Trong đó có 8 khu vực thu, khoản thu, sắc thuế đạt trên 50% dự toán và duy trì được tốc độ tăng thu so với cùng kỳ năm 2013 như: Khu vực doanh nghiệp nhà nước (DNNN) địa phương, khu vực DN có vốn đầu tư nước ngoài, khu vực ngoài quốc doanh, thuế thu nhập cá nhân, lệ phí trước bạ, thuế sử dụng đất phi nông nghiệp, thu tiền cho thuê đất, thu cố định tại xã.

Tuy nhiên, vẫn có 3 khu vực, khoản thu đạt dưới 50% dự toán nhưng vẫn đạt tốc độ tăng thu so với cùng kỳ như: Khu vực DNNN Trung ương, thuế Bảo vệ môi trường, tiền sử dụng đất.

Cục Thuế Hà Nội thẳng thắn chỉ ra 5 tồn tại, hạn chế trong công tác quản lý thuế như:

Thứ nhất, ý thức tuân thủ pháp luật của một bộ phận người nộp thuế (NNT) chưa cao, số đông dân cư chưa có thói quen thanh toán không dùng tiền mặt. Bên cạnh đó, "độ mở" của nền kinh tế còn lớn, quá trình hội nhập ngày càng sâu, nhiều nghiệp vụ kinh tế mới phát sinh đã gây ra khó khăn trong việc xây dựng, cơ chế chính sách thuế; đồng thời phát sinh nhiều vướng mắc trong công tác quản lý cho cơ quan Thuế và cho cả NNT trong qúa trình thực thi pháp luật thuế.

Thứ hai, công tác phân tích dự báo số thu hiện nay chủ yếu dựa vào số liệu thống kê, lịch sử và những số liệu này vẫn còn sai lệch, phương pháp thực hiện còn mang tính tủ công. Công tác xây dựng cơ sở dữ liệu kinh tế đối với DN chưa được một số phòng kiểm tra, các chi cục thuế quan tâm đúng mức nên việc phân tích, dự báo nguồn thu hàng tháng chưa chính xác.

Thứ ba, công tác tuyên truyền hỗ trợ NNT đã đạt được nhiều kết quả song hình thức, nội dung tuyên truyền hỗ trợ cần đa dạng, phong phú hơn ( nhất là đối với các chi cục thuế). Chưa đôn đốc triệt để các DN  nộp đủ, đúng thời hạn hồ sơ khai thuế, chưa kịp thời xử lý vi phạm chậm nộp hồ sơ khai thuế. Tiến độ thực hiện thanh, kiểm tra tại trụ sở NNT còn chậm; chất lượng, hiệu quả thanh, kiểm tra còn chưa đảm bảo yêu cầu. Công tác phối hợp với các ngành trong việc phát hiện, ngăn ngừa các hành vi vi phạm, gian lận, trốn thuế (đặc biệt là trong lĩnh vực hoá đơn) còn nhiều hạn chế.

Thứ tư, hệ thống tin học còn có tình trạng quá tải, nghẽn mạng đặc biệt là những ngày đến hạn kê khai; dữ liệu về người nộp thuế chưa được cập nhật kịp thời, từ đó gây khó khăn trong công tác quản lý thuế.

Thứ năm, công tác kiểm tra, giám sát của một bộ phận lãnh đạo Phòng, Chi cục thuế chưa thực sự quyết liệt; trình độ năng lực của bộ phận cán bộ công chức thuế còn hạn chế, vẫn còn xảy ra hiện tượng cán bộ vi phạm kỷ luật, cá biệt còn có cán bộ công chức thiếu tinh thần trách nhiệm, chưa giải quyết kịp thời các thủ tục và giải đáp vướng mắc về thuế cho NNT, gây bức xúc cho NNT.

Theo Cục Thuế Hà Nội, để hoàn thành nhiệm vụ thu ngân sách nhà nước năm 2014, Cục Thuế Hà Nội kiến nghị với UBND TP. Hà Nội cần chỉ đạo các cấp, các ngành tiếp tục tháo gỡ khó khăn cho sản xuất kinh doanh, hỗ trợ thị trường, giải quyết nợ xấu, tiếp cận nguồn vốn vay, đất đai... các cấp, các ngành cần phối hợp chặt chẽ với cơ quan Thuế trong việc thực hiện nhiệm vụ công tác thuế trên từng đại bàn, đặc biệt trong công tác tuyên truyền pháp luật thuế, công tác chống thất thu ngân sách, công tác đôn đốc thu nợ thuế; Cần đẩy nhanh tiến độ hợp thức hoá quyền sử dụng đất cho các trường hợp chưa có quyết định thuê đất để cơ quan Thuế có đầy đủ cơ sở pháp lý thu tiền thuê đất, để hạn chế việc tạm tính, tạm thu tiền thuê đất như hiện nay.

Thay mặt lãnh đạo thành phố, Phó Chủ tịch UBND TP.Hà Nội Nguyễn Ngọc Tuấn cam kết sẽ tháo gỡ các vướng mắc để tạo điều kiện cho cơ quan Thuế thực thi nhiệm vụ; cũng như tạo thuận lợi cho NNT chấp hành chính sách pháp luật thuế. "Nhiệm vụ đặt ra với Cục Thuế Hà Nội phấn đấu sớm hoàn thành dự toán thu NSNN, từ nay đến cuối năm, cơ quan Thuế cần tiếp tục đổi mới để triệt để thu được thuế.

Bên cạnh việc thực hiện các giải pháp hỗ trợ, tháo gỡ khó khăn, vướng mắc cho DN trong sản xuất kinh doanh và trong việc thực hiện các thủ tục về thuế thông qua các Hội nghị đối thoại, Tuần lễ hỗ trợ NNT... Cơ quan Thuế tăng cường cơ chế giám sát và xử lý kịp thời các trường hợp vi phạm pháp luật, chống thất thu ngân sách ở các lĩnh vực như: Hoá đơn, xây dựng, cho thuê nhà"- ông Nguyễn Ngọc Tuấn nói.