Những điểm sửa đổi nổi bật

Ngày 25/6/2025, Quốc hội đã chính thức thông qua Luật số 90/2025/QH15, trong đó sửa đổi, bổ sung nhiều nội dung trọng yếu của các luật liên quan đến thuế và hải quan như Luật Thuế Giá trị gia tăng, Luật Thuế Xuất khẩu, Thuế Nhập khẩu và Luật Hải quan. Những thay đổi này không chỉ tạo điều kiện thuận lợi hơn cho doanh nghiệp trong hoạt động xuất nhập khẩu, mà còn mang ý nghĩa chiến lược trong thúc đẩy công nghệ cao và đổi mới sáng tạo tại Việt Nam.

Theo báo cáo của Deloitte Việt Nam, một trong những thay đổi quan trọng nhất là việc lần đầu tiên luật hóa khái niệm “xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ”.

Tại Điều 47a mới được bổ sung vào Luật Hải quan, hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ được hiểu là hàng hóa giao, nhận ngay tại Việt Nam theo chỉ định của thương nhân nước ngoài, dựa trên hợp đồng mua bán, gia công, thuê hoặc mượn giữa các doanh nghiệp trong nước với thương nhân nước ngoài.

Việc quy định rõ ràng khái niệm này được kỳ vọng sẽ giải quyết dứt điểm các vướng mắc về thủ tục hải quan và chính sách thuế trong nhiều năm qua. Đặc biệt, quy định còn có tính chất chuyển tiếp, cho phép áp dụng đối với các tờ khai đã đăng ký nhưng chưa hoàn tất thủ tục hải quan trước thời điểm luật mới có hiệu lực vào ngày 01/7/2025.

Cùng với đó, Luật Thuế Giá trị gia tăng cũng được điều chỉnh để mở rộng phạm vi hàng hóa áp dụng thuế suất 0%. Cụ thể, tại điểm a, khoản 1, Điều 9 sửa đổi đã đưa hàng hóa xuất khẩu tại chỗ vào nhóm đối tượng được hưởng mức thuế suất ưu đãi này. Đây là động thái có ý nghĩa lớn trong việc tạo thuận lợi thương mại, đặc biệt đối với các doanh nghiệp chế xuất, gia công xuất khẩu đang tham gia sâu vào chuỗi cung ứng toàn cầu.

Một điểm nhấn khác là việc mở rộng chế độ ưu tiên trong lĩnh vực hải quan, đặc biệt cho các doanh nghiệp công nghệ cao và công nghệ chiến lược.

Theo sửa đổi tại Điều 42 của Luật Hải quan, các doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp mới thành lập từ dự án sản xuất sản phẩm công nghệ cao, cũng như các dự án nghiên cứu và phát triển trong lĩnh vực bán dẫn, trí tuệ nhân tạo, công nghệ số trọng điểm... sẽ được miễn 2 điều kiện vốn rất khắt khe: Không cần chứng minh tuân thủ pháp luật về hải quan và thuế trong hai năm liên tục, cũng như không cần đạt ngưỡng kim ngạch xuất nhập khẩu hằng năm. Việc này mở đường cho các doanh nghiệp tiên phong trong lĩnh vực công nghệ dễ dàng tiếp cận cơ chế ưu tiên về thủ tục hải quan.

Ngoài ra, Luật Thuế Xuất khẩu, Thuế Nhập khẩu cũng được bổ sung để mở rộng đối tượng được miễn thuế. Theo khoản 18 và khoản 21, Điều 16 sửa đổi, các hàng hóa nhập khẩu phục vụ trực tiếp cho hoạt động nghiên cứu khoa học, đổi mới sáng tạo, công nghiệp công nghệ số, như: Máy móc chuyên dùng, tài liệu khoa học, nguyên vật liệu, linh kiện chưa sản xuất được trong nước sẽ được miễn thuế nhập khẩu. Quy định này áp dụng cả với tài sản cố định của các dự án đầu tư công nghệ và các nguyên liệu nhập khẩu trong 5 năm đầu của các dự án mở rộng.

