Với 2 hiệp định thương mại tự do (FTA) trước là Việt Nam - Nhật Bản và ASEAN - Nhật Bản, một số mặt hàng thủy sản của Việt Nam xuất khẩu sang Nhật đã được xóa bỏ rào cản thuế quan.

Với CPTPP, nhiều mặt hàng thủy sản trước chưa được cam kết xóa bỏ thuế trong hai FTA này cũng sẽ được hưởng thuế 0% khi xuất khẩu sang Nhật Bản. Trong đó, một số loài cá tuyết, surimi, tôm, cua... sẽ được hưởng thuế suất 0% ngay khi hiệp định có hiệu lực.

Cụ thể, mặt hàng tôm ebi (tôm lột vỏ chừa đuôi) và một số loại tôm khác có mã HS 030629 sẽ được giảm thuế về 0% ngay khi hiệp định có hiệu lực, từ mức 2% đến 7% hiện tại.

Tương tự, tất cả sản phẩm cá tra cũng sẽ được miễn thuế ngay lập tức, từ mức 3,5-10,5% hiện tại.

Một số mặt hàng cá ngừ hiện chịu thuế từ 3,5% trở lên sẽ được miễn thuế ngay lập tức hoặc theo lộ trình giảm dần về 0 vào năm thứ 6 hoặc 11.

Với các sản phẩm nông nghiệp có xuất xứ chính gốc khác, như thịt bò, thịt lợn, thịt lợn đã chế biến…, Nhật Bản đưa ra ngưỡng quy định nhập khẩu tăng dần theo từng năm. Nếu đảm bảo được ngưỡng quy định, các mặt hàng này sẽ được giảm dần thuế qua từng năm. Ngược lại, Nhật sẽ áp dụng các biện pháp tự vệ bằng việc tăng thuế nhập khẩu.

Ngoài ra, các sản phẩm gạo, như gạo lứt, gạo tấm… sẽ được duy trì mức thuế theo nguyên tắc Tối huệ quốc của WTO, hoặc bị áp hạn ngạch thuế quan tăng dần theo từng năm khi CPTPP có hiệu lực.

Đối với đồ gỗ, Nhật Bản có thể áp dụng một biện pháp phòng vệ đối với sản phẩm gỗ có xuất xứ nguyên gốc từ Việt Nam, chỉ khi khối lượng nhập khẩu các hàng hóa có xuất xứ từ Việt Nam trong một năm bất kỳ vượt ngưỡng quy định.

Khi đó, Nhật có thể tăng thuế hải quan đối với mặt hàng này. Ngược lại, nếu khối lượng nhập khẩu không vượt quá ngưỡng quy định, thuế sẽ giảm dần từ 6% về 0 vào năm thứ 16. Tuy nhiên, ngưỡng nhập khẩu quy định sẽ tăng dần theo từng năm đến năm thứ 15.

Đối với giày dép, 98,8% dòng thuế sẽ được xoá ngay khi Hiệp định có hiệu lực, tương đương với 97,2% kim ngạch xuất khẩu mặt hàng này của Việt Nam sang Nhật Bản.

Một số mặt hàng giày dép, thuế nhập khẩu được giảm dần đều và xóa bỏ vào năm thứ 11 hoặc 16 kể từ khi Hiệp định có hiệu lực. Trong khi đó, giày, dép trong nhà sẽ vẫn bị áp thuế theo nguyên tắc Tối huệ quốc của WTO.

Hàng may mặc được giảm thuế từ 4,8% hiện tại xuống 0% ngay khi hiệp định có hiệu lực.

Ngoài ra, sắt thép và các sản phẩm từ sắt thép hợp kim hoặc không hợp kim đều sẽ được miễn thuế ngay lập tức.