Thông tư số 169/2016/TT-BTC quy định mức thu phí thẩm định hợp đồng chuyển giao công nghệ để đăng ký như sau:

Đối với các hợp đồng chuyển giao công nghệ đăng ký lần đầu thì phí thẩm định hợp đồng chuyển giao công nghệ được tính theo tỷ lệ bằng 0,1% tổng giá trị của hợp đồng chuyển giao công nghệ nhưng tối đa không quá 10 triệu đồng và tối thiểu không dưới 05 triệu đồng.

Đối với các hợp đồng chuyển giao công nghệ đề nghị đăng ký sửa đổi, bổ sung thì phí thẩm định hợp đồng chuyển giao công nghệ được tính theo tỷ lệ bằng 0,1% tổng giá trị của hợp đồng sửa đổi, bổ sung nhưng tối đa không quá 05 triệu đồng và tối thiểu không dưới 03 triệu đồng.

Thông tư số 169/2016/TT-BTC cũng quy định mức thu phí thẩm định hợp đồng chuyển giao công nghệ đối với công nghệ thuộc Danh mục công nghệ hạn chế chuyển giao qua hai bước chấp thuận (cấp phép sơ bộ) và cấp Giấy phép chuyển giao công nghệ: Mức thu phí thẩm định đối với xem xét, chấp thuận chuyển giao công nghệ (cấp phép sơ bộ) là 10 triệu đồng.

Đồng thời, yêu cầu các tổ chức thu phí nộp toàn bộ số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước. Nguồn chi phí trang trải cho việc thẩm định và thu phí do ngân sách nhà nước bố trí trong dự toán của tổ chức thu theo chế độ, định mức chi ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật.

Trường hợp tổ chức thu phí được khoán chi phí hoạt động theo quy định của Chính phủ hoặc Thủ tướng Chính phủ thì tổ chức thu phí được để lại 70% trên tổng số tiền phí thu được để trang trải chi phí cho việc thẩm định và thu phí theo quy định. Số tiền phí còn lại 30% tổ chức thu phí phải nộp vào ngân sách nhà nước.