Tổng cục Thuế cho biết, khoản 9 Điều 7 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT) và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế GTGT.

Điểm đ Khoản 1 và Điểm b Khoản 6 Điều 11, Khoản 3 Điều 28 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ.

Theo báo cáo của Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp, Kho bạc Nhà nước không thể khấu trừ thuế GTGT vãng lai đối với công trình xây dựng cầu Cao Lãnh và cầu Vàm Cống do nguồn vốn đầu tư là vốn vay của nước ngoài do Ngân hàng ADB quản lý và thanh toán trực tiếp cho nhà thầu, chủ đầu tư và Kho bạc Nhà nước chỉ giám sát và xác nhận khối lượng hoàn thành.

Căn cứ các hướng dẫn, báo cáo của Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp nêu trên và thực tế trường hợp các doanh nghiệp có trụ sở chính tại các tỉnh, thành phố khác có hoạt động xây dựng cơ bản vãng lai liên quan đến dự án đầu tư cầu Cao Lãnh và đường nối cầu Cao Lãnh với cầu Vàm Cống tại tỉnh Đồng Tháp nhưng không khai, nộp thuế GTGT tại tỉnh Đồng Tháp thì Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp có biện pháp làm việc với chủ đầu tư và đôn đốc nhà thầu thực hiện đúng quy định.

Cục Thuế Tỉnh có văn bản đề nghị cơ quan thuế quản lý trụ sở chính cung cấp thông tin về tình hình kê khai, nộp thuế đối với toàn bộ doanh thu phát sinh từ hoạt động xây dựng cơ bản tại trụ sở chính của nhà thầu, đồng thời, đề nghị cơ quan thuế quản lý trụ sở chính phối hợp, hỗ trợ đôn đốc nhà thầu thực hiện đầy đủ, đúng quy định nghĩa vụ thuế đối với hoạt động xây dựng cơ bản vãng lai tại tỉnh Đồng Tháp.

Cơ quan thuế quản lý trụ sở chính của nhà thầu có trách nhiệm thực hiện kiểm tra việc kê khai, nộp thuế GTGT của doanh nghiệp tại trụ sở chính, bao gồm cả hoạt động xây dựng cơ bản vãng lai, căn cứ kết quả kiểm tra để thực hiện điều chuyển thu nộp ngân sách nhà nước giữa địa bàn trụ sở chính và địa bàn hoạt động xây dựng cơ bản vãng lai nhưng phải đảm bảo nguyên tắc số thuế GTGT điều chuyển cho địa bàn có hoạt động xây dựng cơ bản vãng lai không vượt quá số thuế GTGT đã nộp tại trụ sở chính.

Cụ thể, trường hợp nghĩa vụ thuế vãng lai thuộc năm ngân sách chưa quyết toán và nhà thầu có phát sinh số thuế GTGT phải nộp, đã nộp ngân sách nhà nước tại trụ sở chính bao gồm cả số thuế GTGT phải nộp vãng lai tại tỉnh Đồng Tháp thì cơ quan thuế nơi nhà thầu đặt trụ sở chính thông báo cho nhà thầu, Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp được biết về việc nhà thầu khai, nộp thuế chưa đúng quy định và yêu cầu nhà thầu có văn bản đề nghị chuyển số thuế GTGT vãng lai phải nộp tại tỉnh Đồng Tháp nhưng đã nộp tại trụ sở chính để hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế GTGT vãng lai tại tỉnh Đồng Tháp (số thuế GTGT đề nghị chuyển không lớn hơn số thuế GTGT đã nộp tại trụ sở chính).

Căn cứ văn bản đề nghị của nhà thầu, Cục Thuế tỉnh/thành phố quản lý trụ sở chính có văn bản gửi Kho bạc Nhà nước nơi hạch toán nguồn thu ngân sách của nhà thầu trụ sở chính để thực hiện hạch toán giảm thu ngân sách tương ứng với số thuế vãng lai phải nộp tại tỉnh Đồng Tháp (không lớn hơn số thuế GTGT đã nộp tại trụ sở chính) sang Kho bạc Nhà nước tỉnh Đồng Tháp.

Kho bạc Nhà nước tỉnh Đồng Tháp hạch toán tăng thu ngân sách nhà nước tương ứng theo từng cấp ngân sách, đúng mục lục ngân sách nhà nước của các khoản đã thu được điều chuyển. Trường hợp trụ sở chính không phát sinh số thuế phải nộp ngân sách nhà nước thì không thực hiện điều chuyển.

Trường hợp số thuế phải nộp vãng lai tại tỉnh Đồng Tháp đã được nhà thầu khai, nộp tại trụ sở chính nhưng thuộc năm ngân sách đã được quyết toán thì không thực hiện điều chỉnh lại.