Ngày 16/9/2016, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 139/2016/TT- BTC hướng dẫn miễn tiền sử dụng đất, tiền thuê đất, hoàn trả lại hoặc khấu trừ cho chủ đầu tư khi xây dựng nhà ở xã hội và phương pháp xác định tiền sử dụng đất phải nộp khi người mua, thuê mua được phép bán lại nhà ở xã hội. Thông tư này chính thức có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15/11/2016.

Điều 5 của Thông tư hướng dẫn quy định về hoàn trả lại hoặc khấu trừ vào nghĩa vụ tài chính phải nộp cho nhà nước của chủ đầu tư dự án đầu tư xây dựng nhà ở xã hội. Theo đó, việc hoàn trả lại hoặc khấu trừ vào nghĩa vụ tài chính phải nộp cho nhà nước của chủ đầu tư dự án đầu tư xây dựng nhà ở xã hội theo quy định tại khoản 1 Điều 9 Nghị định số 100/2015/NĐ-CP thực hiện như sau:

1. Trường hợp Chủ đầu tư đã nộp tiền sử dụng đất khi Nhà nước giao đất mà phần diện tích đó được xây dựng nhà ở xã hội thì được hoàn trả lại hoặc khấu trừ số tiền sử dụng đất đã nộp vào nghĩa vụ tài chính (tiền sử dụng đất hoặc tiền thuê đất) phải nộp cho nhà nước khi thực hiện các dự án đầu tư khác; số tiền sử dụng đất đã nộp mà Chủ đầu tư được hoàn trả lại hoặc khấu trừ vào nghĩa vụ tài chính (tiền sử dụng đất hoặc tiền thuê đất) phải nộp cho nhà nước là số tiền sử dụng đất Chủ đầu tư đã nộp theo Thông báo hoặc văn bản của cơ quan có thẩm quyền theo quy định của pháp luật đất đai.

2. Trường hợp Chủ đầu tư nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất hợp pháp từ các tổ chức, hộ gia đình, cá nhân mà phần diện tích đó được xây dựng nhà ở xã hội thì được hoàn trả lại hoặc khấu trừ số tiền này vào nghĩa vụ tài chính (tiền sử dụng đất hoặc tiền thuê đất) phải nộp cho nhà nước;

Số tiền Chủ đầu tư được hoàn trả lại hoặc khấu trừ vào nghĩa vụ tài chính phải nộp cho nhà nước được xác định theo giá đất của mục đích sử dụng đất nhận chuyển nhượng tại thời điểm được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép chuyển mục đích sử dụng đất hoặc tại thời điểm cho phép sử dụng đất để thực hiện dự án đầu tư xây dựng nhà ở xã hội nhưng không vượt quá số tiền bồi thường, hỗ trợ đất tương ứng với trường hợp nhà nước thu hồi đất theo quy định của pháp luật đất đai.

Giá đất của loại đất nhận chuyển nhượng được xác định bằng phương pháp hệ số điều chỉnh giá đất.

3. Số tiền sử dụng đất, tiền thuê đất mà Chủ đầu tư phải nộp khi thực hiện các dự án đầu tư khác (không phải dự án nhà ở xã hội) để thực hiện khấu trừ được xác định theo quy định của pháp luật đất đai.

Trường hợp dự án đầu tư khác mà Chủ đầu tư được Nhà nước cho thuê đất và trả tiền thuê đất hàng năm thì số tiền thuê đất được khấu trừ sẽ quy đổi thành số năm, tháng hoàn thành nghĩa vụ tài chính nộp tiền thuê đất và được xác định là thời gian đã hoàn thành việc nộp tiền thuê đất hàng năm; việc xác định số tiền thuê đất trong trường hợp này được thực hiện theo quy định của pháp luật đất đai.