Theo hướng dẫn của Tổng cục Thuế, trường hợp chủ tàu ký hợp đồng đóng mới hoặc nâng cấp tàu dùng để khai thác hải sản có tổng công suất máy chính từ 400CV trở lên trước hoặc sau ngày 25/8/2014 (ngày có hiệu lực của Nghị định 67/2014/NĐ-CP) nhưng thời điểm hoàn thành, bàn giao thực tế từ ngày 25/8/2014 đến ngày 31/12/2014 thì chủ tàu khai thác hải sản được hoàn thuế giá trị gia tăng của tàu nêu trên nếu đáp ứng các điều kiện tại khoản 6, Điều 4 Thông tư số 117/2014/TT-BTC ngày 21/8/2014 của Bộ Tài chính.

Hồ sơ thủ tục hoàn thuế thực hiện theo hướng dẫn tại Điều 49 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính về quản lý thuế.

Từ 1/1/2015, tàu đánh bắt xa bờ là tàu có công suất máy chính từ 9OCV trở lên làm nghề khai thác hải sản hoặc dịch vụ hậu cần phục vụ khai thác hải sản; máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ khai thác, bảo quản sản phẩm cho tàu cá có tổng công suất máy chính từ 90CV trở lên làm nghề khai thác hải sản hoặc dịch vụ hậu cần phục vụ khai thác hải thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Thuế GTGT đầu vào của chi phí sản xuất tàu đánh bắt xa bờ không được kê khai, khấu trừ và hoàn thuế mà tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp.

Trường hợp chủ tàu ký hợp đồng mua, đóng mới hoặc nâng cấp tàu đánh bắt xa bờ và máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ khai thác, bảo quản sản phẩm cho tàu cá nêu trên trước hoặc sau ngày 01/01/2015 nhưng thời điểm hoàn thành, bàn giao thực tế từ ngày 01/01/2015 thì không được hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại Nghị định số 67/2014/NĐ-CP ngày 7/7/2014 của Chính phủ và Thông tư số 117/2014/TT-BTC ngày 21/8/2014 của Bộ Tài chính./.