Thông qua kiểm toán hoạt động, kiểm toán viên sẽ đưa ra những giải pháp nhằm sử dụng nguồn lực được tối ưu hơn, tăng cường trách nhiệm hơn. Bên cạnh đó, kiểm toán hoạt động còn kiểm toán tính trách nhiệm và tính trung thực trong việc sử dụng các nguồn lực.

Đối với các nội dung liên quan đến nợ công, mục tiêu của cuộc kiểm toán hoạt động chủ yếu là:
Đánh giá tổ chức quản lý nợ công có thực hiện được các mục tiêu quản lý một cách hiệu lực và sử dụng các nguồn lực vay nợ một cách kinh tế và hiệu quả hay không?

Đưa ra đánh giá độc lập về một nội dung của hoạt động quản lý nợ công và hướng tới cải tiến việc quản lý nợ công ngày càng hiệu quả, tăng thêm giá trị cho hoạt động của chính phủ thông qua việc đưa ra các khuyến nghị về cải tiến hoạt động quản lý nợ công.

Về phạm vi kiểm toán, các cuộc kiểm toán tính kinh tế và tính hiệu quả bao gồm việc xác định: Liệu chính phủ, các cơ quan của chính phủ có đang thực hiện vay, quản lý, sử dụng các khoản vay nợ một cách kinh tế và hiệu quả hay không? Nguyên nhân gây nên những hoạt động thiếu hiệu quả hoặc không kinh tế trong quản lý vay nợ; Liệu đơn vị có chấp hành luật và các quy định trong quản lý nợ chính phủ về vấn đề tính kinh tế và tính hiệu quả hay không?

Đối với quản lý nợ, trọng tâm của cuộc kiểm toán hoạt động có thể là tập trung vào 5 nội dung của một hệ thống kiểm soát nội bộ:

Một là, môi trường kiểm soát: Sự liêm chính và các giá trị đạo đức của bộ máy và nhân viên chính phủ liên quan đến quản lý nợ; Chính sách nguồn nhân lực: Cơ quan quản lý nợ, chính phủ có chính sách để thu hút, đào tạo nguồn nhân lực phục vụ quản lý nợ một cách tốt nhất không?

Cơ cấu tổ chức: Hệ thống các cơ quan quản lý nợ có được thiết lập một cách tối ưu hay không? Các cơ quan có liên quan trong quản lý nợ công có phối hợp nhịp nhàng để quản lý nợ hiệu quả không? Có tổ chức thành cơ quan quản lý nợ chuyên nghiệp không? Đây là những câu hỏi có thể đưa ra và sẽ tìm được bằng chứng để giải đáp thông qua kiểm toán hoạt động.

Hệ thống thông tin về nợ công: Cơ quan KTNN cần đưa ra câu hỏi và tìm bằng chứng để đánh giá liệu hệ thống thông tin về nợ công có được tổ chức, lưu giữ và cập nhập thường xuyên hay không?

Các luật, quy định và thông lệ: Công tác quản lý nợ công có được quản lý thông qua các luật, các quy định và thông lệ quốc tế hay không? Cơ quan quản lý nợ có đưa ra những quy định trong quản lý nợ công phù hợp với quy định của pháp luật cũng như chiến lược vay nợ trong từng thời kỳ hay không.  

Các nhân tố từ bên ngoài: Những nhân tố tác động từ bên ngoài đến quản lý nợ công cần được quan tâm và cập nhật, đánh giá thường xuyên để đảm bảo cho quản lý nợ được bền vững hơn. Chẳng hạn, sự thay đổi về tỷ giá hối đoái, sự tác động của thị trường tiền tệ, thị trường vốn trên thế giới? Ảnh hưởng của các biến động tiền tệ, chính trị của các quốc gia liên quan tác động đến cách thức và xu thế nợ trong tương lai?...

Hai là, đánh giá rủi ro trong quản lý nợ công. Cụ thể: Rủi ro hoạt động: Phân chia nhiệm vụ hay chức năng chồng chéo, trùng lắp; Cán bộ không đủ chuyên môn, thiếu am hiểu về nghiệp vụ nợ và quản lý nợ; Rủi ro sản phẩm: Phát hành nợ vượt quá khả năng của chi trả hoặc mức độ hấp thụ của nền kinh tế, tập trung vào một hoặc một vài loại ngoại tệ nhất định, dẫn đến rủi ro về tỷ giá khi có sự biến động của tỷ giá hối đoái. Bên cạnh đó, cần đánh giá các rủi ro về: hệ thống và công nghệ; quy trình; về gian lận; thị trường: tiền tệ; lãi suất; hàng hóa.

Ba là, hoạt động kiểm soát: Mục tiêu quản lý nợ; Chiến lược quản lý nợ trung hạn; Kế hoạch hoạt động nhằm thực hiện chiến lược và đạt được mục tiêu đó.

Bốn là, thông tin liên lạc: Nhằm bảo đảm có một cơ chế phù hợp để xây dựng, giám sát và báo cáo về việc thực hiện mục tiêu. Nội dung này bao gồm hệ thống thông tin quản lý cần thiết để xác lập chỉ số hoạt động, cả về tài chính và phi tài chính, đồng thời để đánh giá mức độ hoàn thành mục tiêu. 

Năm là, theo dõi, giám sát: Nhằm bảo đảm việc đánh giá tình hình hoạt động được liên tục, nội dung này gồm cả công tác kiểm toán nội bộ và giám định, cũng như thường niên kiểm tra công tác kiểm soát nội bộ.