là người nhập khẩu)”. Theo đó, tại Khoản 2.3 Công văn 15120/BTC-CST đã hướng dẫn về thuế GTGT như sau: 

“Không thực hiện chính sách thuế GTGT đối với khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu quy định tại Điều 10 Quyết định số 72/2013/QĐ-TTg và hướng dẫn tại Điều 4 Thông tư số 109/2014/TT-BTC.

Hàng hóa, dịch vụ nhập khẩu từ nước ngoài vào khu thực hiện chính sách thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ nhập khẩu theo quy định của Luật Thuế GTGT và các văn bản hướng dẫn Luật Thuế GTGT hiện hành.

Hàng hóa, dịch vụ sản xuất và được tiêu thụ trong khu thực hiện theo chính sách thuế GTGT áp dụng cho hàng hóa, dịch vụ được sản xuất, kinh doanh và tiêu dùng ở Việt Nam theo quy định của Luật Thuế GTGT và các văn bản hướng dẫn Luật thuế GTGT hiện hành”.

Do đó, hàng hóa, dịch vụ nhập khẩu từ nước ngoài, sản xuất, tiêu thụ trong khu Lao Bảo từ ngày 1/9/2016 mà chưa thực hiện nộp thuế GTGT thì tổ chức, cá nhân sản xuất, kinh doanh hàng hóa này phải nộp thuế GTGT theo quy định của Luật Thuế GTGT.