Theo đó, căn cứ Khoản 3 Điều 5 Thông tư 219/2013/TT - BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT) và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế GTGT quy định về trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT gồm: Tổ chức, cá nhân không kinh doanh, không phải là người nộp thuế GTGT bán tài sản.

Căn cứ Điều 4 Thông tư 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế thu nhập doanh nghiệp sửa đổi, bổ sung Điều 6 Thông báo số 78/2014/TT-BTC (đã được sửa đổi, bổ sung tại Khoản 2 Điều 6 Thông tư 119/2014/TT-BTC và Điều 1 Thông tư số 151/2014/TT-BTC) như sau: Các khoản chi được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế gồm:

Một là, trừ các khoản chi không được trừ nêu tại Khoản 2 Điều này, doanh nghiệp được trừ mọi khoản chi nếu đáp ứng đủ các điều kiện sau:

Hai là, khoản chi thực tế phát sinh liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp.

Ba là, khoản chi có đủ hoá đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định của pháp luật.

Bốn là, khoản chi nếu có hoá đơn mua hàng hoá, dịch vụ từng lần có giá trị từ   20 triệu đồng trở lên (giá đã bao gồm thuế GTGT) khi thanh toán phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

Các khoản chi không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế bao gồm: Chi khấu hao tài sản cố định thuộc một trong các trường hợp sau:

Thứ nhất, khấu hao đối với công trình trên đất vừa sử dụng cho sản xuất kinh doanh vừa sử dụng cho mục đích khác thì không được tính khấu hao vào chi phí được trừ đối với giá trị công trình trên đất tương ứng phần diện tích không sử dụng vào hoạt động sản xuất kinh doanh.

Thứ hai, trường hợp doanh nghiệp có công trình trên đất như trụ sở văn phòng, nhà xưởng, cửa hàng phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp thì doanh nghiệp được trích khấu hao tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế theo đúng mức trích khâu hao và thời gian sử dụng tài sản cố định quy định hiện hành của Bộ Tài chính đối với các công trình này nếu đáp ứng các điều kiện như sau:

Có giấy chứng nhận quyền sử dụng đất mang tên doanh nghiệp (trong trường hợp đât thuộc quyên sở hữu của doanh nghiệp) hoặc có hợp đông thuê đất mượn đát giữa doanh nghiệp với đơn vị, cá nhân có đất và đại diện doanh nghiệp phải chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác của hợp đồng (trong trường hợp đất đi thuê hoặc đi mượn).

Hóa đơn thanh toán khối lượng công trình xây dựng bàn giao kèm theo hợp đồng xây dựng công trình, thanh lý hợp đồng, quyết toán giá trị công trình xây dựng mang tên, địa chỉ và mã số thuế của doanh nghiệp.

Công trình trên đất được quản lý, theo dõi hạch toán theo quy định hiện hành về quản lý tài sản cố định.

Quyền sử dụng đất lâu dài không được trích khấu hao và phân bổ vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế; Quyền sử dụng đất có thời hạn nếu có đầy đủ hóa đơn chứng từ và thực hiện đúng các thủ tục theo quy định của pháp luật, có tham gia vào hoạt động sản xuất kinh doanh thì được phân bổ dần vào chi phí được trừ theo thời hạn được phép sử dụng đất ghi trong giây chứng nhận quyền sử dụng đất (bao gồm cả trường hợp dừng hoạt động để sửa chữa, đầu tư xây dựng mới).

Thứ ba, trường hợp doanh nghiệp mua tài sản cố định hữu hình là nhà cửa, vật kiên trúc gân liên vói quyên sử dụng đất lâu dài thì giá trị quyền sử dụng đất phải xác định riêng và ghi nhận là tài sản cố định vô hình; Tài sản cố định hữu hình là nhà cửa, vật kiên trúc thì nguyên giá là giá mua thực tế phải trả cộng các khoản chi phí liên quan trực tiếp đến việc đưa tài sản cố định hữu hình vào sử dụng.

Giá trị quyền sử dụng đất được xác định theo giá ghi trên hợp đồng mua bất động sản (tài sản) phù hợp với giá thị trường nhưng không được thấp hơn giá đất tại bảng giá đất do ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương quy định tại thời điểm mua tài sản.

Trường hợp doanh nghiệp mua tài sản cố định hữu hình là nhà cửa, vật kiên trúc gắn liền với quyền sử dụng đất lâu dài không tách riêng được giá trị quyền sử dụng đất thì giá trị quyền sử dụng được xác định theo giá do Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quy định tại thời điểm mua tài sản.

Căn cứ Điều 13 Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/03/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 51/2010/NĐ-CP ngày 14/05/2010 và Nghị định số 04/2014/NĐ-CP ngày 17/01/2014 của Chính phủ quy định về cấp hóa đơn do Cục Thuế đặt in như sau: Cơ quan thuế cấp hoá đơn cho các tổ chức không phải là doanh nghiệp, hộ và cá nhân không kinh doanh nhưng có phát sinh hoạt động bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ cần có hóa đơn để giao cho khách hàng.

Thứ tư, trường hợp tổ chức không phải là doanh nghiệp, hộ và cá nhân không kinh doanh bán hàng hoá, dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng hoặc thuộc trường hợp không phải kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng thì cơ quan thuế không cấp hoá đơn.

Căn cứ vào hợp đồng mua bán tài sản gắn liền với đất giữa Công ty và ông Nguyễn Mạnh Cường và trên cơ sở các quy định trên, trường hợp Công ty nhận chuyển nhượng tài sản gắn liền với đất của cá nhân không kinh doanh phù hợp với quy định của pháp luật thì: Hoạt động chuyển nhượng tài sản của cá nhân thuộc trường hợp không phải kê khai tính nộp thuế GTGT và cơ quan thuế không cấp hóa đơn lẻ.

Công ty được trích khấu hao và tính vào chi phí được trừ đối với tài sản cố định hữu hình là nhà cửa, vật kiến trúc và quyền sử dụng đất có thời hạn theo hướng dẫn tại Khoản 2.2 Điều 6 Thông tư 78/2014/TT-BTC đã được sửa đổi bổ sung tại Điều 4 Thông tư 96/2015/TT-BTC nêu trên.