Tác động chính sách

Theo Deloitte Việt Nam, các sửa đổi nêu trên đã bước đầu tạo dựng được nền tảng pháp lý rõ ràng hơn, đặc biệt trong lĩnh vực xuất nhập khẩu tại chỗ, từ đó giúp doanh nghiệp yên tâm vận hành và khai thác hiệu quả chuỗi cung ứng nội địa có tính quốc tế hóa.

Tuy nhiên, một số điểm vẫn còn bỏ ngỏ như cơ chế hồi tố đối với các giao dịch đã hoàn tất từ trước thời điểm luật có hiệu lực, đặc biệt trong bối cảnh tồn tại nhiều vướng mắc thực tiễn kể từ thời điểm Nghị định số 08/2015/NĐ-CP được ban hành. Việc có nên áp dụng chính sách hồi tố và xử lý ra sao đối với các hồ sơ đã hoàn tất nhưng chưa rõ ràng về mặt chính sách cần được cơ quan có thẩm quyền hướng dẫn thêm.

Ở khía cạnh chế độ ưu tiên hải quan, những sửa đổi lần này không chỉ mang ý nghĩa khuyến khích đầu tư mà còn cho thấy cam kết chính sách rất rõ ràng của Việt Nam trong việc hỗ trợ phát triển lĩnh vực công nghệ cao, bán dẫn, trí tuệ nhân tạo và các ngành công nghiệp mũi nhọn. Tuy nhiên, Deloitte lưu ý rằng chế độ ưu tiên sẽ chỉ áp dụng cho các loại hàng hóa xuất nhập khẩu được liệt kê trong danh mục công bố bởi Bộ Khoa học và Công nghệ, chứ không bao phủ toàn bộ hoạt động của doanh nghiệp. Do đó, việc nắm bắt nhanh các danh mục cụ thể và triển khai hồ sơ hợp lệ là yếu tố then chốt giúp doanh nghiệp thực sự hưởng lợi từ các ưu đãi chính sách.

Trong khi đó, các quy định miễn thuế nhập khẩu được đánh giá là rất thiết thực để giảm gánh nặng chi phí đầu vào cho doanh nghiệp khoa học – công nghệ, nhất là các tổ chức đang trong giai đoạn đầu tư nghiên cứu, sản xuất thử nghiệm, hoặc chưa có năng lực nội địa hóa cao. Những ưu đãi này không chỉ hỗ trợ về tài chính mà còn giúp thúc đẩy động lực đổi mới sáng tạo trong doanh nghiệp, một yếu tố đang được Chính phủ Việt Nam đặc biệt quan tâm trong chiến lược phát triển kinh tế số.

Tuy nhiên, Deloitte cũng nhấn mạnh rằng việc triển khai luật mới có thể sẽ phát sinh những vướng mắc thực tế do sự khác biệt trong cách hiểu và áp dụng giữa các địa phương hoặc giữa các cơ quan liên quan. Vì vậy, doanh nghiệp cần chủ động theo dõi các văn bản hướng dẫn sắp ban hành, đồng thời phối hợp chặt chẽ với cơ quan thuế, hải quan hoặc các tổ chức tư vấn chuyên nghiệp để đảm bảo tuân thủ chính sách, không làm gián đoạn hoạt động sản xuất – kinh doanh.

Đội ngũ chuyên gia tư vấn hải quan và thương mại quốc tế của Deloitte Việt Nam có kiến thức chuyên môn sâu rộng, và nhiều năm kinh nghiệm hỗ trợ các doanh nghiệp sản xuất xuất khẩu, doanh nghiệp chế xuất, doanh nghiệp áp dụng chế độ ưu tiên trong lĩnh vực hải quan. Chúng tôi sẵn sàng hỗ trợ khi các doanh nghiệp có yêu cầu tư vấn những nội dung trên.