Tại Công văn số 52331/CT-TTHT ngày 4/8/2017 gửi Công ty TNHH TSUCHIYA TRADING Việt Nam, Cục Thuế TP. Hà Nội cho biết, Khoản 20 Điều 4 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT) và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế GTGT, đã có hướng dẫn về đối tượng không chịu thuế.

Theo đó, các đối tượng này gồm: Hàng hóa chuyển khẩu, quá cảnh qua lãnh thổ Việt Nam; hàng tạm nhập khẩu, tái xuất khẩu; hàng tạm xuất khẩu, tái nhập khẩu; nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất, gia công hàng hoá xuất khẩu theo hợp đồng sản xuất, gia công xuất khẩu kỷ kết với bên nước ngoài; Hàng hoá, dịch vụ được mua bán giữa nước ngoài với các khu phi thuế quan và giữa các khu phi thuế quan với nhau.

Khu phi thuế quan bao gồm: khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất, khu bảo thuế, kho ngoại quan, khu kinh tế thương mại đặc biệt, khu thương mại - công nghiệp và các khu vực kinh tế khác được thành lập và được hưởng các ưu đãi về thuế như khu phi thuế quan theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ.

Quan hệ mua bán trao đổi hàng hoá giữa các khu này với bên ngoài là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu.

Khoản 2 Điều 17 Nghị định số 51/2010/NĐ-CP ngày 14/5/2010 của Chính phủ quy định về hóa đơn bán hàng, cung ứng dịch vụ nêu rõ: Trường hợp hoá đơn đã lập được giao cho người mua nếu phát hiện lập sai, hoặc theo yêu cầu của một bên, hàng hóa, dịch vụ đã mua bị trả lại hoặc bị đòi lại, hai bên lập biên bản thu hồi các liên của số hoá đơn lập sai, hoặc hoá đơn của hàng hóa, dịch vụ bị trả lại, bị đòi lại và lưu giữ hoá đơn tại người bán.

Biên bản thu hồi hóa đơn phải thể hiện được nội dung lập sai hoặc lý do đòi lại, trả lại hàng hoá, dịch vụ và các thoả thuận bồi thường giữa hai bên (nếu có).

Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/3/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 51/2010/NĐ-CP ngày 14/5/2010 và Nghị định số 04/2014/NĐ-CP ngày 17/01/2014 của Chính phủ quy định về hoá đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ.

Khoản 3 Điều 20 của Thông tư này đã có hướng dẫn xử lý đối với hóa đơn đã lập như sau: Trường hợp hóa đơn đã lập và giao cho người mua, đã giao hàng háa, cung ứng dịch vụ, người bán và người mua đã kê khai thuế, sau đó phát hiện sai sót thì người bán và người mua phải lập biên bản hoặc có thoả thuận bằng văn bản ghi rõ sai sót, đồng thời người bán lập hoá đơn điều chỉnh sai sót hóa đơn ghi rõ điều chỉnh (tăng, giảm) số lượng hàng hoá, giá bán, thuế suất thuế giá trị gia tăng... tiền thuế giá trị gia tăng cho hóa đơn số...ký hiệu...

Căn cứ vào hoá đơn điều chỉnh, người bán và người mua kê khai điều chỉnh doanh số mua, bán, thuế đầu ra, đầu vào. Hoá đơn điều chỉnh không được ghi số âm (-).

Tại Khoản 2.1 Phụ lục 4 Thông tư số 39/2014/TT-BTC cũng đã hướng dẫn lập hóa đơn bán hàng hóa, dịch vụ đối với một số trường hợp: Tổ chức nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế bán hàng hoá, dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT, đối tượng được miễn thuế GTGT thì sử dụng hóa đơn GTGT, trên hoá đơn GTGT chỉ ghi dòng giá bán là giá thanh toán, dòng thuế suất, số thuế GTGT không ghi và gạch bỏ...

Điểm a Khoản 5 Điều 10 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 Chính phủ quy định về khai thuế giá trị gia tăng nêu rõ: Sau khi hết hạn nộp hồ sơ khai thuế theo quy định, người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế.

Đối với loại thuế có kỳ quyết toán thuế năm: Trường hợp chưa nộp hồ sơ khai quyết toán thuế năm thì người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế tạm nộp của tháng, quý có sai sót, đồng thời tổng hợp sổ liệu khai bổ sung vào hồ sơ khai quyết toán thuế năm.

Trường hợp đã nộp hồ sơ khai quyết toán thuế năm thì chỉ khai bổ sung hồ sơ khai quyết toán thuế năm.

Trường hợp hồ sơ khai bổ sung hồ sơ quyết toán thuế năm làm giảm số thuế phải nộp nếu cần xác định lại số thuế phải nộp của tháng, quý thì khai bổ sung hồ sơ khai tháng, quý và tính lại tiền chậm nộp (nếu có).

Hồ sơ khai thuế bổ sung được nộp cho cơ quan thuế vào bất cứ ngày làm việc nào, không phụ thuộc vào thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của lần tiếp theo, nhưng phải trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế...

Căn cứ các quy định trên và nội dung Công văn số 6129/TGT-CS ngày 30/12/2016 của Tổng cục Thuế hướng dẫn về hóa đơn, Cục Thuế TP. Hà Nội cho biết, trường hợp Công ty TNHH TSUCHIYA TRADING Việt Nam xuất bán hàng hóa từ kho ngoại quan cho các đối tượng thuộc khu phi thuế quan và Công ty đã phát hành hóa đơn GTGT với thuế suất 0% thì Công ty và khách hàng phải lập biên bản hoặc thỏa thuận bằng văn bản ghi rõ sai sót về thuế suất GTGT, đồng thời Công ty lập hóa đơn điều chỉnh sai sót theo hướng dẫn tại Khoản 3 Điều 20 Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/3/2014 của Bộ Tài chính.

Năm 2016, Công ty xuất 04 hóa đơn tương ứng với hóa đơn đầu vào không được khấu trừ thuế GTGT là 1.850.436 đồng thì Công ty được được khai điều chỉnh theo quy định tại Điểm a Khoản 5 Điều 10 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính.