Để đạt được số thu cao như hiện tại, ngoài việc  duy trì hiệu quả các giải pháp hỗ trợ doanh nghiệp xuất nhập khẩu thông quan hàng hóa được thuận lợi,  Hải quan Khánh Hòa đã tăng cường công tác nuôi dưỡng nguồn thu, chống thất thu thuế.

Nguồn thu chủ yếu của Cục Hải quan Khánh Hòa là từ thuế xuất nhập khẩu xăng dầu. Trong 9 tháng đầu năm, tổng khối lượng xăng dầu nhập khẩu trên địa bàn tỉnh đạt hơn 1 triệu tấn, giá trị kim ngạch ước tính 440 triệu USD. Do đó tính đến 15-9-2016, số thu từ xăng dầu đạt 3.180 tỷ chiếm 92% tổng thu của đơn vị tăng 64% so với cùng kỳ năm 2015.

Bên cạnh đó để tăng số thu các loại hàng hóa khác như nguyên liệu sản xuất máy móc thiết bị đóng tàu, Hải quan Khánh Hòa đẩy mạnh công tác cải cách hành chính, hiện đại hóa hải quan, giảm thời gian làm thủ tục cho doanh nghiệp tạo thuận lợi nhất cho doanh nghiệp.

Bên cạnh tạo thuận lợi thông quan hàng hóa, Cục Hải quan Khánh Hòa đã tăng cường kiểm tra khai báo thuế, mã số hàng hóa, C/O cho hàng hóa xuất xứ từ các nước ưu đãi về thuế nhằm phát hiện kịp thời những sai sót và ngăn chặn hành vi gian lận thương mại, ảnh hưởng đến số thuế phải thu, thường xuyên rà soát, đôn đốc doanh nghiệp nộp thuế đúng thời gian quy định.