Những năm gần đây, hoạt động XNK qua địa bàn của Cục Hải quan Điện Biên chủ yếu là hàng nhập đầu tư tạo tài sản cố định, chiếm trên 90% số thu ngân sách của đơn vị. Do vậy, sai phạm phổ biến mà lực lượng Hải quan phát hiện thường là khai sai về mã số, danh mục hàng hóa được hưởng ưu đãi miễn thuế. Để nâng cao ý thức tuân thủ pháp luật của DN trong lĩnh vực này, ngoài việc tập huấn, giải đáp vướng mắc cho DN, đơn vị đặc biệt chú trọng công tác KTSTQ.

Bộ phận KTSTQ, Cục Hải quan Điện Biên hiện có 7 CBCC làm đầu mối xây dựng kế hoạch, tham mưu cho lãnh đạo Cục, tổ chức các cuộc KTSTQ. Cụ thể, bộ phận này đã tích cực tham mưu, đôn đốc các đơn vị trực thuộc thực hiện đầy đủ công tác phúc tập, lưu trữ hồ sơ; thực hiện nghiêm kỷ cương, kỷ luật liêm chính trong ngành Hải quan. 

Kể từ năm 2015 đến nay, bộ phận KTSTQ đã theo dõi, đôn đốc phúc tập 2.075 hồ sơ hải quan  và lưu trữ hồ sơ theo quy định (đạt 100%). Trong đó, chú trọng KTSTQ về lĩnh vực đầu tư tạo tài sản cố định, các mặt hàng XNK có trị giá lớn, thuế suất cao. Kết quả, bộ phận KTSTQ đã thực hiện 6 cuộc kiểm tra, ra quyết định ấn định, truy thu thuế và phạt chậm nộp 1,575 tỷ đồng.

Điển hình như KTSTQ trong lĩnh vực đầu tư tạo tài sản cố định của Công ty M.S,có trụ sở tại Sơn La. Công ty này thực hiện đăng ký Danh mục hưởng ưu đãi miễn thuế NK ngày 15-7-2009 với Cục Hải quan Điện Biên (do Công ty tự xác định kê khai, tự chịu trách nhiệm về bản danh mục và cam kết sử dụng đúng mục đích). 

Hải quan Điện Biên tiến hành KTSTQ việc NK hàng hóa tạo tài sản cố định theo loại hình nhập đầu tư trong vòng 5 năm trở về trước. Sau hơn 2 năm (kể từ khi ban hành kết luận kiểm tra sau thông quan vào tháng 7-2013 đến tháng 1-2016), DN này mới hoàn thành nộp đủ số thuế còn thiếu, tiền phạt vi phạm hành chính và tiền phạt chậm nộp hơn 4 tỷ đồng vào ngân sách Nhà nước.

Thực tế kiểm tra, đối chiếu tờ khai hàng hóa NK tại cơ quan Hải quan với bản lưu tại Công ty M.S, lực lượng Hải quan nhận thấy, một số mặt hàng NK còn khai báo chung chung, không rõ thành phần cấu tạo, ký hiệu quy cách, đặc tính kỹ thuật, đơn giá chi tiết từng mặt hàng và áp mã số hàng hóa máy móc, thiết bị, vật tư, vật liệu theo mã số hàng hóa của máy chính.

Tiếp tục kiểm tra, đối chiếu chứng từ thanh toán được lưu trữ tại cơ quan Hải quan với hồ sơ lưu trữ tại DN, tổng trị giá hàng hóa khai báo trên tờ khai với trị giá hàng hóa NK trên Invoice đã chênh lệnh 1,51 triệu USD (20,6 /22,1 triệu USD) do DN không kê khai trị giá tính thuế phụ tùng dự phòng thay thế.

Bên cạnh đó, Công ty đã áp mã số hàng hóa gồm: Gạch chịu lửa; thép mạ kẽm, thép ống, thép hình, ống nhựa các loại; cáp điện, cáp và dây diện; phụ tùng dự phòng thay thế theo mã số hàng hóa của máy chính để được miễn thuế là sai quy định.

Đơn cử như phụ tùng dự phòng thay thế không thuộc đối tượng được hưởng ưu đãi miễn thuế NK và là đối tượng chịu thuế GTGT. Bởi chiếu theo quy định: Chỉ được miễn thuế đối với số lượng đủ để lắp ráp, kết nối, sử dụng cho hệ thống máy móc thiết bị vận hành bình thường, đối với số lượng NK dư thừa thì nộp đủ thuế theo quy định.

Để có cơ sở áp lại mã số hàng hóa và xác định số tiền thuế kê khai còn thiếu theo quy định, cơ quan Hải quan đã căn cứ Danh mục đăng ký hàng hóa NK, việc mô tả hàng hóa, tên hàng, tài liệu kỹ thuật cung cấp của Công ty M.S; căn cứ vào các các quy định hiện hành. Trên cơ sở kết luận của Đoàn kiểm tra, Cục Hải quan Điện Biên ban hành Quyết định ấn định thuế, xử phạt vi phạm hành chính 3,55 tỷ đồng và tiền phạt chậm nộp 629 triệu đồng.

Một cán bộ phụ trách công tác KTSTQ ở Cục Hải quan Điện Biên cho biết, công tác KTSTQ là một lĩnh vực nghiệp vụ khó, đòi hỏi cán bộ công chức Hải quan có tư duy tổng hợp, am hiểu pháp luật về mọi mặt của hoạt động XNK luôn có sự thay đổi phù hợp với thực tiễn.

Để tránh khiếu, nại, khiếu kiện, khi “bắt tay” vào mỗi cuộc kiểm tra, bản thân từng cán bộ, công chức vừa phải tìm tòi, nghiên cứu văn bản, vừa thuyết phục DN hợp tác trong quá trình làm việc tại trụ sở cơ quan Hải quan, cũng như tại trụ sở DN. Bởi vậy, để DN “tâm phục, khẩu phục”, chấp hành nộp đủ thuế vào ngân sách Nhà nước, bản thân CBCC Hải quan còn đóng vai là những tuyên truyền viên pháp luật giúp DN nâng cao ý thức chấp hành pháp luật, khắc phục tối đa những sai sót trong quá trình làm thủ tục hải quan.

Chính vì vậy, qua công tác thu thập thông tin, phúc tập hồ sơ và KTSTQ, nhìn chung các DN cơ bản chấp hành tốt pháp luật về hải quan, không lặp lại những sai sót trong khi khai báo làm thủ tục XK, NK hàng hóa trên địa bàn.